泛癌症分析DEAH盒解旋酶16的表达及其预后意义

目的泛癌症分析DEAH盒解旋酶16 (DHX16)的表达、预后意义及作用机制。方法利用癌症基因组图谱组织(TCGA)门户网站UALCAN泛癌症分析DHX16的表达及其与预后关系;通过蛋白之间相互作用平台InBio MapTM下载与DHX16相互作用的蛋白质谱,经DAVID 6.8进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析。结果 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达(均P <0.001);DHX16高表达利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病的预后。DHX16相互作用蛋白主要定位于剪接体、细胞核、质膜、胞内核糖核蛋白复合体等,参与mRNA剪接、加工过程等,主要结合多聚腺苷酸RNA、核苷酸、核酸、m RNA内含子等,具有RNA解旋酶活性等功能;参与的信号通路主要包括剪接体、mRNA监测、RNA降解和RNA转运过程。结论 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达,DHX16高表达有利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病预后,因此可作为上述肿瘤预后的潜在标志物。

基于多组学高通量数据分析乳腺癌中8号染色体开放阅读框33的表达和预后

目的揭示乳腺癌组织中8号染色体开放阅读框(C8orf)33基因的表达及预后意义。方法利用cBioPortal门户网站分析C8orf33基因突变、拷贝数变化、mRNA水平变化、mRNA差异表达与预后关系,基因拷贝数畸变通过Oncomine分析乳腺癌组织与正常组织中C8orf33表达差异;利用多组学数据分析门户网站LinkedOmics分析浸润性乳腺癌组织中C8orf33基因表达与临床指标相关性及基因拷贝数畸变、甲基化水平与C8orf33表达的相关性。结果 cBioPortal分析结果显示,38%(417/1093)乳腺癌患者发生了C8orf33基因改变,包括基因扩增、缺失、错义突变和mRNA水平改变,其中C8orf33 mRNA水平上调占比34%,且C8orf33高表达不利于患者预后(P<0.01)。Oncomine结果显示乳腺癌组织中C8orf33表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01);LinkedOmics结果显示浸润性乳腺癌患者中C8orf33表达水平分别受PAM50分子分型、组织学分型、肿瘤纯度和种族影响(均P<0.01);C8orf33 mRNA水平与其基因拷贝数畸变呈正相关(r=0.800,P<0.001),与其DNA甲基化水平呈负相关(r=-0.109,P<0.01)。结论乳腺癌中C8orf33基因拷贝数增加和低甲基化促进其高表达,C8orf33高表达不利于乳腺癌预后,可作为乳腺癌预后的候选标志物。