北京黑猪GREB1L和MIB1基因多态性与肋骨数及胴体性状的关联分析

旨在开展GREB 1L和MIB 1基因多态性与肋骨数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)关联分析,筛选关键功能位点。本研究选取屠宰日龄为215天的317头健康北京黑猪,并提取耳组织DNA,对GREB 1L和MIB 1基因进行引物设计、并利用聚合酶链式反应(PCR)技术和Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型,计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布,并与肋骨数和胴体性状进行关联分析。试验共筛选到6个SNPs,包括GREB 1L基因的3个同义突变、MIB 1基因的2个同义突变和1个内含子区的可变剪切突变。将6个SNPs分别对肋骨数和胴体性状使用Duncan’s多重检验统计分析发现,GREB 1L基因上的3个同义突变6:106574972 G>A、6:106648540 C>T、6:106648558 A>G与性状关联均不显著(P>0.05);MIB 1基因上的1个同义突变6:106936590 C>T与胴体长显著相关(P<0.05);而内含子15~16的6:107016475 A>G可变剪切突变与肋骨数显著相关(P<0.05);第三个同义突变6:107028660 G>A与肋骨数和胴体性状均无显著差异(P>0.05)。结果显示,显著的2个位点可作为北京黑猪肋骨数及胴体长变异的候选基因功能位点。

北京黑猪LPL和NUDT3基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】研究脂蛋白脂酶(lipoprteinlipase,LPL)和Nudix水解酶3(Nudix hydrolase homolog 3,NUDT3)基因多态性与北京黑猪肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量和背膘厚的关联性,从而在分子水平上指导北京黑猪的育种工作。【方法】利用347头北京黑猪背最长肌样本进行IMF含量和背膘厚数据测定,按照IMF含量进行高、低分组。根据猪NUDT3和LPL基因序列设计引物并进行PCR扩增及测序,运用DNAStar软件中SeqMan分析测序结果,使用Duncan’s多重检验对2个基因不同基因型与北京黑猪IMF含量和背膘厚进行关联分析,并运用实时荧光定量PCR对其进行基因表达差异分析。【结果】LPL基因存在1个错义突变、3个同义突变和3个3′-UTR突变;NUDT3基因存在6个3′-UTR突变。LPL基因CDS区c.431 G>C位点与北京黑猪第6~7肋背膘厚显著相关,c.647 G>C位点与胸腰结合处背膘厚显著相关,c.637 A>G位点与第6~7肋背膘厚、胸腰结合处背膘厚和腰荐结合处背膘厚均显著相关(P<0.05);3′-UTR区c.1683 A>G位点与胸腰结合处背膘厚显著相关,c.1689 C>A位点与IMF含量显著相关(P<0.05)。NUDT3基因上的突变位点均发生在3′-UTR区,其中c.7204 G>T位点与北京黑猪IMF含量和腰荐结合处背膘厚显著相关,c.6068 C>G位点与IMF含量和第6~7肋背膘厚显著相关,c.5729 G>A位点与IMF含量显著相关(P<0.05)。实时荧光定量PCR分析发现,北京黑猪NUDT3基因c.7204 G>T位点IMF含量高、低组间表达量无显著差异,LPL基因c.1689 C>A位点CC与AA基因型间表达量无显著差异(P>0.05)。【结论】北京黑猪群体中LPL和NUDT3基因的突变位点与IMF含量显著关联,为北京黑猪肉品质选育提供了新的分子标记。

北京黑猪PPARD基因G32E多态位点与脂肪沉积相关性状的关联分析

试验旨在研究猪过氧化物酶体增殖物激活受体δ(PPARD)基因第1外显子上的错义突变位点G32E(g.61399G>A)多态性与北京黑猪脂肪沉积相关性状的关联。利用Sequenom质谱检测平台检测北京黑猪及多个中外猪种群体G32E位点的基因型,并分析该位点多态性与北京黑猪背膘厚及肌内脂肪的关联性。结果发现,在北京黑猪中,G32E位点GG基因型个体背膘厚性状极显著高于GA和AA基因型个体(P<0.01),与肌内脂肪含量的关联未达到显著水平(P>0.05)。在梅山猪和二花脸猪中,主要以A等位基因为主;而在中国地方猪种民猪、莱芜黑猪、丫杈猪及国外商品猪种杜洛克猪、长白猪和大白猪中,G等位基因频率高。初步认为PPARD基因G32E位点多态性对背膘厚性状有显著影响,对肌内脂肪含量性状没有影响。

北京黑猪氟烷敏感基因的检测与分析

为实现氟烷应激敏感基因型的净化,本实验采用PCR-RFLP技术对北京某黑猪群体共660头个体进行氟烷敏感基因(Haln)基因型检测。结果表明,660头北京黑猪中无隐性纯合基因型个体,HalNHaln基因型个体45头(6.8%),HalNHalN基因型个体615头(93.2%),此群体Haln基因频率为0.034。