分子动力学模拟研究二硫键对抗菌肽MDP-2结构的影响

人工设计合成的抗菌肽MDP-2含有4个半胱氨酸残基形成2对二硫键,其具有较高的抑菌活性。为了研究2对二硫键结构是否为MDP-2发挥抑菌活性所必须,采用分子动力学模拟对含Cys1-Cys10与Cys3-Cys8间2对二硫键的抗菌肽MDP-2、含有Cys1-Cys10间二硫键的MDP-2.1与含有Cys3-Cys8间二硫键的MDP-2.2、不含二硫键的MDP-2.3进行模拟,分析含不同二硫键数目情况下MDP-2的结构稳定性。研究结果表明含有Cys1-Cys10残基间二硫键的MDP-2.1具有更为稳定的二级结构和更大溶液可及性表面积。因此,Cys1-Cys10残基间的二硫键对抗菌肽MDP-2保持?茁-发夹二级结构具有重要作用,Cys3-Cys8残基间的二硫键没有明显作用。