生物信息学分析TOP2A在肝细胞癌中表达和预后机制及其对肝癌增殖、迁移的影响

目的:探讨拓扑异构酶(DNA)Ⅱα[Topoisomerase(DNA)Ⅱalpha,TOP2A]在肝癌中的表达情况及敲低TOP2A对肝癌细胞HepG2增殖和迁移的影响。方法:通过TIMER 2.0在线数据库,分析TOP2A在肝癌组织和癌旁组织中的表达情况;利用HPA数据库得到TOP2A在不同肿瘤细胞系和TOP2A在不同肝癌细胞中的表达结果;使用GEPIA2数据库分析TOP2A在肝癌组织和癌旁组织中的表达差异以及与患者的生存预后的关系;Linkedomics在线数据库分析肝癌组织中TOP2A共表达的正负相关基因,对数据库筛选出的相关基因进行KEGG通路富集分析;细胞实验中降低TOP2A在肝癌细胞系中的表达,CCK-8和细胞划痕实验来检测TOP2A对肝癌细胞增殖和迁移的影响。结果:TOP2A在多种肿瘤组织中高表达且在肝癌细胞系中的表达明显上调;与低表达TOP2A患者相比,高表达TOP2A患者总生存周期较短;KEGG通路富集说明TOP2A可能参与细胞周期、DNA复制等多种过程;降低肝癌细胞HepG2中TOP2A表达后,细胞增殖和迁移能力明显降低。结论:TOP2A在肝癌患者中表达升高,降低TOP2A的表达可以抑制肝癌细胞系HepG2细胞增殖和迁移能力。

CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患者。CDK1基因与HCC中多种免疫细胞浸润水平及其表面标记物显著相关。结论CDK1基因在HCC中表达上调,高表达的CDK1肝癌患者预后不良,并且影响HCC免疫浸润水平。CDK1基因可能为HCC新的免疫治疗靶点。