Hsa-miR-219-5p靶基因的预测及其生物信息学分析

采用多种生物学软件对hsa-mi R-219-5p的靶基因进行预测及生物功能分析。结果表明mi R-219-5p在多个物种间高度保守。所预测的126个靶基因集合主要富集在转录调控、RNA合成调控、细胞代谢调控、DNA结合等生物学功能(P<0.01),并显著地富集在MAPK信号通路以及前列腺癌,胃癌,肝癌等疾病信号通路(P<0.01)。

如何在高中教学中开展研究性学习

2001年4月，教育部颁发了《普通高中“研究性学习”实施指南》的通知，从此，研究性学习就成为基础教育领域出现频率较高的一个名词．那么究竟什么是研究性学习，数学研究性学习的涵义是什么，几年来高中数学研究性学习的进展如何，存在哪些主要问题，针对这种现状广大一线教师应该如何结合日常教学活动做好研究性学习的教学呢？本文拟就这几个问题进行探讨。

豆科植物ARF基因家族的比较基因组学分析

生长素反应因子(auxin response factors,ARF)是一类重要的调控植物生长发育的转录因子,参与生长素响应基因的表达和生长素信号转导途径等多种发育过程。本研究采用比较基因组学方法对大豆、百脉根、蒺藜苜蓿的生长素反应因子(ARF)家族的理化性质、系统发育关系、结构特性、多倍化与基因家族的关联性,以及重复基因进行分析。3个物种中共鉴定出129个ARF家族基因,理化性质差异较大;系统发育分析显示全部基因被分为4个亚族,亲缘关系较近的基因表现出相似的结构和基序组成,选择压力分析发现有26个位点受到正选择;另外,大豆基因组内ARF同源基因对的数量大于其它物种,表明全基因组加倍导致产生大量的重复基因,百脉根ARF同源基因对数量少于蒺藜苜蓿,证明了加倍事件伴随着重复基因的差异性丢失。这些结果将为豆科或其它物种ARF基因的深入研究提供一定的参考依据。

变分因子分析:一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据因子分析方法

目的提出一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据因子分析方法,并通过从细胞和基因两个层面探索生物异质性来解释模型结果。方法采用深度生成网络,构建面向单细胞转录组数据因子分析的深度生成模型,用小鼠胚胎发育细胞转录组数据训练模型,对结果进行细胞类型注释、因子及载荷可视化等下游生物学分析。结果该模型实现了单细胞转录组数据的降维并同时保留了异质性,通过因子识别了不同细胞类型之间的特征,通过载荷鉴定出细胞特异性基因。结论基于深度生成模型构建的因子分析方法具有更好的可解释性,能从信息复杂、具有错综关系的单细胞转录组数据中提取代表性信息,并从不同层面解析其生物学含义,为单细胞数据分析开拓了新思路。

大豆凝集素类受体激酶家族全基因组学分析

植物凝集素类受体激酶(LecRLKs)是一种重要的类受体蛋白激酶,广泛参与植物激素信号转导、胁迫反应、植株生长发育、生物固氮等多种生理生化反应。本研究对大豆中的GmLecRLKs基因家族进行了全基因组水平上的分析,在大豆中共找到205个GmLecRLKs家族成员,分布在19条染色体上;根据其含有的特征结构域不同,这些成员被分为L型、G型和C型三个亚家族;每个亚家族成员在结构域类型上有其各自的特点;GmLecRLKs基因在进化过程中比较保守,但在个别位点氨基酸受到了正选择作用。该研究结果对于深入了解LecRLKs家族在大豆中的进化规律和生物学功能具有十分重要的意义。