柯萨奇病毒B组5型TaqMan一步法RT-qPCR检测方法的建立

目的建立柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirusB5,CV-B5)特异的TaqMan一步法实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测方法。方法根据CV-B5的VP1序列,设计特异性引物和TaqMan探针。将目的基因插入pMD18^(TM)载体,在DH5α感受态细胞中扩增,大肠杆菌体外转录后获得RNA标准品并建立标准曲线,最后对检测方法的重复性、敏感度和特异性进行评价。结果该方法在10^(3)~10^(11)拷贝/微升的模板范围内具有良好的线性关系(r^(2)>0.99),扩增效率E=100.9%,敏感度达1×10^(3)拷贝/微升,只对CV-B5有特异性扩增曲线,且重复性较好。结论本实验建立的TaqMan一步法RT-qPCR检测方法有较高的敏感度、特异性和重复性,有良好的抗干扰性,可用于CV-B5的临床样本检测和绝对定量分析。

一株柯萨奇病毒A组4型云南株的全基因组分析

目的了解中国云南2022年分离到的一株柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)病毒株的全基因组序列特征,探讨CVA4系统发育特征。方法对CVA4分离株194R3/YN/CHN/2022进行全基因组序列扩增测序,并应用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplot 3.5.1等软件拼接比对,构建CVA4分离株系统进化树,分析其全基因组序列特征。结果194R3/YN/CHN/2022分离株为CVA4,属于C2基因亚型,与我国近年的优势基因亚型一致。重组分析显示,在P2、P3非结构编码区,CVA4病毒分离株可能与EVA114原型株V13-0285、CVA16原型株G-10、CVA14原型株G-14发生过重组。结论云南分离的194R3/YN/CHN/2022属于CVA4中国流行的C2基因亚型,但发生了一定变异。

RD、KMB-17及Vero细胞对肠道病毒分离培养敏感性的比较

目的比较人横纹肌肉瘤细胞RD、人胚肺二倍体细胞KMB-17和非洲绿猴肾细胞Vero对肠道病毒(enterovirus,EV)分离培养的敏感性,以期为后续EV各基因型毒株的分离提供实验依据。方法收集2019年昆明市某医院确诊手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)患者粪便样本60份,分别采用RD、KMB-17和Vero细胞分离培养EV,并对阳性样本进行RT-PCR检测、测序及NCBI BLAST比对,鉴定EV基因型。结果共分离获得112株EV,分别属于11种基因型。其中RD细胞分离出26株Echo-11,6株Echo-6和Echo-30,2株CV-A4和CV-A10,1株CV-A6、CV-A16和Echo-18;KMB-17细胞分离出42株Echo-11,3株Echo-6和2株Echo-30;Vero细胞分离出6株CV-B1,5株CV-B3,4株Echo-11,3株CV-A16和1株CV-B2。结论RD细胞对大部分EV均敏感,KMB-17和Vero细胞分别对Echo和CV-B最敏感。

2019年云南省昆明市柯萨奇病毒A组16型毒株的分离鉴定及其VP1基因遗传特征分析

目的对2019年云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者粪便中分离获得的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)毒株的全VP1基因遗传特征进行分析。方法使用人胚肺二倍体KMB-17细胞和非洲绿猴肾Vero细胞分离病毒,设计针对CVA16全VP1基因序列引物,采用RT-PCR扩增目的基因片段并测序;利用MEGA 7.0和Geneious 9.0.2等软件对全VP1序列进行分析。结果共分离获得26株CVA16毒株,其中有8株KMB-17分离株和18株Vero分离株。随机选取20株CVA16分离株进行分析,发现3株B1a和17株B1b基因亚型;其中17株CVA16 B1b分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.8%~100%和98.3%~100%,与国内其他分离株的核苷酸和氨基酸同源性为91.1%~99.2%和97.3%~99.0%;3株B1a分离株的核苷酸和氨基酸同源性为98.0%~98.1%和99.3%,与国内其他B1a分离株的核苷酸和氨基酸同源性为88.7%~98.7%和98.3%~99.7%;17株B1b分离株与其他3株B1a的核苷酸和氨基酸同源性为87.4%~88.4%和97.3%~98.7%。结论2019年昆明地区流行的CVA16属于B1a和B1b基因亚型,以B1b为主,且均为中国内地流行株。

云南省1株柯萨奇病毒A组8型分离株全基因组分析

目的分析柯萨奇病毒A组8型(Coxsackievirus A8,CVA8)云南分离株A8-1/YN/CHN/2019全基因组序列及其遗传特性,以期了解CVA8的流行和变异情况。方法设计针对CVA8的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增VP1序列并测序,BioEdit 7.2.3拼接得到全基因组,使用MEGA 7.0软件进行系统进化分析,应用Simplot 3.5.1及RDP4软件进行重组分析。结果A8-1/YN/CHN/2019株长7396 nt,编码2188个氨基酸。其VP1与CVA8原型株AF081299/Donovan/USA/1998核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为81.04%和95.24%;A8-1/YN/CHN/2019株属于基因型E,其他中国分离株位于D和E型。重组分析发现A8-1/YN/CHN/2019株在非结构编码区的P2和P3段上发生重组。结论A8-1/YN/CHN/2019株为E基因型,并在P2、P3段的非结构区发生了重组事件。

云南株埃可病毒6型的全基因序列分析

目的对分离自云南省手足口病患者粪便的8株埃可病毒6型(Echovirus 6,E6)进行全基因组遗传特征分析,为E6基因组的变异和重组研究提供数据参考。方法分别采用人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma cells,RD)、人胚肺二倍体成纤维细胞(human embryonic lung diploid fibroblasts,KMB17)以及非洲绿猴肾细胞(Vero)对云南省2019年从手足口病患者粪便样分离的8株E6进行增殖培养。提取病毒RNA,RT-PCR扩增其VP1序列,并鉴定其血清型。设计针对E6的引物,分段扩增获得全基因组并测序,使用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplot 3.5.1等软件对其全基因组序列进行分析。结果8株E6分离株中RD细胞分离的病毒6株,KMB17细胞分离的病毒2株,Vero细胞未分离到病毒。8株E6病毒分离株基因组全长为7440~7450个核苷酸,编码2191个氨基酸,8个分离株之间全基因组核苷酸和氨基酸序列相似性分别为99.6%~99.8%和99.4%~99.9%。VP1序列分析显示,8个E6分离株均属于中国流行的优势基因型F。基于P1、P2、P3系统进化与重组分析显示:在P1区,8个E6分离株与E6原型株D􀆳Amori聚在一起,与VP1分型结果一致;在P2区,与柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CVB5)、埃可病毒16型(Echovirus 16,E16)以及2个中国E6毒株聚类在一起;在P3区,与柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)、E16和其他中国E6病毒分离株聚类在一起,表明8个E6病毒分离株与EV-B的其他血清型病毒之间可能发生过重组。结论8个云南分离株E6病毒均属于中国流行的优势基因型F,且与EV-B的其他血清型之间可能发生过重组事件。