Ⅲ型登革病毒感染THP-1细胞及其介导的抗体依赖性增强感染中差异性LncRNA的CeRNA网络构建

目的在急性单核细胞白血病细胞(THP-1)水平建立Ⅲ型登革病毒(Dengue virus typeⅢ,DENV-3,DV-3)感染和抗体依赖性增强(antibody dependent enhancement,ADE)感染模型,探讨胞内长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)的差异性表达,绘制竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,CeRNA)调控网络并进行LncRNA翻译功能预测。方法DENV-3感染C6/36细胞6 d后,收获培养上清,采用CCID50法测定病毒滴度,并通过PCR进行型别以及基因组全长扩增鉴定;扩增DENV-3标准质粒,PCR鉴定,绘制标准曲线;将THP-1细胞分为阴性对照(THP-1)、直接感染(DV-3)、ADE及空白对照[1640(-)]组,感染48 h后提取胞内总RNA,测定病毒拷贝数;通过全转录组测序技术,对THP-1 vs DENV-3、THP-1 vs ADE、DENV-3 vs ADE各组中上调和下调前5个的LncRNA进行CeRNA调控网络构建,并分析其编码蛋白的功能。结果DENV-3感染C6/36细胞3 d后有明显的细胞融合、空泡和脱落;病毒滴度约为1.0×10^(4.64)PFU/mL,PCR特异引物鉴定为DENV-3,获得病毒完整的基因序列;ADE组胞内病毒核酸拷贝数明显高于DV-3组和空白对照组;在THP-1 vs DENV-3中,预测到人细胞黏附蛋白相互作用蛋白(cytohesin interacting protein,CYTIP)的表达量出现上调;在THP-1 vs ADE中,预测到驱动蛋白家族成员5A(kinesin family 5A,KIF5A)的表达量下调;在DENV-3 vs ADE中,预测到簇分化抗原9(cluster differentiation antigen 9,CD9)和胰岛素样生长因子2(insulin like growth factor 2,IGF2)的表达量上调。这些差异性的LncRNA均具有开放阅读框(open reading frame,ORF),除了Lnc-SH3BP1和Lnc-RPL41以外,其余的LncRNA均具有内部核糖体结合位点(internal ribosome binding site,IRES)。结论在DENV-3感染THP-1细胞及其介导的ADE感染中,LncRNA的表达发生了明显的差异性改变,且可能通过多种生物学功能调控感染的进程,有助于更深层次理解ADE感染的发生机制。