基于生物信息学分析HMG基因家族在肺腺癌中的表达和预后价值

目的探讨肺腺癌(LUAD)组织中高迁移率族蛋白(HMG)基因家族的表达,并分析其在LUAD患者中的预后价值。方法通过肿瘤基因图谱(TCGA)数据库获得HMG基因家族在LUAD中的表达数据及相关临床病理参数,并对HMG家族基因进行相关性分析。采用单因素Cox回归和LASSO Cox回归分析HMG基因家族与总生存期(OS)的关系,并构建HMG基因家族预后风险模型。根据风险评分中值将患者分为高风险组和低风险组,采用Kaplan-Meier进行生存分析。最后利用临床病理参数和风险评分构建预后列线图。结果HMGA1、HMGA2、HMGB2、HMGB3、HMGB4、HMGN1在LUAD中的表达量高于正常样本,HMGB1和HMGN5在LUAD中的表达量低于正常样本(均P<0.05),大多数HMG基因之间呈正相关,但HMGN3的表达与HMGA1、HMGA2呈负相关。4个HMG基因与OS相关(P<0.05),其中HMGA1、HMGA2、HMGB2是危险基因,HR>1;而HMGN3为保护基因,HR<1。Kaplan-Meier生存分析显示高风险组OS比低风险组OS更差(P<0.05)。低风险组和高风险组N、T和分期差异均有统计学意义(均P<0.05)。多因素Cox回归分析表明风险评分和分期是LUAD患者OS的独立影响因素(均P<0.05)。列线图可以系统预测LUAD患者1、3和5年的OS。结论HMG基因家族在LUAD发生和发展中起到重要作用,有望为LUAD预后标志物的筛选和预后评价提供参考。

安罗替尼联合氯喹促进人非小细胞肺癌细胞系H1299凋亡

目的探讨安罗替尼和氯喹(CQ)单用及联用对人非小细胞肺癌系H1299存活率、迁移、侵袭和凋亡的影响。方法安罗替尼与CQ单用及两药联合处理H1299细胞,MTT法检测细胞的存活率;划痕愈合和Transwell小室法检测细胞迁移及侵袭能力;Hoechst 33342染色检测细胞凋亡;Western blot检测自噬标志物LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ和自噬底物p62蛋白表达。结果安罗替尼联合CQ组对H1299细胞存活率、侵袭及迁移抑制效应优于安罗替尼组(P<0.05);安罗替尼单用时较对照组的细胞凋亡增加,当安罗替尼联合CQ作用时细胞凋亡增加更显著。安罗替尼随浓度增加明显上调自噬标志物蛋白LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ和下调自噬底物蛋白p62;CQ可显著上调LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ和p62表达水平;与单用CQ组相比,20μmol/L安罗替尼联合CQ组更加显著上调LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ和下调p62。结论安罗替尼联合氯喹可显著抑制H1299细胞的存活率、迁移和侵袭,促使细胞凋亡;其机制可能通过自噬发挥抗肿瘤作用。

基于TCGA和GEO数据挖掘分析PRC1在肺腺癌中的表达及预后意义

目的探讨肺腺癌(LUAD)组织中胞质分裂蛋白调节因子1(PRC1)的表达及其对LUAD患者预后的影响。方法通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析PRC1 mRNA在33种肿瘤中的表达情况,并用人类蛋白质图谱(HPA)数据库的免疫组化结果验证PRC1蛋白在LUAD中的表达。通过肿瘤基因图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库获得PRC1在LUAD中的表达数据及相关临床特征参数,分析PRC1 mRNA表达水平与LUAD患者的临床特征、总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)的关系。采用基因集富集分析(GSEA)预测PRC1相关的基因通路。结果TIMER数据库分析结果显示,17种肿瘤组织中PRC1 mRNA表达水平均高于正常对照组织。TCGA数据库、GSE31210和GSE75037数据集结果提示,LUAD组织中PRC1 mRNA表达水平均明显高于正常对照组织或癌旁正常组织,差异均有统计学意义(均P<0.01)。HPA数据库的免疫组化结果提示,PRC1蛋白在LUAD组织中呈高表达。TCGA数据库分析结果提示,PRC1 mRNA表达水平与LUAD患者的性别、吸烟、T分期、N分期和TNM分期均有关(均P<0.01)。TCGA数据库、GSE31210和GSE68465数据集结果提示,除GSE68465数据集中的PFS外,其余PRC1高表达组患者PFS和OS均差于低表达组(均P<0.05)。单因素和多因素Cox分析表明,PRC1 mRNA表达水平是影响LUAD患者OS和PFS的独立危险因素(均P<0.05)。GSEA结果提示,PRC1高表达样本富集在有丝分裂纺锤体、G2M检查点、E2F信号通路、DNA修复等基因集中。结论LUAD中PRC1 mRNA表达水平上调,PRC1高表达提示LUAD患者的预后差,可作为LUAD患者治疗的潜在靶点。

基于TCGA和GEO分析TTK在肺腺癌中的表达及临床意义

目的挖掘酪氨酸和苏氨酸蛋白激酶(TTK)在肺腺癌(LUAD)中的表达与临床病理特征及预后的联系。方法从肿瘤基因图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)下栽LUAD组织的TTK表达数据和临床资料,比较TTK在LUAD组织和正常肺上皮组织中的表达差异,分析其与临床病理参数的相关性,并评价TTK与患者预后的关联。结果相比于正常肺上皮组织,TTK在包括LUAD的泛癌组织中的表达显著升高。TTK的表达与患者TNM分期呈正相关,且在有吸烟史的患者中表达更高。相比于EGFR野生型的患者,EGFR突变的患者TTK表达显著下调a生存分析提示TTK表达越高,患者的总体生存率越低;多因素Cox回归结果表明TTK是LUAD患者独立预后因子e结论肺腺癌中TTK的表达明显升高,并与肿瘤的恶性表型及不良预后密切相关,可作为预后监测及药物治疗的新型分子标志物。

血浆纤维蛋白原水平与非小细胞肺癌患者烟草暴露、临床疗效及其预后的相关性分析

目的探讨血浆纤维蛋白原水平与非小细胞肺癌(NSCLC)患者烟草暴露、临床疗效及其预后的相关性。方法100例NSCLC患者作为观察组,100例健康体检者作为对照组,测定所有研究对象的血浆纤维蛋白原水平,分析NSCLC患者纤维蛋白原表达水平与烟草暴露、临床疗效的关系。通过访问癌症基因组图谱(TCGA)数据库,分析纤维蛋白原表达量与烟草暴露NSCLC患者临床病理特征及预后的关系。结果NSCLC患者纤维蛋白原水平显著高于健康者(P<0.001)。NSCLC患者烟草暴露会增加纤维蛋白原的表达(P<0.001),治疗有效者的纤维蛋白原水平显著低于治疗无效者(P<0.05)。治疗有效组中烟草暴露与非烟草暴露患者治疗后的纤维蛋白原水平均显著降低(P<0.05),治疗无效组患者治疗前、后的纤维蛋白原水平无明显变化。TCGA数据库分析显示,纤维蛋白原表达与患者烟草暴露呈正相关(P<0.01),纤维蛋白原高表达的患者更易出现淋巴结转移、TNM分期多处于晚期(P<0.05),总生存时间(OS)显著低于纤维蛋白原低表达的患者(P<0.01)。NSCLC患者纤维蛋白原过表达与烟草暴露、淋巴结转移、TNM分期及其预后相关。结论血浆纤维蛋白原可作为NSCLC患者临床疗效监测和预后预测的一种指标。