长链非编码RNA uc.417的生物信息学分析及其在棕色脂肪细胞中的表达研究

目的：对长链非编码RNA（lncRNA）uc.417进行系统的生物信息学分析，预测其可能参与的生物学过程，并初步研究其在棕色脂肪细胞中的表达。方法应用UCSC在线数据库获取lncRNA uc.417的序列、位置，并分析其特征；应用Ensemble数据库预测lncRNA uc.417靶基因。分离C57BL/6J小鼠肩胛部棕色脂肪，胶原酶法消化、接种培养并诱导其向成熟的棕色脂肪细胞分化。采用逆转录PCR法检测lncRNA uc.417，同源异型基因B6（HOXB6）及同源异型基因B7（HOXB7）在棕色脂肪细胞分化过程中的表达变化，采用t检验比较三者在分化过程第0-10天的表达差异。结果lncRNA uc.417在各物种之间高度保守，其序列所在染色体区域存在众多顺式作用元件结合位置以及大量表观遗传调控线索，可能的调控靶标为HOXB6与HOXB7。lncRNA uc.417在分化过程D4天的相对表达量显著高于D2（2.07±0.77比0.89±0.18，t=4.103，P〈0.01），分化过程D8天的相对表达量显著高于D6（10.68±3.28比3.12±0.88，t=-4.238，P〈0.01）。结论 lncRNA uc.417在棕色脂肪细胞成脂分化过程中表达量逐渐增加，生物信息学分析提示可能通过调控下游靶基因，参与棕色脂肪细胞成脂分化过程。