Smoothened沉默胚胎成纤维细胞NIH/3T3的mRNA表达谱分析

目的探讨通过沉默Smoothened(Smo)基因抑制Hedgehog通路后,小鼠胚胎成纤维细胞NIH/3T3中mRNA表达谱的变化。方法提取Smo沉默和对照NIH/3T3细胞的总RNA,并进行测序。与对照组比较,分析差异表达的mRNA,通过BLAST2GO和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析和预测这些差异表达mRNA的相关功能。选取差异表达mRNA进行实时定量PCR验证。结果通过测序在Smo沉默的NIH/3T3细胞中发现有2289个mRNA差异表达,其中1646个mRNA在Smo沉默后表达下调,而643个mRNA表达上调。荧光实时定量PCR结果与测序结果一致。生物信息学分析显示,差异表达mRNA参与细胞过程、单有机体过程、生物学调节。差异表达mRNA富集在轴突导向(ko04360)、癌症通路(ko05200)、癌症中的microRNA(ko05206)等通路。利用GEPIA数据库分析CXCL12、IL-33、TGF-β2和FGF10及其受体在食管癌和正常食管组织中的表达情况,和预后的预测分析。结论在NIH/3T3细胞中沉默Smo抑制Hedgehog通路可能会通过细胞因子CXCL12、IL-33、TGF-β2和FGF10影响肿瘤细胞的增殖。

食管腺癌细胞系及模型和3D培养的研究进展

食管腺癌是一种少见的恶性肿瘤。食管腺癌恶化和转移的性质为肿瘤的治疗带来了一定程度的困难和挑战。近年来,食管腺癌细胞系研究取得了一定程度的进展,但肿瘤细胞内微观分子水平的发生机制还有许多未被知晓,食管腺癌细胞间的差异性仍需要继续探索。食管腺癌细胞模型的建立和发展可用于研究肿瘤细胞性质和特点,各种肿瘤细胞模型为食管腺癌的发生机制提供了研究工具,有利于了解肿瘤细胞内基因的异常表达和微观信号分子对肿瘤增殖的影响因素。类器官的3D-培养能够为肿瘤细胞的异性质和微观水平表达的研究提供理想的平台,为推进对肿瘤细胞性质的研究提供了有利的条件。