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基于DOT的蛋白质-DNA对接研究
被引量:
1
1
作者
刘董敏
温志超
+1 位作者
常珊
田绪红
《湖北农业科学》
北大核心
2013年第23期5889-5893,共5页
采用大分子对接程序DOT对20个具有代表性的蛋白质-DNA体系进行对接,对对接结果就各打分项与体系中的带电性问题和构象变化问题之间的具体关系进行分析。结果表明,采用DOT对大部分蛋白质-DNA体系都找到了精确度较高的对接结果;范德华能...
采用大分子对接程序DOT对20个具有代表性的蛋白质-DNA体系进行对接,对对接结果就各打分项与体系中的带电性问题和构象变化问题之间的具体关系进行分析。结果表明,采用DOT对大部分蛋白质-DNA体系都找到了精确度较高的对接结果;范德华能和静电能对DOT组合能的贡献反映了蛋白质-DNA体系的天然特性;对接面上允许的碰撞原子个数(NB参数)与蛋白质和DNA结合前后溶剂可达表面变化面积(ASA)呈正比关系。
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关键词
蛋白质-DNA对接
DOT
构象变化
下载PDF
职称材料
蛋白质-核酸对接方法研究进展
被引量:
3
2
作者
刘董敏
常珊
+1 位作者
胡建平
田绪红
《现代生物医学进展》
CAS
2012年第5期979-983,987,共6页
分子对接技术作为预测蛋白质-核酸复合物结构的有效方法,为研究在生物学过程中蛋白质-核酸的相互作用提供了重要的工具。本文首先分析了当前蛋白质-核酸对接研究中的主要困难,例如构象变化和核糖磷酸骨架的带电性问题。然后从构象搜索...
分子对接技术作为预测蛋白质-核酸复合物结构的有效方法,为研究在生物学过程中蛋白质-核酸的相互作用提供了重要的工具。本文首先分析了当前蛋白质-核酸对接研究中的主要困难,例如构象变化和核糖磷酸骨架的带电性问题。然后从构象搜索、打分函数、柔性策略三个方面比较和总结了蛋白质-核酸对接中主要的计算方法。最后回顾了蛋白质-核酸对接计算模型的应用,并对未来的工作进行了展望。
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关键词
蛋白质-核酸对接
构象搜索
打分函数
柔性对接
原文传递
题名
基于DOT的蛋白质-DNA对接研究
被引量:
1
1
作者
刘董敏
温志超
常珊
田绪红
机构
华南农业大学信息学院
出处
《湖北农业科学》
北大核心
2013年第23期5889-5893,共5页
基金
国家自然科学基金项目(31200990
11047183)
+1 种基金
广东高校优秀青年创新人才培育项目(LYM10042)
广东省大学生创新实验项目(1056411055)
文摘
采用大分子对接程序DOT对20个具有代表性的蛋白质-DNA体系进行对接,对对接结果就各打分项与体系中的带电性问题和构象变化问题之间的具体关系进行分析。结果表明,采用DOT对大部分蛋白质-DNA体系都找到了精确度较高的对接结果;范德华能和静电能对DOT组合能的贡献反映了蛋白质-DNA体系的天然特性;对接面上允许的碰撞原子个数(NB参数)与蛋白质和DNA结合前后溶剂可达表面变化面积(ASA)呈正比关系。
关键词
蛋白质-DNA对接
DOT
构象变化
Keywords
protein-DNA docking
DOT
conformational change
分类号
Q615 [生物学—生物物理学]
下载PDF
职称材料
题名
蛋白质-核酸对接方法研究进展
被引量:
3
2
作者
刘董敏
常珊
胡建平
田绪红
机构
华南农业大学信息学院
乐山师范学院化学与生命科学学院
出处
《现代生物医学进展》
CAS
2012年第5期979-983,987,共6页
基金
国家自然科学基金项目(11047183)
广东高校优秀青年创新人才培育项目(LYM10042)
广东省科技计划项目(2010B080701070)
文摘
分子对接技术作为预测蛋白质-核酸复合物结构的有效方法,为研究在生物学过程中蛋白质-核酸的相互作用提供了重要的工具。本文首先分析了当前蛋白质-核酸对接研究中的主要困难,例如构象变化和核糖磷酸骨架的带电性问题。然后从构象搜索、打分函数、柔性策略三个方面比较和总结了蛋白质-核酸对接中主要的计算方法。最后回顾了蛋白质-核酸对接计算模型的应用,并对未来的工作进行了展望。
关键词
蛋白质-核酸对接
构象搜索
打分函数
柔性对接
Keywords
Protein-nuclei acid docking
Conformational search
Scorning function
Flexible docking
分类号
Q615 [生物学—生物物理学]
Q75 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于DOT的蛋白质-DNA对接研究
刘董敏
温志超
常珊
田绪红
《湖北农业科学》
北大核心
2013
1
下载PDF
职称材料
2
蛋白质-核酸对接方法研究进展
刘董敏
常珊
胡建平
田绪红
《现代生物医学进展》
CAS
2012
3
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
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