基于DOT的蛋白质-DNA对接研究

采用大分子对接程序DOT对20个具有代表性的蛋白质-DNA体系进行对接,对对接结果就各打分项与体系中的带电性问题和构象变化问题之间的具体关系进行分析。结果表明,采用DOT对大部分蛋白质-DNA体系都找到了精确度较高的对接结果;范德华能和静电能对DOT组合能的贡献反映了蛋白质-DNA体系的天然特性;对接面上允许的碰撞原子个数(NB参数)与蛋白质和DNA结合前后溶剂可达表面变化面积(ASA)呈正比关系。

蛋白质-核酸对接方法研究进展

分子对接技术作为预测蛋白质-核酸复合物结构的有效方法,为研究在生物学过程中蛋白质-核酸的相互作用提供了重要的工具。本文首先分析了当前蛋白质-核酸对接研究中的主要困难,例如构象变化和核糖磷酸骨架的带电性问题。然后从构象搜索、打分函数、柔性策略三个方面比较和总结了蛋白质-核酸对接中主要的计算方法。最后回顾了蛋白质-核酸对接计算模型的应用,并对未来的工作进行了展望。