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题名辣椒PP2C家族基因鉴定与响应低温胁迫的表达分析
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作者
马玉虎
魏敏
段盼盼
刘芳
匡小研
魏兵强
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机构
甘肃农业大学园艺学院
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出处
《干旱地区农业研究》
CSCD
北大核心
2023年第6期39-53,共15页
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基金
甘肃省重点研发项目(21YF5NA091)
兰州市人才创新创业项目(2021-RC-65)
甘肃农业大学青年导师扶持基金(GAU-QDFC-2020-07)。
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文摘
对辣椒PP2C基因家族成员进行全基因组鉴定和特征分析,并研究CaPP2Cs基因在低温胁迫下的表达模式,结果表明:在辣椒参考基因组共系统鉴定出99个CaPP2Cs基因家族成员,并不均匀地分布在12条染色体上,CaPP2Cs基因编码的氨基酸数介于99~1 572 aa,分子量介于10.94~178.40 Da,等电点介于4.08~9.51。系统进化树分析可将辣椒和拟南芥的PP2C基因分为13个亚族,每个亚族均含有辣椒PP2C基因,基因结构分析表明CaPP2Cs基因的外显子数量介于1~18;在CaPP2Cs基因的启动子中发现许多与光、低温和激素响应有关的顺式作用元件。转录组数据分析表明,CaPP2C31基因在叶片中的表达量显著高于其他基因,CaPP2C16则特异性地表达于授粉后50 d的胎座中。低温处理24 h时,CaPP2C97和CaPP2C3在叶片中呈现显著的下调表达;低温处理1 h时,CaPP2C36、CaPP2C5、CaPP2C53、CaPP2C43、CaPP2C99等基因在根中明显上调,CaPP2C19、CaPP2C23、CaPP2C44、CaPP2C95则显著下调,表明CaPP2Cs可能在辣椒响应低温胁迫中发挥作用。
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关键词
辣椒
生物信息学
表达模式
低温胁迫
PP2C基因
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Keywords
pepper
bioinformatics
expression pattern
low temperature stress
PP2C gene
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分类号
S641.3
[农业科学—蔬菜学]
Q945.78
[生物学—植物学]
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