用TaqMan-MGB荧光探针法检测北京地区幽门螺杆菌A2142G/A2143G耐药突变

目的用Taq Man-MGB荧光探针法检测北京地区幽门螺杆菌克拉霉素耐药位点A2142G、A2143G突变情况。方法收集北京大学人民医院消化科门诊尿素酶试验及病理活检均阳性的患者233例,所有患者均应用MGB荧光探针法和一代测序法对耐药位点A2142G/A2143G进行检测,其中79例患者同时进行传统培养联合药敏法检测。分析耐药位点突变发生率与患者年龄、性别和消化性溃疡的关系。结果 79例传统培养联合药敏法检测的标本中成功培养出42例,占53%（42/79）,其中耐药型菌株22例,敏感型菌株20例,而MGB荧光探针法成功检出77例,占97%（77/79）,其中野生型28例,突变型49例。在传统培养＋药敏法培养出的42例阳性标本中,两种方法检出的符合率为86%（36/42）。233例标本中,一代测序法成功检测出214例,占92%（214/233）,其中野生型138例,突变型76例。在76例突变型标本中,含A2142G突变（包括A2142G和A2142G＋野生）的标本占5%（4/76）,含A2143G突变（包括A2143G和A2143G＋野生）的标本占95%（72/76）。MGB荧光探针法成功检测出231例,占99%（231/233）,其中野生型141例,突变型90例。在90例突变型标本中,含A2142G突变的标本占14%（13/90）,含A2143G突变的标本占86%（77/90）。一代测序法和MGB荧光探针法在区分是否含有突变上的符合率为95%（203/214）。根据MGB荧光探针法检测结果将患者分为突变组与野生组,2组在年龄和性别上差异无统计学意义（t年龄=-0.685,P=0.493;χ-2性别=0.065,P=0.890）,而在消化性溃疡发生率上差异存在统计学意义（χ2=6.653,P=0.044）。结论TaqMan MGB荧光探针法可应用于临床快速、敏感地检测患者胃黏膜标本中幽门螺杆菌克拉霉素A2142G、A2143G耐药位点突变情况。

应用二代测序技术检测乳腺癌易感基因BRCA1/2和TP53及PTEN胚系突变

目的研究乳腺癌易感基因BRCA1、BRCA2、TP53、PTEN在中国乳腺癌患者中发生胚系突变的情况。方法本研究为探索性研究,选择2016年1月至2018年8月就诊于北京大学人民医院乳腺外科的女性乳腺癌患者128例。其中散发乳腺癌患者44例,具有遗传性乳腺癌高危因素的乳腺癌患者84例。应用二代测序技术对患者进行BRCA1、BRCA2、TP53及PTEN 4个基因的胚系突变情况进行检测。χ^2检验分析4种基因突变携带率在散发病例及具有遗传性高危因素的乳腺癌患者之间的分布。按照患者临床特点(有无家族史、是否为三阴型乳腺癌、年龄及是否为双侧乳腺癌)进行分组,其中有明确乳腺癌家族史42例,三阴型乳腺癌34例,早发性乳腺癌33例,双侧乳腺癌7例,Fisher确切概率检验比较BRCA1/2基因致病突变与遗传性高危因素乳腺癌患者临床特征之间的关系。结果128例乳腺癌患者中,检测到BRCA1/2胚系突变30例,其中致病突变13例,3例新发突变,BRCA1:c.4760C>G、BRCA2:c.4413_4414del和BRCA2:c.6482_6485del可能为中国人群特有突变。TP53突变3例,其中1例致病突变。3例突变均为早发乳腺癌。5例PTEN突变,其中3例致病突变。在84例具有遗传性高危因素的乳腺癌患者中4种易感基因突变的患者携带率40.5%(34/84),致病突变率15.4(13/84)。44例散发病例中,携带突变率为9%(4/44)。致病突变率为6.8%(3/44)。乳腺癌易感基因在具有遗传性高风险因素的乳腺癌患者携带率更高,与散发病例人群差异存在统计学意义(P<0.001)。BRCA1/2突变在具有遗传性高风险因素的乳腺癌患者各分组中差异均无统计学意义。结论乳腺癌易感基因胚系突变检测在乳腺癌风险预测、预后评价等方面具有重要意义。

中国汉族人群CYP2C9及VKORC1基因多态性及其对华法林用药剂量的相关性研究

目的分析中国汉族人群CYP2C9和VKORC1的基因多态性及其与华法林稳定维持剂量的相关性。方法回顾性研究。收集2017年10月至2018年4月在北京大学人民医院进行凝血分析检测的458例中国汉族患者,男性213例,女性245例,年龄范围26~94岁。采用PCR-荧光探针法检测CYP2C9*3位点和VKORC1-1639A>G位点基因多态性,458例患者中服用华法林进行抗凝治疗且凝血酶原时间国际标准化比值(INR)达标(在2.0~3.0范围内)的患者130例,记录患者基本信息、华法林用药剂量及凝血酶原时间国际标准化比值(INR),应用SPSS统计分析数据,与美国FDA推荐的不同基因型患者华法林推荐剂量的参考表格进行对比,并且对华法林预测剂量公式进行简单验证。结果458例抗凝患者中CYP2C9*1/*1(AA)基因型频率90.8%,CYP2C9*1/*3(AC)基因型频率8.5%,CYP2C9*3/*3(CC)基因型频率0.7%;VKORC1-1639GG基因型频率0.9%,VKORC1-1639AG基因型频率14.2%;VKORC1-1639AA基因型频率84.9%。在达到抗凝指标(国际标准化比值INR 2.0~3.0)后,结果显示CYP2C9*1/*3与*3/*3基因型患者平均每日剂量为(2.92±1.29);3(2.75,3.375)mg,低于野生型CYP2C9*1/*1基因型患者所需的平均每日华法林剂量(3.91±1.63);3(3,5)mg,差异有统计学意义(P=0.018)。VKORC1纯合突变基因型VKORC1-AA患者平均每日剂量为(3.68±1.64);3(3,4.31)mg,低于杂合基因突变型的平均每日剂量(4.54±1.29);4.5(3.28,6)mg,差异有统计学意义(P=0.001)。不同VKORC1+CYP2C9基因型患者的华法林应用剂量与美国FDA参考表格的推荐剂量具有一致性。Miao2007公式的预测准确度较IWPC公式低,且94.1%的患者华法林剂量被低估。结论携带CYP2C9*3突变基因或VKORC1-AA纯合突变基因型的患者所需华法林剂量较低,CYP2C9和VKORC1基因多态性与华法林稳定维持剂量具有一定的相关性。

应用下一代测序技术检测BRCA1/2及同源重组修复通路多基因胚系突变及相关性分析

目的应用下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术检测乳腺癌患者及高风险个体胚系基因突变,分析同源重组修复(homologous recombination repair,HR)通路基因突变状态与乳腺癌临床病理特征的相关性,以补充中国乳腺癌相关基因突变数据库。方法本研究为横断面研究,收集2020年10月至2021年9月就诊于北京大学人民医院并自愿接受基因检测的350例乳腺癌患者和49例乳腺癌高风险个体的全血样本。应用NGS检测32个乳腺癌相关基因的胚系突变情况,统计乳腺癌患者发病年龄、肿瘤家族史、单/双侧肿瘤、Luminal分型(Luminal A型、Luminal B型、HER2过表达型和三阴性乳腺癌)、肿瘤大小、肿瘤转移情况等临床病理特征,采用χ^(2)检验和Fisher精确概率检验分析HR通路基因突变与临床病理特征的相关性。结果在350例乳腺癌患者中,64例(18.3%)携带基因致病突变(包括致病和疑似致病两类突变),包括47例(13.4%)BRCA1/2突变,16例(4.6%)非BRCA1/2基因突变,1例(0.3%)BRCA2和FANCL突变。在49例乳腺癌高风险个体中,7例(14.3%)携带基因致病突变,包括6例(12.3%)BRCA1/2突变,1例(2%)ATM突变。BRCA1/2致病突变与乳腺癌发病年龄相关(18%,8.7%,χ^(2)=6.346,P=0.012),发病年龄≤45岁的乳腺癌患者突变频率较高。HR通路基因突变(包括致病、疑似致病和临床意义不明确的三类突变)与单/双侧肿瘤(49.5%,68.4%,χ^(2)=4.841,P=0.028)和Luminal分型(45.7%,62.2%,32%,60%,χ^(2)=12.004,P=0.007)具有相关性,双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者突变频率较高。结论乳腺癌高风险个体BRCA1/2致病突变频率与乳腺癌患者相近,对高风险个体进行BRCA1/2检测有利于指导乳腺癌的筛查和预防。早发性乳腺癌、双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者HR通路基因突变频率较高,应及早进行HR通路基因检测,为乳腺癌的诊疗预后和风险评估提供实验室依据。

乳腺癌多通路基因检测及突变情况分析

目的研究中国女性乳腺癌患者多通路胚系基因突变分布及其与临床病理特征的相关性,丰富中国人群乳腺癌胚系基因突变数据库,为乳腺癌靶向药的应用提供实验室依据。方法收集2017年1月至2019年7月北京大学人民医院乳腺外科经病理诊断确诊的148例乳腺癌女性患者的全血样本,发病年龄24~80岁。应用二代测序技术检测患者HR、MMR、BER、KDR通路相关基因的胚系突变情况,进行致病性判读,筛选出致病、可能致病和致病意义未明的突变,分析患者发病年龄、luminal分型、肿瘤大小、肿瘤转移情况、家族史等临床病理特征,采用χ2检验和Fisher确切概率检验研究不同通路基因突变与临床病理特征的相关性。结果148例乳腺癌患者中,69例携带HR通路基因突变(包括致病、可能致病、致病意义不明3类突变),16例携带MMR通路基因突变,6例携带BER通路基因突变,8例携带KDR通路基因突变。HR通路的ATM基因突变与乳腺癌luminal分型呈相关性趋势(P=0.059),突变倾向于发生在HER2过表达型乳腺癌患者中。MMR通路的PMS2突变与肿瘤大小呈相关性趋势(P=0.060),突变倾向于发生在肿瘤直径>50 mm的患者中。KDR基因突变与乳腺癌luminal分型和家族史具有相关性(P=0.002,P=0.024)。结论中国女性乳腺癌人群BER、KDR、MMR、HR通路的基因突变检出频率依次升高。ATM、PMS2和KDR基因的胚系突变可能参与了中国女性乳腺癌的发生发展。乳腺癌多通路基因检测可为PARP抑制剂、曲妥珠单抗等靶向药物的使用提供实验室依据。