基于转录组的褐软蜡蚧微卫星分子标记开发

褐软蜡蚧Coccushesperidum是一种在世界范围内危害多种经济作物和园林树木的昆虫.基于高通量测序技术获得褐软蜡蚧的转录组数据,通过微卫量识别工具(MISA)筛选SSR位点,同时利用PrimerPremier3批量设计引物并进行验证.结果显示,褐软蜡蚧的转录组数据经过拼接和聚类,最终获得111073条单基因簇(unigenes),长度为201~23463bp,平均长度为1687bp,并通过MISA预测到51272个SSR位点.其中,单核苷酸重复率最高(87.14%),三核苷酸重复率次之(8.93%),二核苷酸重复率最低(2.74%);单核苷酸以A/T重复为主(80.16%),三核苷酸以CCG/CGG重复为主(2.33%),二核苷酸以AG/CT重复为主(1.24%).同时利用七大数据库进行功能注释,GO注释率最高,为47.85%.此外,共随机挑选50对引物,其中15对引物在3个褐软蜡蚧地理种群中均成功扩增出目的条带.通过转录组数据筛选褐软蜡蚧SSR位点,为褐软蜡蚧的种群遗传及功能基因等研究奠定基础.