背景与目的:基因芯片技术是利用杂交测序方法,可大规模高通量地检测不同组织、细胞中的基因表达水平的技术。该研究采用基因芯片技术筛选前列腺癌及前列腺炎症穿刺组织中差异表达的基因并对其进行生物学信息分析。方法:采用美国Affymetr...背景与目的:基因芯片技术是利用杂交测序方法,可大规模高通量地检测不同组织、细胞中的基因表达水平的技术。该研究采用基因芯片技术筛选前列腺癌及前列腺炎症穿刺组织中差异表达的基因并对其进行生物学信息分析。方法:采用美国Affymetrix Human U133 plus 2.0基因表达谱芯片,按一步法分别抽提恶性程度较高的前列腺癌及前列腺炎症组织的总RNA,并分离纯化这两种组织的m RNA。经逆转录合成掺入生物素标记的c DNA合成探针,与芯片杂交和严格洗片后,用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像。用生物信息学方法分析前列腺癌及前列腺炎症组织中差异表达基因。结果:按照表达差异倍数大于等于2,P<0.05的筛选条件,筛选出差异基因1 819条,其中上调表达基因1 025条和下调表达基因794条。采用GO富集分析发现这些差异基因主要涉及细胞周期、分子代谢等分子功能以及生物学过程;KEGG信号通路分析发现,这些差异基因主要涉及嘌呤核苷酸代谢等代谢通路。STING在线工具分析对差异基因编码的蛋白质间的相互作用进行分析,结果发现这些基因编码的蛋白间的相互作用主要集中在TPX2、ANLN、NUSAP1、MELK、DLGAP5、KIF11、TOP2A及RRM2等20个关键节点基因。最后对重要节点基因进行文献挖掘,发现CEP55和ANLN基因可能与前列腺癌的发生和转移有关。结论:在前列腺癌的发生、发展中,促使细胞进入增殖周期的相关基因的活化、代谢相关酶类基因活性的异常、细胞黏附功能相关基因的抑制以及细胞移行相关基因的激活等因素发挥了重要的作用。系统的分析这些基因发现,CEP55和ANLN基因与前列腺癌的发生和预后关系密切,为下一步研究实验提供有价值的线索。进一步研究相关差异基因将有望发现新的早期诊断指标,为建立个体化治疗方案和预后评估系统提供帮助。展开更多
文摘背景与目的:基因芯片技术是利用杂交测序方法,可大规模高通量地检测不同组织、细胞中的基因表达水平的技术。该研究采用基因芯片技术筛选前列腺癌及前列腺炎症穿刺组织中差异表达的基因并对其进行生物学信息分析。方法:采用美国Affymetrix Human U133 plus 2.0基因表达谱芯片,按一步法分别抽提恶性程度较高的前列腺癌及前列腺炎症组织的总RNA,并分离纯化这两种组织的m RNA。经逆转录合成掺入生物素标记的c DNA合成探针,与芯片杂交和严格洗片后,用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像。用生物信息学方法分析前列腺癌及前列腺炎症组织中差异表达基因。结果:按照表达差异倍数大于等于2,P<0.05的筛选条件,筛选出差异基因1 819条,其中上调表达基因1 025条和下调表达基因794条。采用GO富集分析发现这些差异基因主要涉及细胞周期、分子代谢等分子功能以及生物学过程;KEGG信号通路分析发现,这些差异基因主要涉及嘌呤核苷酸代谢等代谢通路。STING在线工具分析对差异基因编码的蛋白质间的相互作用进行分析,结果发现这些基因编码的蛋白间的相互作用主要集中在TPX2、ANLN、NUSAP1、MELK、DLGAP5、KIF11、TOP2A及RRM2等20个关键节点基因。最后对重要节点基因进行文献挖掘,发现CEP55和ANLN基因可能与前列腺癌的发生和转移有关。结论:在前列腺癌的发生、发展中,促使细胞进入增殖周期的相关基因的活化、代谢相关酶类基因活性的异常、细胞黏附功能相关基因的抑制以及细胞移行相关基因的激活等因素发挥了重要的作用。系统的分析这些基因发现,CEP55和ANLN基因与前列腺癌的发生和预后关系密切,为下一步研究实验提供有价值的线索。进一步研究相关差异基因将有望发现新的早期诊断指标,为建立个体化治疗方案和预后评估系统提供帮助。
