为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读...为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。展开更多
山东某樱桃谷鸭场出现以患鸭短喙、长舌、生长不良为主要特征的疾病,疑似感染鸭短喙与侏儒综合征病毒(duckling short beak and dwarfism syndrome virus,SBDSV)。本研究旨在分离鉴定该病毒,并检测其对樱桃谷鸭的致病性。首先,通过临床...山东某樱桃谷鸭场出现以患鸭短喙、长舌、生长不良为主要特征的疾病,疑似感染鸭短喙与侏儒综合征病毒(duckling short beak and dwarfism syndrome virus,SBDSV)。本研究旨在分离鉴定该病毒,并检测其对樱桃谷鸭的致病性。首先,通过临床症状、病理变化、病料PCR检测,确定感染鸭短喙侏儒综合征病毒。其次,用SPF鸭胚分离培养病毒后,对病毒进行电镜观察和同源性与系统发育树分析,再检测病毒尿囊液EID_(50)。最后,动物回归试验中,给2日龄樱桃谷鸭口服病毒感染鸭胚尿囊液,观察致病特点,以及用PCR和间接免疫荧光试验检测病毒分布。结果显示:SPF鸭胚接毒后96~120 h鸭胚死亡,电镜观察病毒粒子大小为20~50 nm,尿囊液EID_(50)为10^(-4.85)·0.2 mL^(-1)。尿囊液PCR检测SBDSV为阳性,证明从鸭胚中成功分离培养SBDSV。该病例主要临床表现短喙和体重降低,感染后2周内持续排毒,VP 2片段与鸭短喙侏儒综合征病毒序列的相似性为99.8%,表明是由鸭短喙与侏儒综合征病毒感染引起,命名为SBDS-SD株。动物回归试验中,出现短喙、腹泻、体重显著降低等与自然病例相似的临床症状。本试验成功分离到一株鸭短喙与侏儒综合征病毒,并验证其对樱桃谷鸭具有致病性,为该病的进一步研究提供基础。展开更多
文摘为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。
