基于Lasso-Cox回归模型的肺腺癌基因学预后风险分析

目的通过构建Lasso-Cox模型筛选肺腺癌差异表达基因,计算患者风险评分,构建肺腺癌预测模型,为肺腺癌的研究提供潜在的基因靶点,并为临床诊疗及预后提供新方向。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)和肿瘤基因表达数据库(GEO)的肺腺癌基因表达和临床数据,用TCGA数据库训练模型,并合并两数据库用以模型验证,筛选的肺腺癌差异表达基因(DEGs)通过多因素Lasso-Cox回归构建风险评分预后模型,结合临床资料以确定肺腺癌最终的独立预后预测因素。利用GO富集分析、KEGG通路分析和CIBERSORTx免疫分析对风险模型差异表达基因进行生物学解释。结果通过单变量Cox和Lasso-Cox回归分析,获得了与肺腺癌预后相关的9个差异表达基因。结合临床数据的多因素Cox回归模型显示,恶性肿瘤病史、N分期、T分期和风险评分是预后的独立影响因素。结论本研究构建的肺腺癌预后模型可以有效预测患者的预后风险,为临床决策和个性化治疗提供理论基础。

基于孟德尔随机化的甲状腺功能减退症与非酒精性脂肪性肝病的因果分析

目的通过两样本孟德尔随机化方法探索甲状腺功能减退和非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)之间的因果关系。方法利用全基因组关联研究数据,确定与甲状腺功能减退相关遗传变异数据为工具变量(IV),使用MR-Egger回归、逆方差加权法(IVW)和加权中位数法(WME)检验甲状腺功能减退和非酒精性脂肪性肝病之间的因果效应,用OR对因果关系进行评价。结果研究共纳入334个SNP位点作为工具变量,工具变量不存在异质性和多效性。IVW估计中,基于两个数据集分别得到暴露的OR值[OR(95%CI):21.30(3.61~125.50)]和[OR(95%CI):5.79(1.03~32.47)],均表明甲状腺功能减退与NAFLD之间存在显著的因果关联(P<0.05),且孟德尔随机化结果稳健。结论甲状腺功能减退与NAFLD之间存在潜在的因果关系。

乙型肝炎病毒相关肝细胞癌关键基因筛选及其与预后关系的生物信息学分析

目的:采用生物信息学方法识别与乙型肝炎病毒相关肝细胞癌(HBV-HCC)的早期诊断和不良预后相关的关键基因,阐明HBV-HCC发生发展的潜在分子机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中检索“hepatitis Binduced HCC”,下载基因数据集GSE121248,通过R软件中的“limma”数据包筛选差异表达基因(DEGs),采用“clusterProfiler”数据包对DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,采用STRING数据库和Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络并筛选关键基因。采用基因表达水平值的交互式分析(GEPIA)、Kaplan Meier-Plotter和人类蛋白质图谱(HPA)数据库验证关键基因及其蛋白质表达水平,采用“CIBERSORT”数据包分析免疫细胞的浸润情况。结果:共筛选出574个DEGs,其中上调基因173个,下调基因401个。GO功能富集分析,DEGs主要富集于小分子代谢、信号转导、免疫应答和炎症反应等生物学过程;KEGG通路富集分析,DEGs主要富集于视黄醇代谢、细胞色素P450对外源药物代谢通路和化学致癌作用等。筛选PPI网络中的细胞分裂周期20(CDC20)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白A2(CCNA2)、纺锤体检测点蛋白(BUB1B)、拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)、Discs大同源相关蛋白5(DLGAP5)、异常纺锤体样小头畸形相关蛋白(ASPM)、中心体蛋白55(CEP55)、驱动蛋白超家族11(KIF11)和驱动蛋白超家族20A(KIF20A)为HBV-HCC的关键基因。GEPIA数据库分析,上述10种关键基因在HCC患者中均呈高表达。Kaplan-Meier生存曲线分析,关键基因高表达的HCC患者总生存期短于低表达患者。结论:细胞周期与病毒致癌作用相关基因(CDC20、CDK1、CCNA2和BUB1B)与HBV-HCC患者的发生发展及不良预后有密切关联,可能成为诊断标志物和治疗新靶点。

基于G-计算的高血压、抑郁在2型糖尿病与认知功能之间的因果多中介分析

目的探究2型糖尿病(T2DM)与认知功能之间的直接因果效应,以及高血压和抑郁在其因果关系中的中介效应。方法选取美国国家健康和营养检查调查(NHANES)数据库2013年至2014年60~80岁研究对象1306例,根据是否患T2DM分为对照组和T2DM组。采用G-计算因果多中介分析方法,分析二分类中介高血压、连续型中介抑郁两变量在T2DM与认知功能间的中介效应,并根据性别进行亚组分析。结果T2DM与动物词语流畅性测试、数字符号替换测试之间直接效应差异均有统计学意义,b和95%CI分别为-0.75(95%CI:-1.45~-0.04)和-4.10(95%CI:-6.02~-2.18)。高血压、抑郁在T2DM暴露与认知功能关系中起到部分中介作用,b和95%CI分别为-0.11(95%CI:-0.21~0.00)和-0.50(95%CI:-0.94~-0.05)。亚组分析结果显示,不同性别的直接、间接效应不同。结论T2DM引起认知功能下降可能由高血压和抑郁介导,性别可能是调节变量,预防、管理及治疗合并症对降低认知功能障碍发生风险有重要作用。

糖尿病及糖尿病前期人群中血尿酸与血糖的关联:基于协变量均衡广义倾向性评分法

目的:探讨2型糖尿病(T2DM)及糖尿病前期人群中血尿酸(SUA)与血糖的关联。方法:从2020年1月至2022年12月于淄博市某三级医院体检的人群中,选取新确诊的T2DM患者1012人,糖尿病前期1025人。分别利用两个人群数据,采用随机森林算法筛选与血糖关系密切的关键协变量,采用协变量均衡广义倾向性评分法均衡关键协变量后,对SUA与血糖水平进行加权线性回归。结果:筛选出甘油三酯、年龄、谷氨酰胺转肽酶、谷草转氨酶、肌酐、低密度脂蛋白、总胆固醇、碱性磷酸酶、尿素、谷草/谷丙为关键协变量。在T2DM人群中,均衡后协变量与SUA的相关系数均值为0.0044;在糖尿病前期人群中,均衡后相关系数均值为0.0781。加权线性回归结果显示,在T2DM人群中,血尿酸(100倍)水平与血糖变化呈负关联,β(95%CI)为-0.424(-0.601~-0.247);在糖尿病前期人群中两者的关联没有统计学意义,β(95%CI)为0.001(-0.020~0.021)。结论:T2DM患者血尿酸水平与血糖呈负关联。