上海脑库脑组织样本的质量控制分析

目的通过对脑脊液pH值、脑组织RNA完整值(RIN)、转录组和蛋白质组检测以及形态学观察,评估上海脑库收集的脑组织用于后续生物学研究的可行性。方法使用pH试纸检测新鲜脑脊液pH值;使用安捷伦RNA 6000 Nano芯片和2100生物分析仪对低温冻存的脑组织RNA进行完整性检测;使用BGIseq-500测序仪对低温冻存的颞上回(STG)或尾状核(CN)进行转录组测序;使用Q Exactive HF质谱仪对低温冻存脑组织进行蛋白质组分析;使用HE染色观察STG的形态学。结果捐献脑组织样本的脑脊液pH值在6.5左右;65%以上的低温冻存脑组织的RIN>6,RNA质量较好;转录组测序过滤后clean reads比值>20或30的碱基数占总碱基数比例基本达到80%以上,表明文库质量较高;质谱分析得到超过4000个蛋白质组,3万多个肽段,说明蛋白数据质量较好;脑组织形态学较为正常,能清晰观察到神经元形态。结论上海脑库脑组织样本的RNA和蛋白质质量能用于开展分子生物学相关研究,并可用于形态学观察。