γ-氨基丁酸能神经元条件性敲除PGC-1α基因对小鼠焦虑抑郁行为的影响

目的:探讨γ-氨基丁酸能神经元条件性敲除PGC-1α基因对小鼠焦虑抑郁行为的影响。方法:经实验室繁殖及基因型鉴定获得足够数量的PGC-1α基因敲除小鼠(纯合子小鼠),通过垂直开场实验、高架十字迷宫、强迫游泳以及悬尾实验评价条件性敲除PGC-1α基因对小鼠焦虑抑郁行为的影响。结果:垂直型开场行为学结果表明,纯合子小鼠开场行为活动显著高于杂合子(P<0.05)与野生型(P<0.01),运动、活动能力更强;高架十字迷宫实验结果表明,纯合子小鼠进入开放臂频率百分比显著高于杂合子和野生型小鼠(P<0.05),表现出抗焦虑特性;悬尾和强迫游泳实验结果表明,纯合子小鼠静止不动时间显著低于野生型小鼠(P<0.05),表现出抗抑郁特性。结论:γ-氨基丁酸能神经元条件性敲除PGC-1α基因使小鼠表现出抗焦虑和抗抑郁行为。

基于多重生物信息学分析对膀胱癌关键基因及其调控网络的研究

目的:利用多重生物信息学分析工具,初步探讨与膀胱癌相关的基因及其调控网络。方法:从GEO数据库下载膀胱癌基因芯片表达数据(GSE13507、GSE7476),从TCGA下载膀胱尿路上皮癌的RNA-seq数据,使用R语言的limma包筛选重合差异基因,然后在Metascape网站进行富集分析(GO和KEGG分析),把差异基因导入String在线分析网站进行PPI分析,筛选出重要蛋白表达模块、关键核心基因及其调控网络,结合TCGA临床数据,分析关键核心基因的临床价值。结果:共获得301个差异基因,其中在膀胱癌中有41个表达上调,260个表达下调。他们与细胞基质的黏附、生长因子的反应、整合素的结合等功能相关,同时与黏着斑信号,Wnt信号等通路相关。蛋白质互作网络分析获得6个重点蛋白质表达模块,得到两组核心基因,在这些基因中CDC20、TPM1、ACTA2、MYH11、MYLK、CALD1与膀胱癌患者总生存期密切相关。结论:本研究发现CDC20、TPM1、ACTA2、MYH11、MYLK、CALD1可能是膀胱癌发生、发展相关核心基因和未来新的治疗靶点。

长链非编码RNA KUCG1通过MAGEA11调节PTEN/AKT/mTOR途径促进ccRCC舒尼替尼的耐药性

目的:探究长链非编码RNA(lncRNA)KUCG1在肾癌舒尼替尼耐药中的作用。方法:qPCR检测舒尼替尼耐药的肾癌细胞KUCG1表达变化。CCK-8、侵袭实验和流式细胞术分析KUCG1对肾癌细胞增殖、侵袭、凋亡和耐药性的影响。Western blot分析KUCG1对PTEN/AKT/mTOR通路的影响。qPCR检测KUCG1周围基因变化,并研究MAGEA11对肾癌细胞生物学行为的影响。结果:与正常肾癌细胞相比,耐药的肾癌细胞KUCG1表达明显下降。体外试验结果显示,KUCG1表达下调后细胞增殖、侵袭和耐药性增强,凋亡受抑制。KUCG1表达下调可抑制PTEN表达,激活AKT/mTOR通路。KUCG1下调可通过上调其周围MAGEA11表达,抑制PTEN表达,激活AKT/mTOR通路。MAGEA11下调后肾癌细胞增殖、侵袭能力下降,凋亡增强。结论:KUCG1表达下调通过上调MAGEA11表达调节PTEN/AKT/mTOR通路,促进ccRCC舒尼替尼耐药,有望成为ccRCC分子靶向药物耐药的预后标志物和潜在治疗靶点。

基于生物信息学分析miR-130b-3p在肾透明细胞癌中的表达、靶基因及预后价值

目的:采用生物信息学方法分析miR-130b-3p在肾透明细胞癌(KIRC)组织中的表达,预测其靶基因,并探究其预后价值,为进一步研究miR-130b-3p在KIRC中的调控机制和临床应用提供理论依据。方法:采用miRBase分析miR-130b-3p的保守性;dbDEMC2.0数据库评估miR-130b-3p在人肿瘤组织和正常组织中的表达,采用UCSC数据库的RNA-seq数据分析miR-130b-3p在KIRC组织中的表达;Stabase3.0和UALCAN数据库预测和确定miR-130b-3p在KIRC的靶基因,并采用Metascape对miR-130b-3p靶基因进行GO功能及KEGG通路富集分析;Kaplan-Meier Plotter分析miR-130b-3p表达与患者总生存期的关系,评估其在KIRC患者的预后意义。结果:miR-130b-3p序列在物种间高度保守,在肾癌(KDCA)等多种肿瘤中表达上调,且在KDCA高分级中较低分级明显上调;进一步分析其在KDCA最常见类型,即KIRC组织中的表达,结果显示,miR-130b-3p在KIRC组织中明显上调;预测获得miR-130b-3p在KIRC中的靶基因集包含87个靶基因;富集分析结果显示,靶基因主要富集于细胞自噬、顶树突发育、磷脂酰肌醇生物合成过程、肌动蛋白细胞骨架形成等生物过程和甲状腺激素合成、肌动蛋白细胞骨架调节及Ras等信号通路;生存分析显示,miR-130b-3p与KIRC患者不良预后显著相关。结论:miR-130b-3p在KIRC中表达异常,且涉及多个生物学过程和信号转导通路,可作为KIRC潜在的预后生物标志物。

基于多重数据库的肾癌转移相关基因生物信息分析及功能初探

目的:通过生物信息学技术探讨肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞基因表达差异,寻找关键的差异基因及与其可能相关的分子机制。方法:从GEO基因芯片数据库中下载人肾癌转移瘤和原发性肾癌的相关基因芯片数据GSE85258,用GCBI在线工具分析肾癌转移瘤和原发性肾癌的差异表达基因。分析差异表达基因GO及Pathway;筛选出既符合GO又符合Pathway的差异基因;将差异基因之间的相互作用及共表达关系构建基因网络图;构建差异基因Pathway网络图。通过体外细胞侵袭实验验证差异基因在肾癌细胞中的功能。结果:GSE85258数据集中共筛选出3000个差异基因,其中表面活性蛋白2(SFTPA2)升高最显著,SLC17A3降低最明显。GO分析显示,差异基因主要参与DNA依赖性转录,信号转导,小分子代谢过程等多个生物学功能。Pathway分析显示,差异基因主要参与内质网蛋白质加工,代谢途径,癌症途径等生物学过程。差异基因相互作用分析显示MAPK1为核心信号传递中介,PRKCA、NRAS、NOS1等基因与其直接作用。差异基因间共表达既有正相关也有负相关,其中与周围基因关系最多的10个基因,互为正相关。Pathway网络分析显示MAPK信号通路是上下游通路最多的信号通路,其包含细胞周期、细胞凋亡、P53信号通路、癌症途径等与肿瘤发生相关的信号通路。侵袭实验显示,抑制SFTPA2表达可降低肾癌细胞的侵袭能力(t=18.44,P<0.01)。结论:肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞存在表达差异基因,其中SFTPA2、MAPK1、PRKCA、NOS1可能是关键差异基因,其可能参与MAPK信号通路等,促进肾癌转移。