猪眼肌面积的全基因组关联分析

为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因,试验收集2783头杜洛克猪和2424头杜长大猪的LEA115数据,使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型。对杜洛克猪的基因型数据进行质量控制,去除个体基因型检出率<0.95的样品,去除单核苷酸多态性(single-nucleotide pdymorphism,SNP)基因型检出率<0.99、最小等位基因频率<0.05、哈代-温伯格平衡检验P值<1×10^(-6)的SNP位点;对杜长大猪不进行哈代-温伯格平衡检验,其余质量控制条件同杜洛克猪。利用ASReml软件对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行遗传参数估计,使用rMVP软件包提供的FarmCPU(fixed and random model circulating probability unification)模型对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),筛选显著的SNP位点,在显著SNP位点上下游500 kb范围内挖掘潜在候选基因。通过NCBI和Animal QTL等数据库最终鉴定出杜洛克猪和杜长大猪LEA115的候选基因。结果表明:杜洛克猪和杜长大猪的LEA115均为低等遗传力,分别为0.13和0.09。与杜洛克猪LEA115显著相关的显著SNP位点有11个,分布在5,6,7,8,13,14,15,16号染色体上;与杜长大猪LEA115显著相关的SNP位点有10个,分布在1,2,6,7,8,9,13号染色体上。KLHL21、NUDT3、PACSIN1、SPDEF、SNRPC、ANKS1A、ENSSSCG00000043323、CHCHD6基因可作为杜洛克猪LEA115的候选基因;ENSSSCG00000052059、SLC39A7、ABHD4基因可作为杜长大猪LEA115的候选基因。说明与猪LEA115显著相关的SNP位点和候选基因为猪LEA115的标记辅助选择提供了分子遗传标记。

商品猪群体效应对纯种猪胴体性状基因组选择准确性的影响

旨在探究提高杜洛克猪胴体性状基因组选择准确性的方法,为提高种猪胴体性状的基因组选择准确性提供理论基础。本研究以2796头杜洛克公猪和3149头杜长大商品猪的校正115 kg体重日龄(AGE115)、校正115 kg背膘厚(BF115)和校正115 kg眼肌面积(LEA115)为研究对象。构建加性动物模型和加显动物模型验证显性效应对杜洛克猪基因组选择准确性的影响;探究在参考群中对杜洛克猪与杜长大猪进行不同的组合对于杜洛克猪基因组选择准确性的影响。参考群分组如下:组1,杜洛克猪作为参考群;组2,杜长大猪作为参考群;组3,杜洛克和杜长大猪合并作为参考群。研究结果表明:加入显性效应后,AGE115基因组选择的准确性在组1、组2、组3中提高了2.84%~4.87%,杜洛克猪BF115和LEA115的基因组选择准确性在组1、组3中提高了1.37%~16.18%;组3相对于组1,在加性动物模型中BF115和LEA115的基因组选择准确性提高了6.19%~7.35%,在加显动物模型中BF115的基因组选择准确性提高了6.52%。综上,显性效应能够提升猪胴体性状的基因组选择准确性,合并杜洛克猪与杜长大猪作参考群能够提升猪部分胴体性状的基因组选择准确性,建议将合适的杂种猪群体纳入纯种猪选育的参考群。