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利用SNP芯片信息评估新疆近交牛基因组纯合度
被引量:
8
1
作者
师睿
张毅
+11 位作者
王雅春
黄涛
卢国昌
岳涛
卢振西
黄锡霞
卫新璞
冯书堂
陈军
乌兰·卡格德尔
茹先古丽·阿不力孜
努尔胡马尔·木合塔尔
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期493-505,I0003,共14页
新疆近交牛是经45年近亲繁育形成的近交群体,但由于繁育记录缺失,其原始亲本品种未知。为了明确新疆近交牛的遗传背景,并探索利用基因组信息评价牛群近交水平的可行性,本研究利用该群体及荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛等16个国内外牛品...
新疆近交牛是经45年近亲繁育形成的近交群体,但由于繁育记录缺失,其原始亲本品种未知。为了明确新疆近交牛的遗传背景,并探索利用基因组信息评价牛群近交水平的可行性,本研究利用该群体及荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛等16个国内外牛品种的SNP芯片数据,应用主成分分析和Admixture方法对塔城地区新疆近交牛的群体结构进行分析;通过进一步计算新疆近交牛、荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛的群体遗传学参数以及基因组近交指标评估各群体近交程度;结合新疆近交牛的体型分类和基因组近交指标信息,探讨了个体近交程度与体型表现的关系;最后,基于对新疆近交牛和哈萨克牛高频长纯合片段区域的筛选,鉴定了新疆近交牛基因组特征区域。研究结果显示,新疆近交牛的遗传背景与哈萨克牛基本一致,近交牛基因组纯合程度明显高于其他群体,且基因纯合率越高的近交牛其体型越小,在一定程度上呈现了近交衰退对体型的影响。本研究还鉴定到与新疆近交牛基因组特征区域相关的6个基本生物学通路以及与重要经济性状相关的32个数量基因座(quantitative trait loci,QTL)。本研究结果为新疆近交牛这一特殊遗传资源的育种规划及未来该群体的开发利用提供了科学依据。
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关键词
新疆近交牛
群体结构
基因组近交
长纯合片段
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职称材料
新疆褐牛近交群体的鉴定研究
被引量:
5
2
作者
马力鹏
黄涛
+5 位作者
卢国昌
李秀英
卢振宇
翟腾蛟
程悦聪
冯书堂
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2015年第12期3274-3281,共8页
试验旨在检测新疆褐牛近交群体的遗传相似性和群体的纯合度。利用13对微卫星引物对由2头新疆褐牛经40年完全封闭繁育出的55头新疆褐牛近交群体和25头对照组新疆褐牛的遗传结构特征进行了比对分析,以期开展对近交群体的鉴定研究。结果发...
试验旨在检测新疆褐牛近交群体的遗传相似性和群体的纯合度。利用13对微卫星引物对由2头新疆褐牛经40年完全封闭繁育出的55头新疆褐牛近交群体和25头对照组新疆褐牛的遗传结构特征进行了比对分析,以期开展对近交群体的鉴定研究。结果发现,新疆褐牛近交群体的纯合度为0.9064,多态信息含量为0.0873,可知该群体具有低多态性;对照组新疆褐牛的纯合度为0.4647,多态信息含量为0.4882。将该近交群体按毛色分为4个亚群:A、B、C和D,各亚群的遗传纯合度分别为0.9029、0.9632、0.9208和0.9551。结果表明受检测的新疆褐牛近交群体有较高的纯合度和很低的杂合性,已成为遗传纯度很高的近交群体。该封闭的近交新疆褐牛群体是中国牛品种中难得、宝贵的遗传资源。
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关键词
新疆褐牛
近交群体
遗传相似性
纯合度
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职称材料
《辽园》叠石水系与植物配置
被引量:
1
3
作者
卢国昌
《中国园林》
1999年第5期6-7,共2页
本文介绍了《辽园》自然、粗旷、活泼而有韵律的叠石水系及富有北方特色的四季植物景观的配置。
关键词
辽园
叠石水系
植物配植
营造
园林建筑
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职称材料
题名
利用SNP芯片信息评估新疆近交牛基因组纯合度
被引量:
8
1
作者
师睿
张毅
王雅春
黄涛
卢国昌
岳涛
卢振西
黄锡霞
卫新璞
冯书堂
陈军
乌兰·卡格德尔
茹先古丽·阿不力孜
努尔胡马尔·木合塔尔
机构
中国农业大学动物科技学院
新疆石河子大学动物科学技术学院
新疆锦盛旺农业科技有限公司
新疆塔城地区畜牧科技研究推广中心
新疆农业大学动物科学学院
新疆呼图壁种牛场有限公司
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
新疆维吾尔自治区畜牧总站
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期493-505,I0003,共14页
基金
现代农业(奶牛)产业技术体系建设专项资金(编号:CARS-36)
长江学者和创新团队发展计划项目(编号:IRT_15R62)资助。
文摘
新疆近交牛是经45年近亲繁育形成的近交群体,但由于繁育记录缺失,其原始亲本品种未知。为了明确新疆近交牛的遗传背景,并探索利用基因组信息评价牛群近交水平的可行性,本研究利用该群体及荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛等16个国内外牛品种的SNP芯片数据,应用主成分分析和Admixture方法对塔城地区新疆近交牛的群体结构进行分析;通过进一步计算新疆近交牛、荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛的群体遗传学参数以及基因组近交指标评估各群体近交程度;结合新疆近交牛的体型分类和基因组近交指标信息,探讨了个体近交程度与体型表现的关系;最后,基于对新疆近交牛和哈萨克牛高频长纯合片段区域的筛选,鉴定了新疆近交牛基因组特征区域。研究结果显示,新疆近交牛的遗传背景与哈萨克牛基本一致,近交牛基因组纯合程度明显高于其他群体,且基因纯合率越高的近交牛其体型越小,在一定程度上呈现了近交衰退对体型的影响。本研究还鉴定到与新疆近交牛基因组特征区域相关的6个基本生物学通路以及与重要经济性状相关的32个数量基因座(quantitative trait loci,QTL)。本研究结果为新疆近交牛这一特殊遗传资源的育种规划及未来该群体的开发利用提供了科学依据。
关键词
新疆近交牛
群体结构
基因组近交
长纯合片段
Keywords
Xinjiang inbred cattle
population structure
genomic inbreeding
runs of homozygosity
分类号
S823 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
新疆褐牛近交群体的鉴定研究
被引量:
5
2
作者
马力鹏
黄涛
卢国昌
李秀英
卢振宇
翟腾蛟
程悦聪
冯书堂
机构
石河子大学动物科技学院
塔城恰夏褐牛养殖场
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2015年第12期3274-3281,共8页
基金
国家自然科学基金(31460586)
教育部留学归国人员科研启动基金((2013)1092)
文摘
试验旨在检测新疆褐牛近交群体的遗传相似性和群体的纯合度。利用13对微卫星引物对由2头新疆褐牛经40年完全封闭繁育出的55头新疆褐牛近交群体和25头对照组新疆褐牛的遗传结构特征进行了比对分析,以期开展对近交群体的鉴定研究。结果发现,新疆褐牛近交群体的纯合度为0.9064,多态信息含量为0.0873,可知该群体具有低多态性;对照组新疆褐牛的纯合度为0.4647,多态信息含量为0.4882。将该近交群体按毛色分为4个亚群:A、B、C和D,各亚群的遗传纯合度分别为0.9029、0.9632、0.9208和0.9551。结果表明受检测的新疆褐牛近交群体有较高的纯合度和很低的杂合性,已成为遗传纯度很高的近交群体。该封闭的近交新疆褐牛群体是中国牛品种中难得、宝贵的遗传资源。
关键词
新疆褐牛
近交群体
遗传相似性
纯合度
Keywords
Xinjiang Brown cattle
inbred groups
genetic similarity
homozygosity
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
《辽园》叠石水系与植物配置
被引量:
1
3
作者
卢国昌
机构
沈阳市公园管理处技术科
出处
《中国园林》
1999年第5期6-7,共2页
文摘
本文介绍了《辽园》自然、粗旷、活泼而有韵律的叠石水系及富有北方特色的四季植物景观的配置。
关键词
辽园
叠石水系
植物配植
营造
园林建筑
分类号
TU986.4 [建筑科学—城市规划与设计]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用SNP芯片信息评估新疆近交牛基因组纯合度
师睿
张毅
王雅春
黄涛
卢国昌
岳涛
卢振西
黄锡霞
卫新璞
冯书堂
陈军
乌兰·卡格德尔
茹先古丽·阿不力孜
努尔胡马尔·木合塔尔
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020
8
下载PDF
职称材料
2
新疆褐牛近交群体的鉴定研究
马力鹏
黄涛
卢国昌
李秀英
卢振宇
翟腾蛟
程悦聪
冯书堂
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2015
5
下载PDF
职称材料
3
《辽园》叠石水系与植物配置
卢国昌
《中国园林》
1999
1
下载PDF
职称材料
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