基于生物信息学构建骨肉瘤miRNA-mRNA的调控网络

背景:骨肉瘤是常见的原发性恶性肿瘤,其极易转移及预后较差;miRNA调控基因的表达参与骨肉瘤的发生与发展,但其潜在的miRNA-mRNA调控网络尚未全面建立。目的:通过生物学分析方法,构建骨肉瘤发病机制中潜在miRNA-mRNA调控网络,以便更全面地阐明骨肉瘤的发病机制。方法:从GEO数据库获取miRNA微阵列数据集(GSE65071),利用GEO2R对20个骨肉瘤血浆样本和15个健康者血浆样本的数据进行差异表达分析,筛选出在骨中有靶向基因的差异表达miRNA,并预测差异表达miRNA潜在转录因子。同时,从GEO数据库获得GSE16088数据集并在线分析获取差异表达基因,将靶基因与差异表达基因交集获得目标基因。最后,对目标基因进行GO注释和KEGG通路富集分析,构建PPI网络和筛选出关键基因,进一步评估关键基因的表达。结果与结论:共筛选出8个上调差异表达miRNA和14个下调差异表达miRNA,其主要转录因子有EGR1、POU2F1、SP1、SP4、NFIC、LHX3。22个差异表达miRNA靶基因与差异表达基因交集共获得110个目标基因。KEGG途径分析显示目标基因主要涉及细胞衰老、Apelin信号通路和癌症中的蛋白聚糖等途径。PPI网络分析显示CCNB1、AURKA、CD44较为重要。结果显示,通过构建骨肉瘤发病相关潜在miRNA-mRNA调控网络,为深入研究骨肉瘤分子机制提供理论基础,也为开发新的治疗靶标提供科学依据。

基于网络药理学分析丹参在骨关节炎中的作用机制

目的:运用网络药理学方法,探讨丹参有效成分对OA靶基因及信号通路的影响,揭示其可能的作用机制。方法:先通过TCMSP数据库筛选丹参有效成分及靶点,再采用GeneCards、OMIM数据库筛选与OA相关的基因并与靶点交集获得靶基因,然后利用Cytoscape3.6.1软件作出丹参有效成分与靶基因关系网络图,并对靶基因进行GO、KEGG富集分析。结果:丹参中筛选出木犀草素、丹参酮ⅡA和隐丹参酮等57种有效成分和作用于OA的IL-6、AKT1、VEGFA、EGFR、STAT3等65个靶基因。富集分析显示靶基因主要富含在细胞因子受体结合、DNA结合转录激活因子活性和RNA聚合酶Ⅱ特异性等生物过程,涉及PI3K-Akt、IL-17、JAK-STAT、MAPK及NF-kappa B等信号通路。结论:从网络药理学角度筛选丹参治疗OA潜在的有效成分及作用靶基因和信号通路,为开发丹参的相关新药治疗OA提供理论依据。

活血化瘀法干预下荷骨肉瘤裸鼠内环境缺氧诱导因子-1α变化机制的研究

目的:通过观察活血化瘀方干预骨肿瘤实验鼠模型,揭示活血化瘀法干预下荷骨肉瘤裸鼠的缺氧诱导因子(Hypoxia-inducible Factor,HIF-1α)-1α变化情况,阐明活血化瘀法的作用机制。方法:16只裸鼠造模成功后,随机分组为:A、B、C、D组,按各自给药方法灌胃,4周后处死实验鼠,采集实验鼠骨肿瘤组织及瘤体的骨髓腔组织,分别检测HIF-1α、T辅助淋巴细胞(CD4^(+)T细胞)的变化。结果:治疗后提示HIF-1α的阳性百分比变化为A组升高,B、C、D降低,其中D组最明显,依次是C组、B组,表明中药的治疗有效,联合甲氨蝶呤效果更明显,组间的比较采用方差检验,P<0.05;CD4^(+)T细胞的变化(百分比),D组的变化最明细,依次为C组、B组,组间比较P<0.05。结论:活血化瘀法对荷骨肉瘤裸鼠的治疗有效,其作用机制考虑与调节机体的HIF-1α、CD4^(+)T细胞有关。

多芯片联合分析骨关节炎的分子机制

背景:骨关节炎是最常见的慢性关节疾病,其发病机制与复杂的基因调控网络密切相关,但其潜在网络尚未完全明确。目的:利用生物信息学分析方法挖掘骨关节炎滑膜组织中的重要基因、通路、miRNA-mRNA调控网络和免疫浸润情况,以便更全面地阐明骨关节炎的发病机制。方法:从GEO数据库获取GSE1919、GSE55235和GSE12021基因表达谱芯片,利用R软件筛选差异表达基因,并对其进行富集分析;接着建立蛋白质-蛋白质互作网络和预测差异表达基因上游的miRNA,构建miRNA-mRNA网络,筛选出重要基因和miRNA;最后利用CIBERSORT算法分析骨关节炎与正常对照组滑膜组织的免疫浸润情况。结果与结论:获得64个上调和23个下调差异表达基因,GO分析主要富集在对类固醇激素的反应、对皮质类固醇的反应、对脂多糖的反应和白细胞迁移等;KEGG分析显示白细胞介素17、NF-κB、TNF和MAPK等通路与骨关节炎密切相关;miRNA-mRNA网络分析显示白细胞介素6、VEGFA、MYC等10个关键基因和miR-21-5p、miR-142-3p在骨关节炎中较为重要;免疫浸润结果表明,骨关节炎滑膜和正常滑膜中幼稚B细胞、浆细胞和调节性T细胞等6种免疫细胞存在着明显的差异。该研究构建了miRNA-mRNA调控网络和深究滑膜组织免疫浸润的差异,为从滑膜方向全面阐明骨关节炎的发病机制提供理论依据。

基于网络药理学探讨四妙散治疗痛风性关节炎的潜在机制

目的利用网络药理学方法探索四妙散治疗痛风性关节炎的潜在机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台筛出四妙散的有效成分及其靶标;使用GeneGards和OMIM数据库筛获得与疾病相关基因,将其与药物靶标交集获得靶基因;接着对靶基因进行GO和KEGG富集分析,同时利用STRING数据库构建靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络并筛出关键基因;最后构建药物-基因-通路网络。结果四妙散中有40个有效成分作用于197个靶标,与痛风性关节炎相关的基因有215个,通过交集得到27个靶基因,其主要富集在622个GO条目和KEGG途径分析得到的IL-17、TNF等109条信号通路中;PTGS2、PPARG和CCL2等5个基因是关键基因。结论四妙散主要通过PTGS2、PPARG、CCL2等基因及IL-17和TNF信号通路有效控制痛风性关节炎的发展。

关于预嘱尊严死的认知和接受度调查——以ICU终末期患者家属为例

[目的]了解重症监护室(Intensive Care Unit,ICU)终末期患者家属对预嘱尊严死的认知与接受度,为生前预嘱推广提供理论参考。[方法]对100例广州中医药大学第三附属医院和广东省第二中医院的ICU终末期患者家属进行调研,探讨他们对生前预嘱的认知接受度及其影响因素,采用描述性统计分析、χ2检验等方法分析数据。[结果] 48例填写问卷之前"从未听说过生前预嘱";对不了解生前预嘱的患者家属给予解释后,53例家属表示理解并愿意填写帮助安排临终时是否使用生命支持系统的文件。家庭年收入、认为临终时使用生命支持系统对延长存活时间有无意义是家属对预嘱尊严死的接受度(P<0. 05)的影响因素,性别、受教育程度、职业、是否目睹过患者临终前的情况对预嘱尊严死的认知和接受度影响不显著(P>0. 05)。[结论] ICU终末期患者家属对预嘱尊严死的认知和接受度处于较低的水平,推广生前预嘱仍需更多努力。

血管生成素-2表达与骨肉瘤预后关系的Meta分析

目的系统评价血管生成素-2(Ang-2)的表达情况与骨肉瘤的关系,以期为骨肉瘤的预后评价提供循证学依据。方法在PubMed、Web of Science、Embase、Cochrane图书馆、中国生物医学文献数据库、中国知网、维普全文数据库、万方知识服务平台等数据库检索相关文献,根据纳入和排除标准筛选关于Ang-2的表达情况与骨肉瘤关系的队列研究并进行资料提取、质量评价及Meta分析;通过亚组分析观察不同临床分期对研究结果的影响。结果本研究最终纳入5篇相关文献,共386例患者。Meta分析结果显示,试验组患者Ang-2的表达水平明显高于对照组(P﹤0.01)。Ⅱb期骨肉瘤中Ang-2的表达水平明显高于Ⅱa期,Ⅲ期骨肉瘤中Ang-2的表达水平明显高于Ⅱb期(P﹤0.01)。两组不同性别骨肉瘤患者Ang-2的表达水平比较,差异无统计学意义(P﹥0.05)。结论根据现有文献表明,Ang-2在骨肉瘤中呈高表达,且与患者的分期、肿瘤直径及肺转移情况密切相关,可以作为骨肉瘤预后的重要标志物。

探讨肠道菌群对膝骨关节炎治疗的影响

膝骨关节炎是一种中老年人常见的慢性疾病,因其发病率及致残率高,严重影响患者的生存质量。膝骨关节炎不仅增加了患者及其家庭乃至社会的经济压力,而且还加重了心理负担。治疗方案虽然多,但目前尚无根治方法,而且疗效也参差不齐。肠道菌群作为人体巨大的微生物宝库,拥有着很大的潜力,这使之成为了科研领域一个新的研究热点,其对膝骨关节炎的影响也成为了人们关注的焦点。本文通过查阅相关文献,从慢性炎症、代谢性疾病、成骨细胞以及破骨细胞这四个方面来阐述和总结肠道菌群与膝骨关节炎的关系,以期为临床上治疗膝骨关节炎提供新的方法与思路。