旨在通过对太平洋牡蛎海洋酸化条件下转录组的分析,探讨其响应海洋酸化的分子机制。利用NCBI中太平洋牡蛎海洋酸化胁迫下的RNA-seq数据(包括4个组:pH 7.8、7.4、7.0、6.6),通过Fastp、Hisat2、Samtools以及R语言分析,对其进行了差异基因...旨在通过对太平洋牡蛎海洋酸化条件下转录组的分析,探讨其响应海洋酸化的分子机制。利用NCBI中太平洋牡蛎海洋酸化胁迫下的RNA-seq数据(包括4个组:pH 7.8、7.4、7.0、6.6),通过Fastp、Hisat2、Samtools以及R语言分析,对其进行了差异基因、GO和KEGG等分析。结果显示:pH 7.4 vs pH 7.8组、pH 7.0 vs pH 7.8组及pH 6.6 vs p H 7.8组分别有61个、93个和943个显著差异表达基因。通过对pH 6.6 vs p H 7.8组显著差异表达基因进行GO分析发现这些基因显著富集于代谢、遗传信息处理和人类疾病等分子功能上,KEGG富集分析发现这些基因显著富集在糖代谢、脂类代谢、免疫机能上。表达分析表明,随着pH的下降,与能量代谢和免疫相关的基因表达量显著下降,如糖代谢中的糖原磷酸化酶的表达量从41.5几乎下降到0;氨基酸代谢中的精氨酸激酶1的表达量从1438几乎下降到0,精氨酸激酶2的表达量从27下降到3;脂肪代谢中的脂肪酸合成酶的表达量从28下降到2.5。这些基因的表达显著抑制可能使牡蛎机体能量代谢发生紊乱;此外,与免疫相关的基因,如CD151,其表达量从45几乎下降到0,受到极显著的抑制,可能使牡蛎体内渗透压发生改变,导致免疫系统紊乱,降低其抵挡外界环境变化的能力。综上可知,海洋酸化极可能导致牡蛎机体代谢和免疫系统的紊乱,降低太平洋牡蛎抵挡外界环境变化的能力。展开更多
文摘旨在通过对太平洋牡蛎海洋酸化条件下转录组的分析,探讨其响应海洋酸化的分子机制。利用NCBI中太平洋牡蛎海洋酸化胁迫下的RNA-seq数据(包括4个组:pH 7.8、7.4、7.0、6.6),通过Fastp、Hisat2、Samtools以及R语言分析,对其进行了差异基因、GO和KEGG等分析。结果显示:pH 7.4 vs pH 7.8组、pH 7.0 vs pH 7.8组及pH 6.6 vs p H 7.8组分别有61个、93个和943个显著差异表达基因。通过对pH 6.6 vs p H 7.8组显著差异表达基因进行GO分析发现这些基因显著富集于代谢、遗传信息处理和人类疾病等分子功能上,KEGG富集分析发现这些基因显著富集在糖代谢、脂类代谢、免疫机能上。表达分析表明,随着pH的下降,与能量代谢和免疫相关的基因表达量显著下降,如糖代谢中的糖原磷酸化酶的表达量从41.5几乎下降到0;氨基酸代谢中的精氨酸激酶1的表达量从1438几乎下降到0,精氨酸激酶2的表达量从27下降到3;脂肪代谢中的脂肪酸合成酶的表达量从28下降到2.5。这些基因的表达显著抑制可能使牡蛎机体能量代谢发生紊乱;此外,与免疫相关的基因,如CD151,其表达量从45几乎下降到0,受到极显著的抑制,可能使牡蛎体内渗透压发生改变,导致免疫系统紊乱,降低其抵挡外界环境变化的能力。综上可知,海洋酸化极可能导致牡蛎机体代谢和免疫系统的紊乱,降低太平洋牡蛎抵挡外界环境变化的能力。
