基于DNA甲基化鉴定口腔鳞状细胞癌预后生物标志物

目的通过生物信息学方法鉴定口腔鳞状细胞癌(OSCC)差异甲基化区域(DMR)中的基因和其生物学特性,并进一步探讨DMRs中的关键基因在预后中的潜在临床应用价值。方法DNA甲基化分析数据集GSE87053下载自GEO数据库。应用R软件对GSE87053行数据归一化和质控后筛选出差异甲基化位点(DMP),并将其聚类以得出DMRs。应用wANNOVAR工具对DMRs行基因注释。通过DAVID数据库行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以明确基因的生物学特性。通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,同时应用Cytoscape软件的MCODE模块鉴定出PPI中的关键基因。最后,通过GEPIA数据库对关键基因行Kaplan-Meier分析,明确关键基因与OSCC患者总生存期(OS)的相关性。结果DNA甲基化分析数据集GSE87053中包含10例正常样本和11例OSCC样本,共筛选出93650个DMPs(qvalue<0.05),并聚类得出168个DMRs(fwer<0.05)。DMRs中注释得出的194个异常甲基化基因于GO分析中在转录和转录因子活性等条目显着富集(pvalue<0.05),于KEGG通路分析中在癌症通路和Notch信号通路等条目显着富集(pvalue<0.05);PPI网络与Cytoscape软件的MCODE模块分析鉴定出CTBP1、RUNX1、NCOR2、CTBP2和HDAC4可作为基于DMRs分析中的OSCC关键基因。进一步Kaplan-Meier分析显示,CTBP1和HDAC4与OSCC患者的OS相关(P<0.05)。结论基于DMRs分析的OSCC关键基因CTBP1和HDAC4可作为潜在的预后生物标志物或临床靶标,但仍需进一步研究来验证和阐明这些基因在OSCC中的生物学功能。