融合蛋白质语言模型与深度神经网络的植物蛋白质相互作用预测研究

预测植物中的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)具有重要的生物学意义。同时采用了4种编码方法及深度神经网络构建了蛋白质相互作用预测模型。结果表明,提出的融合蛋白质语言模型Ankh与深度神经网络的方法构建的PPI预测模型性能在3种植物数据集上均获得了最优的AUPR和AUC值,Sen及MCC值也均优于其他4种蛋白质相互作用预测模型。当模型在水稻、大豆的植物PPI数据集上进行测试时,所提出的模型AUPR值分别为0.8025、0.7301,AUC值分别为0.9562、0.9507。这些优异的结果表明,融合蛋白质语言模型Ankh的PPI模型可以作为植物蛋白质相互作用预测的一个有前途的工具。