RPL3可作为低级别胶质瘤的预后标志物且与免疫细胞浸润相关

目的 研究核糖体大亚基蛋白3(ribosomal protein L3,RPL3)在低级别胶质瘤(low-grade glioma, LGG)中的表达、潜在的预后价值及其对免疫细胞浸润的影响。方法 提取肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression, GTEx)、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)和肿瘤免疫评估资源(Tumor IMmune Estimation Resource, TIMER)数据库中LGG相关数据集,应用多种生物信息学分析,探讨RPL3与LGG预后、临床病理特征、免疫细胞浸润、免疫检查点表达等相关性。结果 与正常组织相比,LGG肿瘤组织中RPL3的mRNA水平和蛋白水平升高。单变量和多变量Cox分析发现,RPL3是LGG的独立预后因素,且RPL3低表达与LGG预后不良相关。RPL3表达与CD8^(+)T细胞、B细胞、树突状细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平显著负相关。RPL3也被证实与免疫检查点CD274、PDCD1、CTLA4、TIGIT、SIGLEC15、PDCD1LG2及LAG3显著共表达。结论 RPL3在LGG中表达增加,且低表达与预后不良相关。RPL3可能通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞浸润影响肿瘤的发展,RPL3可能作为LGG免疫治疗的潜在靶点。

替莫唑胺对胶质母细胞瘤基因表达谱影响的研究

目的:探索替莫唑胺(TMZ)对胶质母细胞瘤裸鼠移植瘤模型基因表达谱的影响。方法:从基因表达公共数据库(GEO)下载表达谱数据集GSE47809,采用GEO2R在线工具筛选不同实验条件组别的差异表达基因(DEGs),然后对差异基因分别进行基因本体(GO)功能富集分析、通路富集分析、基因共表达网络分析和通路互作网络分析。结果:从TMZ处理组和未处理组脑肿瘤组织之间共鉴定出1936个差异基因,其中1031个上调表达基因,905个下调表达基因。GO富集分析表明,DEGs发挥的分子功能集中在蛋白结合、ATP结合、蛋白激酶活性、细胞骨架蛋白结合、转录因子活性等,主要参与转录调控、信号转导、轴突导向、细胞凋亡调控、细胞黏附、细胞周期停滞和DNA复制等生物学过程。通路富集分析发现,DEGs显著富集的通路包括肿瘤通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、细胞骨架调节、细胞周期、Hippo信号通路、P53通路等。网络分析挖掘出的核心基因有PI3KCD、AKT3、表皮生长因子受体(EGFR)、蛋白磷酸酶1催化亚基β(PPP1CB)、磷脂酰肌醇5-激酶1α(PIP5K1A)、辅肌动蛋白α1(ACTN1),核心通路包括MAPK信号通路、细胞凋亡、肿瘤通路和细胞周期等。结论:替莫唑胺引起胶质母细胞瘤基因转录谱发生明显改变,主要涉及细胞周期阻滞、凋亡诱导、细胞侵袭和转移等生物过程和信号通路,为深入研究TMZ细胞毒性机制和耐药机制提供参考。

胶质母细胞瘤相关基因的生物信息学分析

目的筛选胶质母细胞瘤(GBM)相关的基因并进行生物信息学分析。方法从基因表达公共数据库中下载GSE65626表达谱数据集,运用BRB-ArrayTools软件筛选差异表达基因(DEGs),然后对差异基因进行基因本体(GO)功能富集分析和Pathway富集分析,并建立与分析pathway互作网络。结果共筛选出572个DGEs,包括上调基因209个,下调基因363个。GO富集分析发现差异基因涉及细胞外基质聚合与分解、轴突引导、血管新生、细胞粘附与迁移等生物过程。Pathway富集分析结果表明ECM-受体互作、粘着斑、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、紧密连接等pathways显著富集。互作网络分析挖掘出的核心pathways包括细胞骨架调节、黏着连接、粘着斑和MAPK信号通路。结论GBM组织和正常脑组织之间的基因表达谱不同,为进一步探索GBM病理发生的分子机制提供了潜在的基因靶标。

miR-130a-3p通过下调CPEB4增加胶质母细胞瘤替莫唑胺的敏感性

目的探索miR-130a-3p对胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)替莫唑胺(temozolomide,TMZ)化疗敏感性的影响与机制。方法采用实时荧光逆转录定量聚合酶链反应(real-time reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测胶质瘤细胞T98G细胞和TMZ耐药T98G-R细胞中miR-130a-3p以及胞质多聚腺苷酸化元件结合蛋白4(cytoplasmic polyadenylation element binding protein 4,CPEB4)的相对表达水平。四甲基偶氮唑盐(methylthiazolyldiphenyl-tetrazolium bromide,MTT)实验检测胶质瘤细胞的增殖能力,流式细胞术检测细胞凋亡情况,荧光素酶报告实验检测miR-130a-3p与CPEB4的结合。结果T98G-R耐药细胞中miR-130a-3p表达水平较T98G细胞降低(0.25±0.08 vs.1.00±0.05,P<0.01),CPEB4表达水平较T98G细胞升高(1.37±0.17 vs.1.00±0.05,P<0.01)。MTT实验及流式细胞术结果表明,miR-130a-3p过表达可抑制胶质瘤细胞的增殖,促进TMZ诱导的细胞凋亡,但其可以被CPEB4过表达所逆转。荧光素酶报告实验显示,miR-130a-3p可以与CPEB4的3′-非翻译区结合,过表达miR-130a-3p抑制CPEB4的表达。结论miR-130a-3p通过靶向抑制CPEB4表达,促进胶质瘤细胞凋亡,增加GBM对TMZ的敏感性。

多形性胶质母细胞瘤相关miRNAs的鉴定与分析

目的筛选多形性胶质母细胞瘤(glioblastoma multiforme,GBM)相关的miRNAs并进行生物信息学分析。方法从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载芯片数据集GSE65626,采用BRB-Array Tools鉴定差异表达miRNAs。利用miRanda和TargetScan在线工具预测差异表达miRNAs的靶基因,然后对靶基因进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和通路富集分析,并构建miRNA-Gene互作网络。结果从GBM组织和瘤旁组织之间共筛选出128个差异表达miRNAs,其中61个上调表达,67个下调表达。GO功能富集分析表明差异表达miRNAs的靶基因主要涉及转录调控、信号传导、轴突导向、细胞粘附、细胞增殖与凋亡调控等生物过程。通路富集分析发现靶基因显著富集于磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K)-Akt信号通路、粘着斑、细胞骨架调节、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路、轴突导向等通路。miRNA-Gene互作网络分析鉴定的核心miRNAs有hsa-miR-106b-5p、hsa-miR-195-5p、hsa-miR-5001-5p、hsa-miR-27a-3p、hsa-miR-130a-3p。结论 miRNAs表达异常在人类GBM中发挥着重要作用,为阐明miRNAs在GBM发生发展过程中的分子机制以及开发靶向治疗提供基础。

miR-130a-3p在胶质母细胞瘤中的表达与靶基因分析

目的探索miR-130a-3p在胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)细胞中的表达水平,预测并分析miR-130a-3p的靶基因。方法采用实时聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测GBM细胞和正常人胶质细胞中miR-130a-3p的相对表达水平。选择miRanda、DIANA、TargetScan和PicTar工具预测miR-130a-3p的靶基因,对靶基因进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和通路富集分析,基于STRING数据库进一步建立蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)并利用Cytoscape软件进行可视化分析。结果相对于正常人胶质细胞,miR-130a-3p在GBM细胞中的表达水平显著下调。四种预测工具取交集后共筛选出302个靶基因。GO富集分析表明miR-130a-3p靶基因主要参与转录调控、蛋白泛素化、Wnt信号、miRNA介导基因沉默、DNA损伤反应、细胞迁移等生物学过程和分子功能。通路富集分析发现miR-130a-3p靶基因主要富集于转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、内吞、自噬调节、胶质瘤、FoxO信号通路等。结论miR-130a-3p在GBM细胞中低表达,其靶基因涉及多个肿瘤发生相关的信号通路,为进一步阐明其在GBM发生过程中的调控机制以及开发靶向治疗提供参考。