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四倍体海岛棉LTR反转录转座子的数量与分布
被引量:
1
1
作者
刘震
张树林
+1 位作者
史莹慧
彭仁海
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期124-130,共7页
棉花是重要的纤维作物,在四个栽培棉种中,海岛棉纤维品质最优,了解LTR反转录转座子的数量与分布,可以促进海岛棉基因组的研究。通过综合不同方法挖掘海岛棉基因组中的LTR反转录转座子序列,并进行家族归类和数据分析。结果表明海岛棉A亚...
棉花是重要的纤维作物,在四个栽培棉种中,海岛棉纤维品质最优,了解LTR反转录转座子的数量与分布,可以促进海岛棉基因组的研究。通过综合不同方法挖掘海岛棉基因组中的LTR反转录转座子序列,并进行家族归类和数据分析。结果表明海岛棉A亚组和D亚组共有的LTR反转录转座子家族占全部家族的95%,LTR反转录转座子的Copia超家族和Gypsy超家族的分布特征有明显的不同,但相同超家族在相同亚组染色体上则表现出相似的特征。LTR反转录转座子周边基因的GO注释主要富集在结合活性、催化活性和代谢过程等方面。研究结果揭示了LTR反转录转座子在海岛棉染色体上的分布特征及其周边基因的功能富集。
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关键词
海岛棉
LTR反转录转座子
分布
基因组
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题名
四倍体海岛棉LTR反转录转座子的数量与分布
被引量:
1
1
作者
刘震
张树林
史莹慧
彭仁海
机构
安阳工学院生物与食品工程学院
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期124-130,共7页
基金
国家自然科学基金项目(31471548)
河南省科技发展计划(152300410009)
+2 种基金
河南省高等学校重点科研项目(18A180010)
安阳工学院校科研基金(YJJ2017007)
棉花生物学国家重点实验室开放课题(CB2015A21)
文摘
棉花是重要的纤维作物,在四个栽培棉种中,海岛棉纤维品质最优,了解LTR反转录转座子的数量与分布,可以促进海岛棉基因组的研究。通过综合不同方法挖掘海岛棉基因组中的LTR反转录转座子序列,并进行家族归类和数据分析。结果表明海岛棉A亚组和D亚组共有的LTR反转录转座子家族占全部家族的95%,LTR反转录转座子的Copia超家族和Gypsy超家族的分布特征有明显的不同,但相同超家族在相同亚组染色体上则表现出相似的特征。LTR反转录转座子周边基因的GO注释主要富集在结合活性、催化活性和代谢过程等方面。研究结果揭示了LTR反转录转座子在海岛棉染色体上的分布特征及其周边基因的功能富集。
关键词
海岛棉
LTR反转录转座子
分布
基因组
Keywords
Gossypium barbadense
LTR retrotransposon
distribution
genome
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
S562 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
四倍体海岛棉LTR反转录转座子的数量与分布
刘震
张树林
史莹慧
彭仁海
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
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