鸡MDA5的序列分析与结构域预测

为了解鸡黑色素瘤分化相关基因-5(Melanoma differentiation-associated protein 5,MDA5)的序列和结构域,试验使用PCR方法扩增了鸡MDA5基因并构建真核表达质粒,实现了鸡MDA5蛋白的真核表达,同时利用MegAlign等软件对鸡MDA5氨基酸序列进行分析。结果显示:鸡MDA5全长3 006 bp,编码1 001个氨基酸;鸡MDA5与人、猕猴、野猪、小鼠、绿头鸭、灰雁、鸿雁、鲫鱼、草鱼的氨基酸相似性分别为62.4%、62.9%、62.7%、64.1%、86.8%、87.3%、87.4%、48.1%、46.3%;鸡MDA5与鸟类进化关系较近,与哺乳动物次之,与鱼类进化关系较远;鸡MDA5由N端两个半胱天冬酶激活招募结构域、DExD/H box RNA解旋酶结构域和C端结构域组成;鸡MDA5二级结构包含α螺旋(50.95%)、延伸链(11.19%)、β转角(3.9%)和无规则卷曲(33.97%),三级结构与人MDA5类似,在空间上呈现半闭合环状结构。研究成功鉴定了鸡MDA5基因,分析了其基因序列并预测其结构域,为深入研究鸡MDA5结构与功能及其在鸡抗病毒天然免疫应答中的作用奠定基础。

马岗鹅RIG-Ⅰ基因扩增及序列分析

为研究马岗鹅维甲酸诱导基因Ⅰ(Retinoic acid inducible gene-Ⅰ,RIG-Ⅰ)的基因序列特征,试验扩增了马岗鹅RIG-Ⅰ基因,分析了马岗鹅RIG-Ⅰ基因序列并表达了其蛋白。结果显示:马岗鹅RIG-Ⅰ基因cDNA的开放阅读框全长为2 805 bp,编码934个氨基酸,蛋白分子量约为106.63 ku;马岗鹅RIG-Ⅰ蛋白具有2个串联的N端半胱天冬酶募集结构域、DExD/H-box RNA解旋酶结构域和C端结构域;马岗鹅RIG-Ⅰ与其它鸟类亲缘关系较近,与哺乳动物亲缘关系次之,与鱼类亲缘关系较远;马岗鹅RIG-Ⅰ蛋白结构以α-螺旋为主(占比50.21%),无规则卷曲次之(占比37.69%),延伸链较少(占比12.10%);马岗鹅RIG-Ⅰ真核表达质粒成功表达了约106 ku的蛋白。研究成功鉴定了马岗鹅RIG-Ⅰ基因并表达其蛋白,为进一步制备该蛋白的特异性抗体和研究鹅RIG-Ⅰ在抗病毒天然免疫中的功能奠定了基础。