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基于TCGA、GEO数据库联合挖掘胰腺癌诊断和预后生物标志物的研究
1
作者
张泽娟
黄睿
+2 位作者
吉茹悦
周鸣卓
麻江涛
《中文科技期刊数据库(全文版)医药卫生》
2023年第12期47-51,共5页
我们应用TCGA肿瘤转录组数据库联合GEO基因芯片数据库,通过生物信息学手段挖掘影响胰腺癌诊断和预后的关键基因。方法 通过limma包对TCGA肿瘤转录组数据库中胰腺癌数据进行差异分析得到差异表达基因(DEGs),从GEO数据库获取胰腺癌相关基...
我们应用TCGA肿瘤转录组数据库联合GEO基因芯片数据库,通过生物信息学手段挖掘影响胰腺癌诊断和预后的关键基因。方法 通过limma包对TCGA肿瘤转录组数据库中胰腺癌数据进行差异分析得到差异表达基因(DEGs),从GEO数据库获取胰腺癌相关基因芯片数据(GSE15471),利用GEO2R在线工具寻找差异表达基因,将二者取交集后得到共同DEGs。对这些共同DEGs使用string在线数据库进行了蛋白——蛋白相互作用网络分析(PPI),通过GEPIA在线数据库对共同DEGs进行生存分析获得了与生存时间相关的基因(P<0.05)。结果 我们从TCGA胰腺癌相关转录组测序数据和GSE15471基因芯片数据中得到74个共同DEGs,包括52个上调基因和22个下调基因。其中DMBT1,MUC5B,AGR2上调倍数多达38倍;此外我们还发现其中MMP1,ANLN,AREG,ECT2,EREG这5个基因与生存时间存在显著相关性。我们通过蛋白质相互作用网络分析发现,这些共同DEGs之间存在相互作用,其中DMBT1,MUC5B,AGR2,MMP1,ANLN,AREG,ECT2,EREG处于网络的核心位置,且MMP1,ANLN,AREG,ECT2,EREG在生存分析中P<0.05。结论 我们推测DMBT1,MUC5B,AGR2可以作为胰腺癌诊断的marker基因,MMP1,ANLN,AREG,ECT2,EREG可作为预后marker基因。
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关键词
胰腺癌
GEO数据库
TCGA数据库
生物标志物
差异表达基因
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题名
基于TCGA、GEO数据库联合挖掘胰腺癌诊断和预后生物标志物的研究
1
作者
张泽娟
黄睿
吉茹悦
周鸣卓
麻江涛
机构
西北民族大学西北民族地区环境生态与人群健康国家民委重点实验室
出处
《中文科技期刊数据库(全文版)医药卫生》
2023年第12期47-51,共5页
基金
中央高校专项资金项目(31920220112),(31920190107)。
文摘
我们应用TCGA肿瘤转录组数据库联合GEO基因芯片数据库,通过生物信息学手段挖掘影响胰腺癌诊断和预后的关键基因。方法 通过limma包对TCGA肿瘤转录组数据库中胰腺癌数据进行差异分析得到差异表达基因(DEGs),从GEO数据库获取胰腺癌相关基因芯片数据(GSE15471),利用GEO2R在线工具寻找差异表达基因,将二者取交集后得到共同DEGs。对这些共同DEGs使用string在线数据库进行了蛋白——蛋白相互作用网络分析(PPI),通过GEPIA在线数据库对共同DEGs进行生存分析获得了与生存时间相关的基因(P<0.05)。结果 我们从TCGA胰腺癌相关转录组测序数据和GSE15471基因芯片数据中得到74个共同DEGs,包括52个上调基因和22个下调基因。其中DMBT1,MUC5B,AGR2上调倍数多达38倍;此外我们还发现其中MMP1,ANLN,AREG,ECT2,EREG这5个基因与生存时间存在显著相关性。我们通过蛋白质相互作用网络分析发现,这些共同DEGs之间存在相互作用,其中DMBT1,MUC5B,AGR2,MMP1,ANLN,AREG,ECT2,EREG处于网络的核心位置,且MMP1,ANLN,AREG,ECT2,EREG在生存分析中P<0.05。结论 我们推测DMBT1,MUC5B,AGR2可以作为胰腺癌诊断的marker基因,MMP1,ANLN,AREG,ECT2,EREG可作为预后marker基因。
关键词
胰腺癌
GEO数据库
TCGA数据库
生物标志物
差异表达基因
分类号
R735.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于TCGA、GEO数据库联合挖掘胰腺癌诊断和预后生物标志物的研究
张泽娟
黄睿
吉茹悦
周鸣卓
麻江涛
《中文科技期刊数据库(全文版)医药卫生》
2023
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