Epsin3在结直肠癌中的差异表达及生物信息学分析

目的探讨介导内吞作用的衔接蛋白epsin 3(EPN3)在结直肠癌中的表达及意义,为深入研究EPN3的调控模式提供实验依据。方法分别运用GEPIA和GEDS数据库分析EPN3在结直肠癌组织和细胞中的表达情况,并通过SMART和cBioPortal数据库分析EPN3基因甲基化和拷贝数变异与其表达水平的关系;利用Metascape数据库对EPN3相关的共表达基因集进行GO富集和通路分析;运用BioPlex蛋白互作数据库分析EPN3在HCT116细胞中的蛋白作用网络。为了对EPN3进一步验证,我们收集13对结直肠癌癌旁组织和癌组织标本,用Real-time PCR检测EPN3 mRNA表达;并通过敲减EPN3观察其对肿瘤细胞增殖、集落形成和迁移能力的影响。结果GEPIA、GEDS、SMART和cBioPortal等数据库分析显示,EPN3在结直肠肿瘤组织中高表达(P<0.01)。其表达水平与甲基化和拷贝数变异相关。EPN3相关基因的富集结果显示主要与细胞黏附相关。EPN3与UBB、CCDC130、TNFAIP1、PHGDH、EPN2等构成的蛋白相对作用网络与蛋白泛素化有关。Real-time PCR结果显示,EPN3在癌组织中高表达(P<0.05)。通过沉默EPN3可以抑制HCT116和HT29细胞的增殖、集落形成和迁移能力。结论EPN3在结直肠癌组织中高表达,且与细胞黏附和蛋白泛素化等生物学过程有关,敲低EPN3可抑制结直肠癌细胞系HCT116和HT29的增殖、集落形成和迁移等过程。

多数据库分析ARHGAP44在结直肠癌中的表达及临床意义

目的:探讨多个数据集中结直肠组织的Rho GTP酶活化蛋白44(Rho GTPase activating protein 44,ARHGAP44)表达情况及其与结直肠癌临床病理特征和预后的关系。方法:利用基因表达汇编(the gene expression omnibus,GEO)及癌症和肿瘤基因表达图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据集汇总结直肠癌相关数据,分析ARHGAP44表达及其与结直肠癌临床病理学的关系,用Kaplan-Meier分析和Cox回归模型评价其预后价值。采用RT-qPCR方法检测临床样本中ARHGAP44基因表达情况,之后使用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)预测通路,并使用单样本基因集富集分析(single-sample gene-set enrichment analysis,ssGSEA)算法,计算ARHGAP44与免疫细胞浸润之间的关联。结果:在TCGA、GEO数据集及临床样本中,ARHGAP44表达在肿瘤中降低(P<0.001),且与T分期及TNM分期有关(P<0.05)。ARHGAP44的低表达是结直肠癌患者总体生存(overall survival,OS)的独立危险因素(HR=0.44,P=0.02)。GSEA结果显示,ARHGAP44高表达样本中富集了结直肠癌通路、Notch通路、T细胞受体、B细胞受体等基因集。ARHGAP44的表达与macrophages、T helper cells、肿瘤浸润淋巴细胞(tumorinfiltrating lymphocytes,TIL)和typeⅠIFNresponse等免疫信号成负相关(cor=-0.35、-0.37、-0.33、-0.35、-0.23、-0.32,P=0.008、0.006、0.027、0.021、0.041、0.021)。结论:ARHGAP44的表达在结直肠癌中被下调,可作为独立的预后生物标记物,且在肿瘤免疫学中具有潜在作用。