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红花EST-SSR分子标记开发与初步验证 被引量:4
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作者 覃瑞 陈贤军 +6 位作者 湛蔚 向妮艳 刘虹 严兴初 黄稳 覃尔岱 李刚 《西南民族大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第2期146-154,共9页
旨在开发红花EST-SSR标记,为红花分子辅助育种和种质资源评价提供有力工具.先对红花转录组进行测序,选用MISA软件筛选鉴定SSR位点.在云南红花(YH)转录组中,共获得46 016个SSR位点,分布频率为32.09%,平均每3.11 kb有一个SSR.云南红花SSR... 旨在开发红花EST-SSR标记,为红花分子辅助育种和种质资源评价提供有力工具.先对红花转录组进行测序,选用MISA软件筛选鉴定SSR位点.在云南红花(YH)转录组中,共获得46 016个SSR位点,分布频率为32.09%,平均每3.11 kb有一个SSR.云南红花SSR位点以二,三核苷酸重复基序为主,其优势重复基序分别为AG/CT(44%)和AAG/CTT(24%).SSR位点重复次数相差较大,其中重复为5次比率最高,SSR位点数为9 369(26.63%),其次为6次(8 148, 23.16%).同时,利用Primer3.0进行引物设计,随机筛选27对引物,在60份不同来源红花种质中进行多态性验证,获得12对具有多态性稳定的引物,多态性引物比率为44.4%.结果表明,基于红花转录组序列开发SSR标记是可行的,开发的标记具有稳定扩增性,丰富多态性等优点,开发的SSR标记将有助于红花功能基因挖掘,遗传连锁图谱构建和遗传多样性分析. 展开更多
关键词 红花 转录组 EST-SSR 多态性 遗传多样性
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红花油脂相关性状与SSR分子标记的关联分析 被引量:7
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作者 向妮艳 湛蔚 +5 位作者 陈贤军 黄稳 覃尔岱 李刚 严兴初 覃瑞 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1506-1516,共11页
红花(Carthamus tinctorius L.)是一种富含不饱和脂肪酸的重要油料作物。为寻找与红花油脂性状相关联的分子标记,本研究利用已经开发的多态性良好的48对SSR引物,系统分析了来自27个国家74份红花种质资源的遗传多样性和群体结构,并结合... 红花(Carthamus tinctorius L.)是一种富含不饱和脂肪酸的重要油料作物。为寻找与红花油脂性状相关联的分子标记,本研究利用已经开发的多态性良好的48对SSR引物,系统分析了来自27个国家74份红花种质资源的遗传多样性和群体结构,并结合红花油脂相关性状的表型数据,应用TASSEL3.0中的一般线性模型(GLM,general linear model)和混合线性模型(MLM,mixed linear model)对红花油脂性状和标记进行关联分析。研究结果显示:48对SSR分子标记的多态性信息含量(PIC)变异范围为0.0632~0.3750,平均值为0.2937;基因多样性指数变异范围为0.0653~0.5000,平均值为0.3700。UPGMA聚类将74份红花分为3个类群,分别包括7份、52份和15份材料。群体结构分析结果显示,74份红花可分为3个亚群,各亚群分别包括7份、55份和12份材料。在显著水平P<0.05条件下,通过GLM和MLM两种模型都检测到了18个与油脂性状相关联的分子标记,各标记对表型变异的解释率变幅分别为5.42%~20.69%和4.35%~20.69%。两种分析方法相比,除标记Ct589和Ct178不同外,剩余16个标记在两种分析方法中都能检测到。研究表明:所选74份红花种质资源的群体遗传多样性丰富,结构差异性显著,适合用于红花油脂相关性状的关联分析。本研究为高含油量红花辅助育种提供了新的分子标记资源。 展开更多
关键词 红花 SSR标记 油脂相关性状 关联分析
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藏药多刺绿绒蒿MYB转录因子家族的鉴定与分析 被引量:1
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作者 郭佳妮 向妮艳 +3 位作者 张文才 陈忠海 刘星 丁亚丽 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1561-1573,共13页
目的对多刺绿绒蒿Meconopsis horridula MYB转录因子家族的鉴定分析,为多刺绿绒蒿MYB转录因子的生物学功能研究提供理论依据。方法基于转录组测序数据,利用生物信息学方法对多刺绿绒蒿MYB转录因子家族成员进行鉴定,并对其理化性质、二... 目的对多刺绿绒蒿Meconopsis horridula MYB转录因子家族的鉴定分析,为多刺绿绒蒿MYB转录因子的生物学功能研究提供理论依据。方法基于转录组测序数据,利用生物信息学方法对多刺绿绒蒿MYB转录因子家族成员进行鉴定,并对其理化性质、二级结构、系统进化、保守基序和表达模式进行分析。结果多刺绿绒蒿中共鉴定到106个MYB转录因子,包括49个1R-MYB、52个R2R3-MYB、5个3R-MYB转录因子。多刺绿绒蒿MYB转录因子氨基酸数目为72~976,蛋白相对分子质量为8750~110680,等电点为4.720~10.452,不稳定系数为28.348~71.011。MYB转录因子均为亲水性蛋白质,亚细胞定位预测主要在细胞核中,蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。系统发育分析显示多刺绿绒蒿R2R3-MYB分为24个亚组,其中有18个亚组能分别与拟南芥各亚组聚类。106个MYB转录因子中,28个转录因子的表达量随海拔升高而升高,11个转录因子表达量随海拔升高而降低。结论首次对多刺绿绒蒿MYB转录因子家族进行了鉴定分析,为深入研究MYB转录因子在多刺绿绒蒿生长发育中的作用和应对高原极端环境的调控机制提供了基础数据和理论依据。 展开更多
关键词 多刺绿绒蒿 MYB转录因子 生物信息学分析 基因表达 Α-螺旋
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Chrysosplenium fallax Koldaeva(Chrysosplenium),a newly recorded species from China
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作者 Xiang Niyan Chen Xitang +2 位作者 Yang Tiange Liu Xihong Liu Hong 《植物科学学报》 CAS 2024年第4期423-430,共8页
Chrysosplenium fallax Koldaeva,recently discovered and collected in Yanji,Jilin Province,repre-sents a newly recorded species of Saxifragaceae in China.This species,native to the Russian Far East,was first described a... Chrysosplenium fallax Koldaeva,recently discovered and collected in Yanji,Jilin Province,repre-sents a newly recorded species of Saxifragaceae in China.This species,native to the Russian Far East,was first described as a new species in 2021.Based on precise field investigations and specimen examination,we provide a comprehensive description of C.fallax and its seed micromorphology.Phylogenetic analysis based on chloroplast genomes of 45 Chrysosplenium species confirmed the systematic position of C.fallax in Chrysosplenium.Voucher specimens were deposited in the Herbarium of South-Central Minzu University(HSN). 展开更多
关键词 Chrysosplenium fallax Chrysosplenium Newly record Phylogeny China
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红花NAC基因家族鉴定及干旱胁迫响应分析
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作者 詹鹏 钟祖昌 +3 位作者 向妮艳 覃瑞 江雄波 刘虹 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第20期5520-5529,共10页
NAC(NAM/ATAF/CUC)转录因子是植物最大的转录基因家族之一,在植物应对干旱胁迫中具有重要作用。为了研究NAC基因家族在红花中的数量及功能,该文以红花的全基因组数据为基础,利用生物信息学手段对红花NAC基因家族成员进行鉴定,并分析了... NAC(NAM/ATAF/CUC)转录因子是植物最大的转录基因家族之一,在植物应对干旱胁迫中具有重要作用。为了研究NAC基因家族在红花中的数量及功能,该文以红花的全基因组数据为基础,利用生物信息学手段对红花NAC基因家族成员进行鉴定,并分析了其理化性质、染色体定位、系统进化、基因结构、保守结构域及保守基序。同时,利用qRT-PCR方法分析了4个NAC基因在干旱胁迫处理不同时间后的转录水平。结果表明,红花NAC基因家族有87个成员,不均匀分布在11条染色体上,其中第12号染色体不存在NAC基因;87个NAC基因氨基酸数目为103~974个,CDS数目为3~9个;进化分析可将其分为17个亚家族;保守结构域分析大多数基因含有5个保守的亚结构域A~E;保守基序分析发现,motif2在NAC基因中最保守。表达模式分析发现干旱胁迫不同处理时间后,4个与抗旱相关的NAC基因在叶片中的转录水平均呈上调趋势,推测这4个NAC基因可能与红花抗旱性有关。该研究为红花NAC转录因子进一步功能研究奠定了理论基础,为培育耐旱性红花品种提供参考依据。 展开更多
关键词 红花 NAC基因家族 干旱胁迫 转录水平
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