14个山羊群体FGF5座位c.-253G>A和507 bp缺失的遗传分析

为鉴定与绒山羊绒毛长度性状有关的分子标记,为遗传改良提供理论依据,该研究利用PCR-RFLP对来自14个群体的608只山羊FGF5座位c.-253G>A和507 bp缺失进行基因分型,检测2个位点的等位基因频率,并分析其与海拔、年平均气温的相关性。结果表明,在5个绒山羊群体和3个肉绒兼用藏山羊群体中,c.-253G>A位点的突变A等位基因和507 bp缺失位点的Mut等位基因频率分别为60.9%~98.3%和95.7%~100%。在6个低海拔肉皮兼用或肉用群体中,A和Mut等位基因的频率分别为0~51.3%和0.7%~47.5%。除昌都藏山羊群体,13个山羊群体在2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡。2个突变位点等位基因频率与海拔高度和年平均气温均呈极显著相关(P<0.001)。由此可知,FGF5座位c.-253G>A和507 bp 2个突变位点等位基因频率在高海拔且气温较低地区的绒山羊品种中极高,应是调控山羊绒毛长度的重要位点,可作为绒山羊遗传改良的分子标记。

川中黑山羊基因组近交系数和选择信号分析

【目的】旨在利用高密度SNPs评估川中黑山羊的近交水平并鉴定选择信号。【方法】基于41个川中黑山羊全基因组重测序数据筛选全基因组SNPs,分析连锁不平衡、估计有效群体大小并检测长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)。使用5种方法(F_(ROH)、F_(UNI)、F_(HOM)、F_(VR1)和F_(VR2))估计个体基因组近交系数并进行比较。采用ROH岛、iHH12和XP-EHH 3种方法,鉴定川中黑山羊中正选择基因。【结果】连锁不平衡分析表明,SNPs之间的物理距离为10 bp时r^(2)为0.51,当此距离增加到1000 bp时r^(2)为0.2。在999世代前川中黑山羊有效群体大小为5696只,而13世代前则降低到190只。基于ROH,川中黑山羊群体的近交主要发生在250~500世代(F_(ROH 0.1-0.2 Mb))和100~250世代(F_(ROH 0.2-0.5 Mb))。另外,F_(ROH)与F_(UNI)和F_(HOM)估计值呈现显著正相关,而F_(UNI)与F_(VR1)的相关性最高(r=0.983)。在鉴定的67个正选择基因中,NCAPG和LCORL在川中黑山羊群体中受到强烈的选择,这两个基因中共存在4个错义突变和2个移码突变。【结论】研究结果为川中黑山羊的遗传改良提供了参考,鉴定到的正选择基因可进一步应用于川中黑山羊的标记辅助选择。