厦门希瓦氏菌临床株对碳青霉烯类耐药的分子机制

目的 探讨希瓦氏菌临床株HDC555对碳青霉烯类耐药的分子机制。方法 希瓦氏菌临床株的鉴定和药敏使用VITEK 2Compact自动仪;碳青霉烯酶的筛选通过免疫金标法;S1核酸酶切脉冲场凝胶电泳(S1-PFGE)检测菌株携带的质粒。基于二代Illumina和三代Nanopore技术获取菌株的全基因组序列,并用一系列软件分析菌株的生物学信息。结果 免疫金标法显示希瓦氏菌HDC555产OXA-48样和NDM酶。高通量测序数据经分析(ANI)表明希瓦氏菌HDC555株是厦门希瓦氏菌,且该株菌携带位于染色体上的blaOXA-199基因和位于质粒上的blaNDM-1基因。结论 厦门希瓦氏菌临床株HDC555对碳青酶烯类耐药的分子机制是因为该菌携带了blaOXA-199和blaNDM-1碳青霉烯酶基因。

基于机器学习算法评估七种肿瘤相关自身抗体在非小细胞肺癌中的应用价值

目的以机器学习算法建立并验证的诊断模型为依据,探讨7种肿瘤相关自身抗体(TAABs),即抗p53、PGP9.5、SOX2、GAGE7、GBU4-5、MAGEA1和CAGE抗体,在非小细胞肺癌(NSCLC)诊断及其与良性肺结节鉴别诊断中的应用价值。方法本研究为临床病例回顾性研究。模型建立队列来自2018年11月至2021年6月于中国医科大学附属盛京医院胸外科进行肺癌根治术的227例初治NSCLC患者为NSCLC组,同时选择良性肺结节120例、肺炎122例及健康者120名作为对照组;外部验证队列来自2022年5月至12月,中国医科大学附属盛京医院胸外科行肺癌根治术的100例初治NSCLC患者为NSCLC组,同时选择良性肺结节36例、肺炎32例及健康者44名作为对照组。将NSCLC分成早期(0~ⅠB期)与中晚期(ⅡA~ⅢB期)亚组。采用酶联免疫法检测7种TAABs,电化学发光法检测癌胚抗原(CEA)和细胞角蛋白19片段(CYFRA21-1)在各组之间的血清浓度。采用4种机器学习算法,包括极限梯度提升(XGBoost)、Lasso逻辑回归(LR)、朴素贝叶斯(NB)、以及支持向量机(SVM)分别建立多指标联合检测模型,并选择XGBoost作为最佳算法建立了针对临床应用的患者在线风险评估工具。结果除抗p53抗体外,其余6种TAABs及CEA、CYFRA21-1在NSCLC中血清浓度显著升高(P<0.05);中晚期NSCLC患者血清抗SOX2[1.50(0.60,10.85)U/ml vs.0.8(0.20,2.10)U/ml,Z=2.630,P<0.05]和MAGEA1抗体[0.20(0.10,0.43)U/ml vs.0.10(0.10,0.20)U/ml,Z=2.289,P<0.05]及CEA[3.13(2.12,5.64)ng/ml vs.2.11(1.25,3.09)ng/ml,Z=3.970,P<0.05]和CYFRA21-1[4.31(2.37,7.14)ng/ml vs.2.53(1.92,3.48)ng/ml,Z=3.959,P<0.05]浓度显著高于早期。采用机器学习算法XGBoost建立多指标联合检测模型(剔除p53后),6-TAABs联合CYFRA21-1均为诊断NSCLC及NSCLC早期的最佳组合模型,诊断最佳界值分别为0.410、0.701、0.744,AUC分别为0.828、0.757、0.741(NSCLC vs.对照组,NSCLC vs.良性肺结节组,早期NSCLC vs.良性肺结节组)。模型的外部验证队列的AUC分别为0.760、0.710、0.660(NSCLC vs.对照组,NSCLC vs.良性肺结节组,早期NSCLC vs.良性肺结节组)。结论在NSCLC诊断中,6-TAABs诊断效能优于传统肿瘤标志物CEA和CYFRA21-1;6-TAABs+CYFRA21-1检测模型为诊断NSCLC最优的模型,其可有效地辅助临床用于NSCLC及NSCLC早期与良性肺结节的鉴别诊断,在肺癌预防和早期筛查中发挥重要作用。