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胡子鲇(Clarias fuscus)雌雄基因组Survey分析
被引量:
1
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作者
林星桦
周大颜
+8 位作者
沈奕君
吴冠佐
吴冠佑
陈宇
张玉蕾
肖珊
邓思平
李广丽
田昌绪
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期610-619,共10页
胡子鲇(Clarias fuscus)是我国华南地区大规模养殖的淡水鱼类。为评估胡子鲇雌雄基因组基本信息,以便为后续构建全基因组精细图谱提供基础,本研究分别选取雌雄胡子鲇进行全基因组Survey分析。根据定长核苷酸串(K-mer)分析,雌鱼和雄鱼基...
胡子鲇(Clarias fuscus)是我国华南地区大规模养殖的淡水鱼类。为评估胡子鲇雌雄基因组基本信息,以便为后续构建全基因组精细图谱提供基础,本研究分别选取雌雄胡子鲇进行全基因组Survey分析。根据定长核苷酸串(K-mer)分析,雌鱼和雄鱼基因组大小分别为949.69 Mb和957.96 Mb。雌鱼和雄鱼的杂合率分别为0.27%和0.23%。雌鱼和雄鱼重复序列比例分别为33.83%和33.62%。雌鱼和雄鱼基因组的G+C含量分别为39.98%和39.14%。雌鱼和雄鱼基因组组装的大小分别为926.78 Mb和992.08 Mb,雌鱼和雄鱼组装基因组N50长度分别为3082 bp和2810 bp。简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)筛选结果显示,雌鱼和雄鱼的基因组中分别检测到1295490条和1184183条SSR序列。通过比较基因组分析,鉴定出8445条雌性特异性序列和110743条雄性特异性序列,这些性别特异性序列分别被注释到460个(雌鱼)和822个(雄鱼)基因。本研究为胡子鲇全基因组的后续构建提供了理论依据,并为后续分子育种研究提供了有价值的数据。
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关键词
胡子鲇
基因组Survey
基因组组装
简单重复序列
基因组比较
原文传递
题名
胡子鲇(Clarias fuscus)雌雄基因组Survey分析
被引量:
1
1
作者
林星桦
周大颜
沈奕君
吴冠佐
吴冠佑
陈宇
张玉蕾
肖珊
邓思平
李广丽
田昌绪
机构
广东海洋大学水产学院
广西壮族自治区水产引育种中心
广西宏泰水产良种场
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期610-619,共10页
基金
广东省基础与应用基础研究基金(2019A1515110619,2021A1515010733)
广西壮族自治区第二批农业科技自筹项目(Z2019123)
广东海洋大学优秀学位论文培育项目(202029)共同资助。
文摘
胡子鲇(Clarias fuscus)是我国华南地区大规模养殖的淡水鱼类。为评估胡子鲇雌雄基因组基本信息,以便为后续构建全基因组精细图谱提供基础,本研究分别选取雌雄胡子鲇进行全基因组Survey分析。根据定长核苷酸串(K-mer)分析,雌鱼和雄鱼基因组大小分别为949.69 Mb和957.96 Mb。雌鱼和雄鱼的杂合率分别为0.27%和0.23%。雌鱼和雄鱼重复序列比例分别为33.83%和33.62%。雌鱼和雄鱼基因组的G+C含量分别为39.98%和39.14%。雌鱼和雄鱼基因组组装的大小分别为926.78 Mb和992.08 Mb,雌鱼和雄鱼组装基因组N50长度分别为3082 bp和2810 bp。简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)筛选结果显示,雌鱼和雄鱼的基因组中分别检测到1295490条和1184183条SSR序列。通过比较基因组分析,鉴定出8445条雌性特异性序列和110743条雄性特异性序列,这些性别特异性序列分别被注释到460个(雌鱼)和822个(雄鱼)基因。本研究为胡子鲇全基因组的后续构建提供了理论依据,并为后续分子育种研究提供了有价值的数据。
关键词
胡子鲇
基因组Survey
基因组组装
简单重复序列
基因组比较
Keywords
Clarias fuscus
Genome survey
Genome assembly
Simple sequence repeats
Genome comparison
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
胡子鲇(Clarias fuscus)雌雄基因组Survey分析
林星桦
周大颜
沈奕君
吴冠佐
吴冠佑
陈宇
张玉蕾
肖珊
邓思平
李广丽
田昌绪
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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