全基因组关联分析鉴定大白猪生长性状遗传变异及候选基因

生长性状是猪重要的经济性状之一,提升生长性状是生猪遗传改良的主要目标。为鉴定与猪生长性状显著相关的位点,筛选与猪生长性状相关的功能基因,本研究利用GeneSeek Genomic Profiler(GGP)猪50K SNP芯片对1805头大白猪百公斤日龄(Age to 100 kg,AGE)、百公斤背膘厚(Backfat Thickness to 100 kg,BF)、眼肌深度(Loin Muscle Depth,LMD)3个性状进行全基因组关联分析。结果显示,AIREMLF90软件计算AGE、BF和LMD遗传力分别是0.17、0.53和0.28,属于中高遗传力性状。AGE与BF遗传相关为-0.08,表型相关为-0.16,均为负相关关系。AGE与LMD遗传相关为-0.11,表型相关为-0.36,均为负相关关系。BF与LMD遗传相关为0.04,表型相关为0.12,均为正相关关系。AGE筛选到6个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,BF筛选到11个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,LMD筛选到3个全基因组水平显著SNPs和11个染色体水平显著SNPs。利用Ensembl数据库Sus Scrofa 11.1版本信息,对关联显著SNP位点上下游500 kb内编码蛋白基因进行筛查。3个性状共鉴定到MYF5、MYF6、ECHS1、ELOVL3、FGF8、CECR2、RBFOX1、PLXNA2等36个生长性状相关基因。GO和KEGG富集分析结果显示这些基因主要参与胚胎骨骼系统形态发生、骨骼发育、脂肪细胞分化调节等通路。本研究筛选到的候选位点和基因,为分子育种提供了一定的理论参考价值。

利用全基因组关联分析鉴定猪生长性状相关的遗传变异及候选基因

生长性状是猪重要的经济性状,但该性状属于数量性状,受多基因调控。为筛选影响猪生长性状的候选基因,本实验利用猪中芯一号50K SNP芯片对296头猪进行基因分型,对背膘厚(BF)、眼肌深度(LMD)和眼肌面积(LMA)3个性状进行单步全基因组关联分析(ssGWAS)。本实验确定了26、29、43个相关的5-SNP窗口,分别解释了BF、LMD和LMA 1%及以上的总遗传方差。AIREMLF90软件计算BF、LD和LEA性状的遗传力分别为0.48、0.45和0.56。利用Ensembl数据库Sus Scrofa 11.1版本信息,根据起始位置和终止位置寻找显著位点附近的所有基因,共发现35个与生长性状相关的候选基因。GO和KEGG富集分析显示这些候选基因主要参与代谢途径(Metabolic Pathways)、胚胎骨骼系统发育(Embryonic Skeletal System Development)和脂肪酸降解(Fatty AcidDegradation)等通路。NR5A2、CRH、NEK11、ECHS1和TAPT1等基因可能参与生长性状的调控,本实验结果可为今后的猪分子标记育种提供参考。

全基因组关联分析鉴定法系大白猪繁殖性状基因组区域和候选基因

母猪的繁殖性状是养猪生产中重要的经济性状之一,其表现直接影响到整个养猪业的经济效益。为筛选出与母猪繁殖性状相关的基因,本研究利用纽勤公司GeneSeek Genomic Profiler(GGP)猪50K SNP芯片对392头法系大白猪进行了基因分型,记录了3个表型性状,包括总产仔数(Total Number Born,TNB)、产活仔数(Number Born Alive,NBA)和出生窝重(Litter Weight Born Alive,LWB),以进行全基因组关联研究。结果显示,3个性状中一共发现了40个解释遗传变异>1%的基因组区域。所有显著的基因组区域中共有532个基因被注释,其中381个蛋白质编码基因被用于人类表型本体论(Human Phenotype Ontology,HPO)分析。有81个候选基因在7个与生殖系统有关的表型条目中被富集。KEGG分析表明,这些候选基因主要涉及GnRH信号通路、雌激素信号通路和卵细胞成熟通路等。本研究鉴定到了5个重要的候选基因,包括RBP4、DEAF1、IGF2、SIRT6和JARID2。尽管受样本量的限制,但本研究筛选到的候选基因和通路,为接下来实施分子育种提供了一定的理论参考价值。

采精频率对不同品种公猪精液品质的影响

为了探讨采精频率对杜洛克、大白、长白种公猪精液品质的影响,并确定不同品种种公猪的最佳采精频率,试验选取12月龄体重相近的健康杜洛克、大白、长白种公猪各6头,分5个不同采精频率阶段采精,即第1阶段(A组)为1次/1 d,第2阶段(B组)为1次/2 d,第3阶段(C组)为1次/3 d,第4阶段(D组)为1次/4 d,第5阶段(E组)为1次/5 d,每个阶段采精3次,一个阶段采精完成后,公猪休息一周,然后开始下一个阶段采精,采精完成后对每份精液的精液量及精子密度、活率和畸形率指标进行统计分析。结果表明:三个品种种公猪精液量及精子密度和活率随采精频率的降低均总体呈升高趋势,精子畸形率随着采精频率的降低呈现下降趋势;杜洛克种公猪C组的精液量、精子密度、精子活率较佳,E组精子畸形率最低,但与B、C、D三组精子畸形率差异不显著(P>0.05);大白种公猪B组精液量较佳,D组精子密度较佳,C组精子活率较佳,E组精子畸形率最低,与D组精子畸形率差异不显著(P>0.05);长白种公猪C组精液量较佳,D组精子密度较佳,C组精子活率较佳,E组精子畸形率最低,与D组精子畸形率差异不显著(P>0.05)。说明采精频率高会降低种公猪的精液品质,综合考虑猪场经济效益,杜洛克种公猪的最佳采精频率为1次/3 d,大白和长白种公猪的最佳采精频率均为1次/4 d。