基于生物信息学和网络药理学探究左金丸治疗幽门螺杆菌相关性溃疡的分子机制

目的运用网络药理学和生物信息学方法探究左金丸治疗幽门螺杆菌(Hp)相关性溃疡(PU)所涉及的分子机制及关键基因。方法通过TCMSP数据库筛选左金丸的活性成分及作用靶点;通过GEO数据库检索Hp感染胃黏膜上皮的基因表达谱芯片数据;对芯片数据进行均一化处理并分析差异表达microRNA;利用Starbase搜索显著性差异表达microRNA靶基因;提取左金丸作用靶点和Hp相关性PU关键致病基因的交集;采用Metascape对交集基因进行GO功能分析;运用GSEA对交集基因进行KEGG通路富集分析。结果检索到44种左金丸活性成分和891个作用靶点;从GSE19769芯片中筛选出10个显著性差异表达microRNA;查找到显著性差异表达microRNA靶基因684个;取两者交集得到BIRC5、HIF1A、HSP90AB1等特异性基因;GO功能分析涉及翻译后蛋白修饰、细胞周期调节等生物过程,细胞质、细胞核等细胞成分,蛋白连接酶结合、蛋白质结合等分子功能;左金丸治疗Hp相关性PU涉及的信号通路包括MAPK信号通路、WNT信号通路、癌症相关通路等。结论结果表明左金丸治疗Hp相关性PU主要通过调控BIRC5、HIF1A、HSP90AB1等关键基因参与构成的MAPK信号通路、WNT信号通路等发挥作用。

白芍的本草考证

目的:厘清经典名方中白芍的药名、基原、产地、药性、采收炮制、证候禁忌、功效主治。方法:通过超星数据库、中医智库、国学大师、CNKI等数据库或网站,查阅、收集、整理历代本草、方书、医籍资料中关于白芍的文献记载,结合现代研究进行综合分析。结果:白芍别名有11种之多,现临床应用中常用名只有“白芍”“白芍药”“芍药”三种。白芍的产地今多以杭、川、亳为道地产区。炮制加工多以煮制之法,毒性作用记载为无毒或有小毒。其性味归经相关记载与现代权威中药材记载差异较小。临床上白芍主要应用于妇科和内科。结论:考证结果为白芍的种植采收、炮制及应用提供文献支撑和理论依据。

红花的本草溯源及其功效与禁忌的古籍文献考证

通过查阅、梳理历代医学专著,对红花的形态性状、别名源流、性味归经、功效主治、药物剂量以及用药禁忌进行了本草考证,旨在为红花临床推广应用提供文献依据。

理中汤调控Raf/MEK/ERK信号通路抗大鼠胃溃疡的效应与机制

目的基于Raf/MEK/ERK信号通路探究理中汤(LZT)治疗大鼠胃溃疡(GU)的效应及分子机制。方法将SD大鼠随机分为正常组、模型组、埃索美拉唑组、LZT低、高剂量组。肉眼结合HE染色观察胃黏膜溃疡形态改变;测定胃酸和胃蛋白酶活性;ELISA法检测胃黏膜前列腺素E 2(PGE 2)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)及超氧化物歧化酶(SOD)含量;免疫荧光法检测胃黏膜p-Raf、p-MEK、p-ERK蛋白表达。结果与正常组比较,模型组大鼠胃黏膜可见明显的溃疡损伤,LZT具有较好的修复大鼠胃溃疡的作用。与模型组相比,LZT治疗组溃疡指数明显降低,胃酸酸度和胃蛋白活性均明显下降,胃黏膜TNF-α含量明显降低、PGE 2含量和SOD活性均明显升高,胃黏膜p-Raf、p-MEK、p-ERK蛋白表达均明显下调。结论理中汤具有良好的治疗大鼠脾胃虚寒型GU的效应,其作用机制可能与干预Raf/MEK/ERK信号通路,调控胃黏膜炎性介质释放和抗氧化作用有关。

基于关键致病基因筛选的肝癌临床预后及中药靶向治疗的生物信息学研究

通过生物信息学方法筛选肝癌关键致病基因,探究其表达水平、致病机制、免疫浸润、突变及预后情况,并进一步挖掘潜在的可用于肝癌靶向治疗的中药。通过数据集GSE19665分析正常和肝癌组织的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);对DEGs进行GO和KEGG分析,构建DEGs蛋白互作网络并筛选肝癌发病关键基因;对关键基因进行突变、免疫浸润、表达及预后分析;挖掘潜在的治疗肝癌的中药和天然活性成分。筛选得到显著性DEGs 159个,主要涉及免疫、炎症反应,参与p53、mTOR等信号通路;筛选出10个关键基因,CDC20等四个基因在肝癌组织的表达显著升高,高表达组患者的总生存期明显降低;关键基因突变患者的总生存期和无病生存期均明显降低;关键基因表达与免疫细胞浸润密切相关;以关键基因为靶点筛选得到36种中药和105种中药活性成分。本研究鉴定出了肝癌关键致病基因,其异常表达与肝癌的不良预后、免疫细胞浸润密切相关,挖掘出潜在的治疗肝癌的中药及其活性成分,研究结果可为肝癌的诊断、治疗及预后提供科学依据。

黄芪治疗幽门螺杆菌相关性消化性溃疡的靶向自噬基因生物学功能分析及其核心基因筛选

目的分析黄芪治疗幽门螺杆菌(Hp)相关性消化性溃疡(PU)的靶向自噬基因生物学功能,并筛选黄芪治疗Hp相关性PU的靶向自噬核心基因。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)并查阅文献筛选黄芪有效活性成分,在TCMSP平台和SwissTargetPrediction平台中预测其靶基因。通过GEO数据库GSE98641数据集、StarBase、miRTarBase,筛选Hp相关性PU显著性差异表达基因。在人类自噬数据库(HADb)筛选人类自噬基因。利用Venny平台获得三者交集基因,即为黄芪治疗Hp相关性PU的靶向自噬基因。在Metascape平台对黄芪治疗Hp相关性PU的靶向自噬基因做基因本体(GO)分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。在STRING平台构建黄芪治疗Hp相关性PU靶向自噬基因的蛋白质互作(PPI)网络,利用Cytohubba插件筛选黄芪治疗Hp相关性PU的靶向自噬核心基因。结果筛选得到黄芪有效活性成分的靶基因2941个、Hp相关性PU显著性差异表达基因2109个、人类自噬基因232个,取交集后共获得黄芪治疗Hp相关性PU靶向自噬基因16个。黄芪治疗Hp相关性PU靶向自噬基因的GO功能主要涉及细胞凋亡信号通路、有丝分裂细胞周期G1/S的转变、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物、蛋白质结构域特异性结合、蛋白激酶活性等,KEGG信号通路主要包括癌症通路、细胞凋亡通路、NOD样受体信号通路等。筛选获得TP53、CDKN1A、CCND1、CDK1、CDK2、CDK4、CCND2、E2F1、RB1、CCND3等10个黄芪治疗Hp相关性PU靶向自噬核心基因。结论黄芪治疗Hp相关性PU的靶向自噬基因可能通过细胞凋亡、细胞周期等生物学过程发挥作用,与癌症通路、细胞凋亡通路、NOD样受体信号通路等信号通路有关;TP53、CDKN1A、CCND1、CDK1、CDK2、CDK4、CCND2、E2F1、RB1、CCND3等10个基因可能是黄芪治疗Hp相关性PU的靶向自噬核心基因。

胃癌发病关键基因调控网络构建及其靶向治疗中药活性成分筛选研究

目的通过生物信息学方法分析与胃癌发病密切相关的基因调控网络,探讨其在胃癌预后中的价值,并进一步挖掘靶向治疗胃癌的中药活性成分。方法通过GEO数据库获取GSE103236胃癌芯片数据,对芯片数据进行均一化处理,分析胃癌组织与正常胃组织的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);应用Metascape数据库对DEGs进行基因本体论(genetic ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析;通过String数据库构建DEGs蛋白交互作用网络;采用Cytohubba筛选关键基因,分析关键基因表达程度与患者的预后及免疫细胞浸润的相关性;运用CTD数据库筛选能靶向作用于关键DEGs的中药活性成分。结果共获得45015个胃癌组织与正常组织的DEGs,其中显著性DEGs 176个。它们与细胞周期过程调控、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen activated protein kinases,MAPK)级联调控等生物过程密切相关,集中于细胞外区域、细胞外泌体等细胞组分,主要参与胰岛素样生长因子结合、Wnt蛋白结合等细胞功能。KEGG分析发现显著性DEGs主要参与环磷酸酰胺(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositide 3-kinases/protein kinase B,PI3K/Akt)信号通路、癌症转录失调、p53信号级联等信号通路。筛选出TIMP1、SPP1、APOE、APOB、FGA、FGG、CYR61、IGFBP1、CHGB、SCG310个关键基因。这些基因表达异常均与免疫细胞的大范围浸润存在极高的相关性,其中TIMP1、IGFBP1、CYR61、FGG、APOE、APOB 6个关键基因的异常表达显著影响患者的生存率。进一步挖掘出桦木酸、长春新碱、丹参酮等30个可能靶向治疗胃癌的中药活性成分。结论筛选出10个与胃癌发病密切相关的核心基因,并分析了这些核心基因与胃癌患者预后及免疫细胞浸润的相关性;挖掘出30个可能用于胃癌靶向治疗的中药活性成分;研究结果可为胃癌生物标志物的筛选、胃癌的防治及预后分析提供思路和参考。