巨桉GOLDEN2-LIKE基因家族全基因组鉴定与进化分析

利用生物信息学方法,基于全基因组水平筛选鉴定出40个巨桉GLK基因(EgG1~EgG40),对其分子质量、等电点和亲水性进行了预测.结果表明,这些基因非均匀地分布在11条染色体上,亚细胞定位主要在细胞质和细胞核上.GLK蛋白二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主.系统进化分析将巨桉GLK基因分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ等5个亚家族.该家族基因含有1~11个外显子,基因结构相对保守.结果表明巨桉GLK基因在成熟叶、茎尖和幼叶中表达较高,而在木质部中表达相对较低.

杨梅侧生器官边界域基因组鉴定及进化分析

为探究杨梅侧生器官边界域基因(LBD)在杨梅全基因组中的数量和结构,利用杨梅最新基因组的数据,结合生物信息学的方法对基因蛋白进行结构、系统进化和共线性分析,对杨梅LBD基因家族进行了鉴定,并分析其分子质量和等电点,为今后研究LBD基因家族在杨梅成长过程和逆境调节中的详细功能奠定基础。结果表明,从杨梅基因组中共鉴定出33个杨梅LBD(MrLBD)基因,根据染色体分布对其进行重命名。根据其LBD结构域和系统进化树分析的特征,杨梅LBD家族基因分为ClassⅠ和ClassⅡ两类,各有28个和5个LBD基因。杨梅LBD家族基因的结构并不复杂,其中内含子总数不超过2。在对保守域的研究中,通过对LBD基因进行亚细胞定位、三级结构的同源建模和种内与种间共线性分析,发现同一组的基因往往具有相似的外显子-内含子、基序和蛋白质结构。