一种新的基因注释语义相似度计算方法

基因本体(GO)数据库为基因提供了统一的注释,有效地解决了不同数据库描述相同基因的不一致问题。但是,根据基因注释如何比较基因的功能相似性,这个问题仍然没有得到有效解决。本文提出一种新的基因注释语义相似度计算方法,这种方法在本质上是基于基因的生物学特性,其特点在于结点的语义相似度与结点所在集合无关,只与结点在GO图的位置有关,语义相似度可被重复利用。它既考虑了基因所映射的GO结点深度,又考虑了两GO结点之间所有路径对结点语义相似度的影响。文中以酵母菌的异亮氨酸降解代谢通路和谷氨酸合成代谢通路为实验,实验结果表明这种算法能准确地计算基因注释语义相似度。

运动对糖尿病小鼠骨骼肌基因表达影响的生物信息学分析

目的:探讨运动对链脲佐霉素诱导的糖尿病小鼠骨骼肌基因表达谱的影响及其生物代谢过程变化。方法:从GEO数据库下载Lehti等提交的小鼠骨骼肌基因芯片数据,应用生物信息学方法筛选差异表达基因,并对这些差异表达基因的基因本体(GO)和日本京都基因和基因组百科全书代谢通路数据库(KEGG)的注释进行功能富集分析。结果:与糖尿病非运动组小鼠相比,糖尿病运动组小鼠骨骼肌存在253个差异表达基因,这些基因主要富集于三条KEGG代谢通路和三个基因本体生物过程,代谢通路包括粘着斑通路、细胞外基质受体交互通路和细胞通讯;基因本体生物过程包括己糖代谢过程、单糖代谢过程和细胞成熟。结果提示运动影响糖尿病小鼠骨骼肌的粘着斑通路、细胞外基质受体交互通路和细胞通讯三条通路,从而改善糖代谢过程。

基于SwissPdbViewer和MATLAB对人类SOX蛋白三级结构建模及分析(英文)

SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结合域。利用MATLAB的Sequence Analysis工具从Genbank中下载人类SOX蛋白序列信息,二次筛选获得22个有效的序列数据。以三级结构已知的SOX2、SRY、SOX5为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示SOX蛋白HMG-box的三级结构极为相似,由3个α螺旋和2个热力学结构不稳定的loop区构成;表面静电分析显示SOX蛋白C端有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔。SOX蛋白的上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。

集成毛细管电泳芯片信号仿真及其构件研究

集成毛细管电泳芯片(Integrated Capillary Electrophoresis Chip,ICEC)属于分析型生物芯片,应用广泛,近年来发展迅速。随着ICEC集成程度越来越高,其分析过程也越来越复杂。在软件研究中有必要对其信号曲线进行仿真。本文讨论了ICEC工作原理。由于ICEC的分析方法与色谱分析方法相似,因此本文还以色谱流出曲线方程为基础,推导出便于仿真研究的ICEC信号曲线方程,并以此方程为基础,借助matlab-comtool工具设计出便于仿真的COM构件。最后取Agilent BioAnalyze2100的真实信号进行仿真对比,获得满意的仿真结果。

毛细管电泳芯片信号分析系统的UML建模研究

集成毛细管电泳芯片(Integrate Capillary Electrophoresis Chip,ICEC)属于分析型生物芯片,近年来发展迅速。ICEC过程复杂,实现困难,有必要前期通过建模等方式,进行必要的系统设计。统一建模语言(UnifiedModelingLanguage,UML)是一种用来描述系统、构造系统模型的面向对象建模语言,运用UML语言对ICEC信号分析系统进行建模研究,可使ICEC的设计逐步优化,从而最终实现混合物高效分析和分离的目的。本文系统描述UML语言和毛细管电泳芯片工作原理,并介绍运用UML语言对ICEC信号分析系统建模方法。

粗煤泥分选机的应用

文章主要围绕丰龙矿业公司选煤厂主厂房内的DSF系列粗煤泥分选机进行展开论述，详细分析了TBS各个部件组成及工作原理、调试。

NSD2在t(4;14)多发性骨髓瘤中的致病机制研究进展

多发性骨髓瘤(MM)是一种浆细胞恶性血液肿瘤,发病率约占所有血液肿瘤的13%,目前尚不可治愈.MM中通常存在染色体易位变异,最常见的一种是包含免疫球蛋白重链基因位点的14号染色体q32区域与4号染色体p16区域的易位,称为t(4;14)(p16;q32)型MM.t(4;14)型MM患者体内都存在H3K36me2甲基转移酶NSD2过表达,提示NSD2可能在MM发生发展中具有关键作用.本文综述了目前关于NSD2促进MM发生的研究进展——NSD2调控基因表达的表观遗传机制、相互作用蛋白,以及参与的关键信号通路,阐明NSD2在t(4;14)型MM中的致病机制有利于开发治疗该疾病的新药.