基于高质量系统发育基因组学数据鉴定的反刍动物特异性基因及其在瘤胃演化中的作用

反刍动物是世界上最成功的哺乳动物类群之一,具有显著的形态特征比如瘤胃.新基因在物种的表型演化中有重要的作用.为研究新基因在反刍动物新器官演化中的作用,结合新组装的鼷鹿和林麝的高质量基因组,以及以前发表的其他反刍动物科的高质量基因组,以牛科的绵羊基因注释为主,本工作鉴定了1064个反刍动物特异的新基因.结果显示,反刍动物新基因和其他哺乳动物中的新基因具有相似的演化和表达模式.有一部分新基因在瘤胃的演化中有作用.但大部分瘤胃表达的新基因招募自原先在其他组织表达的基因.如,在瘤胃不同发育时期有表达波动的反刍特异性PRD-SPRRⅡ基因家族成员受到正选择作用,可能在瘤胃的表皮发育中有重要功能.该工作的研究结果为理解反刍动物新基因的起源进化模式和哺乳动物新器官的演化提供了新的见解.