近缘新对虾PCNA基因的克隆及表达分析

增殖细胞核抗原(Proliferating cell nuclear antigen, PCNA)作为DNA聚合酶δ的辅助蛋白,在DNA复制过程中发挥重要作用。近缘新对虾(Metapenaeus affinis)卵巢发育过程中存在细胞增殖活动旺盛的阶段,但目前关于其卵巢发育的分子机制研究较少。利用RACE (Rapid amplification of cDNA ends)技术获得近缘新对虾PCNA (MaPCNA)基因的cDNA序列全长,并通过实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对其进行卵巢发育相关的表达分析。MaPCNA全长为1 144 bp,包含140 bp的5’非编码区,221 bp的3’非编码区,开放阅读框(ORF)为783 bp,编码260个氨基酸。MaPCNA蛋白的相对分子质量为28.82 kD,理论等电点为4.5。多重比对分析表明,PCNA氨基酸序列在甲壳动物中较为保守。组织表达结果显示,MaPCNA基因在检测的组织中均有表达,其中在卵巢中的表达量最为显著(P<0.05)。在不同发育阶段的卵巢中,MaPCNA基因的表达出现变化(P<0.05),从Ⅰ期开始逐渐上升,到Ⅲ期表达量最高,之后显著降低并趋于平稳。MaPCNA基因在幼体发育不同时期的表达呈现出一定的规律性趋势,在受精卵时期的表达量最高,之后呈下降趋势,从无节幼体Ⅵ期开始表达平稳。研究结果提示PCNA基因可能在近缘新对虾的卵巢发育过程中发挥重要作用。

中国南海野生斑节对虾5个地理群体线粒体16S rRNA基因序列比较分析

对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)——100个样品的16S rRNA序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性(H)依次分别为0.689 5,0.521 1,0.573 7,0.600 0,0.721 1。对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著。对5个群体进行AMOVA分析结果表明,5个群体间存在显著性遗传差异。对5个群体构建分子系统树,结果表明,三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远。实验表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体:一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体。

斑节对虾谷氨酸脱氢酶基因克隆及氨氮胁迫对其时空表达的影响

采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)获得了斑节对虾(Penaeus monodon)谷氨酸脱氢酶基因(PmGDH)的cDNA序列。该序列全长2386 bp,开放阅读框(ORF)为1677 bp,3'非编码区(UTR)为688 bp,包括含有27个碱基的poly(A)尾,5'非编码区(UTR)为21 bp。ORF可编码558个氨基酸,预测分子量为61.837 k D,理论等电点为6.57。序列含有ELFV dehydrog N与NAD bind 1 Glu DH两个保守结构域,37个磷酸化位点,3个糖基化位点。通过同源性、相似性以及系统进化树分析,斑节对虾的GDH基因与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)GDH基因的同源性和相似性最高,并与其聚为一支。采用荧光定量的方法研究了PmGDH基因在斑节对虾不同组织、氨氮胁迫过程中差异表达情况。结果表明,PmGDH的m RNA在各组织中都有表达,其中,在肌肉组织中表达量最高,其次为眼柄神经,在血淋巴与肠组织中表达量最低。96 h氨氮胁迫后,荧光定量PCR分析结果表明PmGDH在肝胰腺和鳃组织中的表达与对照组相比都具有显著差异(P<0.05),都具有不同程度的表达上调。表明PmGDH在氨氮代谢方面具有重要的作用,参与了斑节对虾机体的急性氨氮胁迫应答反应。

6种笛鲷属鱼类Cyt b基因片段序列的比较

采用聚合酶链式反应直接测序法,获得紫红笛鲷(Lutjanusargentimaculatus)、白星笛鲷(L.stellatus)、千年笛鲷(L.sebae)、勒氏笛鲷(L.russelli)、红鳍笛鲷(L.erythropterus)5种笛鲷属鱼的线粒体细胞色素b(Cytb)425bp序列,并结合基因库中的斜带笛鲷(L.decussatus)Cytb同源序列进行比较分析,共发现88个核苷酸位点存在变异(20.7%)。用MEGA2.1软件中的Pairwisedistance工具计算了6种笛鲷属鱼类的相对遗传距离,表明6种笛鲷属鱼类的序列差异在0.096—0.129之间,其中红鳍笛鲷和紫红笛鲷序列差异最大为0.129,千年笛鲷与红鳍笛鲷的序列差异最小为0.096;序列变异的转换/颠换比值较低,平均只有2.160。

海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段。用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析。16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型；控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型。该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0．700和0．0045；控制区序列的H和π分别为0．984和0．0480。研究结果表明：16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析；控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究。

斑节对虾3个种质群体体质量性状配合力及杂种优势分析

该研究利用斑节对虾(Penaeus monodon)“南海1号”群体(S)、非洲品系选育群体(A)和泰国群体(T),采用完全双列杂交交配设计,建立9个自繁和杂交组合F1代。利用混合线性模型估计不同组合体质量性状的一般配合力(GCA)和特殊配合力(SCA)。结果显示,“南海1号”群体的一般配合力最高,其次是非洲品系选育群体,泰国群体的最低,其效应值分别为0.4373、−0.0624和−0.3749。9个交配组合的体质量性状的特殊配合力效应值介于−0.7798~0.613,其中非洲品系选育群体(♂)ד南海1号”群体(♀)组合(AS)体质量性状的特殊配合力最高,效应值为0.613。杂种优势分析表明,6个杂交交配组合的体质量性状中亲和超亲优势范围分别是8.41%~13.80%和2.66%~7.97%,其中非洲品系选育群体(♂)ד南海1号”群体(♀)组合(AS)的中亲杂种优势(HM)和超亲杂种优势(HB)最大,分别为13.80%和7.97%。研究表明,“南海1号”群体为母本,非洲品系选育群体为父本的杂交组合特殊配合力和杂种优势最好,可以考虑加强该组合在体质量性状方面的选育。

大鲵养殖场水质状况的研究

对 2处大鲵养殖场水质分析研究表明 ,整年的水温变化为 4～ 2 5℃ ,水体的总硬度为 9 2～ 9 4°,总碱度为 4 6～ 5 1°,pH值 6 78～ 7 3 1 ,透明度 1 0 1～ 1 2 6cm ,溶氧量为 1 2 2 1 3～ 1 2 4 1 1mg/L ,化学耗氧量为 3 51 2～ 3 61 4mg/L ,CO2 为 6 1 83～ 6 541mg/L。

南海野生斑节对虾的线粒体16S rRNA基因序列单倍型分析

采用聚合酶链式反应（PCR）技术对我国南海海域5个地点（三亚、深圳、阳江、湛江、北海）的野生斑节对虾100个个体的mtDNA16S rRNA序列进行扩增,扩增产物经纯化后进行测序。用Clustal_X排序软件对所得的100个mtDNA16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个mtDNA16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。19单倍型序列的碱基组成显示出较高的A＋T比例（69.0%）。19种单倍型序列的遗传距离在0.002-0.033。根据构建的单倍型进化关系网,5个地点群体中的单倍型呈现一种混杂的分布格局。此外,根据单倍型在5个地点群体出现的频率和单倍型进化关系网,单倍型7是最为原始的单倍型,其他18种单倍型均起源于单倍型7。

4种斑节对虾亲虾饵料蛋白质的营养价值评价

分析了沙蚕、缢蛏、拖鱿鱼胴体、花蟹蟹肉以及斑节对虾亲虾肌肉和成熟卵巢基本营养成分、氨基酸组成。通过计算4种饵料与斑节对虾亲虾肌肉和成熟卵巢的必需氨基酸比率(A/E)的比值和必需氨基酸指数(EAAI),评价4种斑节对虾亲虾饵料蛋白质的营养价值。结果表明:沙蚕、缢蛏、拖鱿鱼胴体、花蟹蟹肉以及斑节对虾(Penaeusmonodon)亲虾肌肉和成熟卵巢中的粗蛋白质量分数分别为9.18%、8.14%、12.10%、17.00%、21.90%、18.60%;总氨基酸质量分数分别为7.30%、7.47%、11.70%、14.80%、19.40%、14.60%。以斑节对虾亲虾肌肉蛋白为参比,沙蚕、缢蛏、拖鱿鱼胴体以及花蟹蟹肉的必需氨基酸指数分别0.93、0.94、0.94、0.97;以斑节对虾亲虾成熟卵巢蛋白为参比,沙蚕、缢蛏、拖鱿鱼胴体以及花蟹蟹肉的必需氨基酸指数分别0.95、0.93、0.88、0.84。这说明4种亲虾饵料相对斑节对虾亲虾而言是一种优质蛋白质,能够满足亲虾蛋白需求。不过,精氨酸、组氨酸等必需氨基酸,不能完全满足亲虾需求。

斑节对虾细胞周期蛋白B慢病毒载体的构建及对Hela细胞增殖影响

细胞周期蛋白B(Cyclin B)是影响卵母细胞发育成熟的重要基因。文章构建了PmCyB慢病毒表达载体,并和慢病毒包装复合物在293T细胞中包装成慢病毒颗粒。利用包装好的慢病毒颗粒,感染干扰了Cyclin B1基因的Hela细胞,研究了PmCyB对Hela细胞增殖的影响。结果表明,通过siRNA干扰细胞自身的Cyclin B1后,转染对照组病毒液的Hela细胞增殖减缓;同时,干扰后转入含有PmCyB重组慢病毒表达载体,Hela细胞增殖速度明显要高于转染对照组病毒液的Hela细胞的增殖速度。这一结果表明,PmCyB基因的过表达能补偿Cyclin B1缺失导致的细胞增殖减缓的现象,说明PmCyB基因具有细胞周期调控功能,是细胞增殖与分化的重要调控基因,且功能可能与人类的Cyclin B1相似。人类的Cyclin B1是卵母细胞发育成熟的重要基因。由此可以推断,PmCyB基因可能对斑节对虾(Penaeus monodon)卵巢发育成熟起着重要作用。

6种笛鲷属鱼类线粒体165SrRNA基因片段的序列比较

对笛鲷属(Lutjanus)的紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、白星笛鲷(Lutjanus stellatus)、千年笛鲷(Lutjanus sebae)、勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)、红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序，得到长度约418bp的序列。结合GenBank中斜带笛鲷(Lutjanus decussatus)该区段的16SrRNA序列，用(Clustal_X排序软件进行16SrRNA序列的对位排列。通过Mega2．1软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较，共检测53个碱基存在变异，其中包括21个简约信息位点，并用“PairWise distance”计算了各属间的相对遗传距离，结果表明，其序列差异(转换+颠换)在0．027～0．083，其中勒氏笛鲷与斜带笛鲷的序列差异最小，红鳍笛鲷与勒氏笛鲷的序列差异最大。以高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外类群，采用Mega2．1软件中的“Neighbore-Joining'’法得到唯一1个分子系统树，系统树各分支的置信度南“Bootstrap”1000循环检验。结果表明，6种笛鲷鱼类聚成明显的3个分支，第1个分支，包括勒氏笛鲷、斜带笛鲷和白星笛鲷；第2个分支，包括紫红笛鲷；第3个分支，包括红鳍笛鲷和千年笛鲷。

长江口深水航道治理工程中半圆体水上安装工艺的开发

半圆体混合堤是长江口深水航道治理工程中堤坝主要结构型式之一。为寻求适应本工程施工条件差、安装强度高等特点的半圆体水上吊安工艺,在总结一般水运施工大型构件水上吊安工艺的基础上,根据半圆体结构特点和本工程工况条件,提出了起重船水上安装工艺,在吊点设计、吊具设计、灌水助沉工艺及水上定位工艺方面取得了多项创新成果。创新的工艺实现了安全、高效、优质的预期目标。

长江口南北港分汊口河段护滩限流工程动态管理

在长江口深水航道南北港分汊口河段新浏河沙护滩及南沙头通道潜堤工程的设计、建设及维护过程中,全面、科学地实行动态管理,保证了工程顺利建成,取得了预期整治效果。是在长江河口整治中实施动态管理的一次成功实践,积累了丰富的工程管理经验。

斑节对虾金属硫蛋白全基因DNA克隆及生物学信息分析

为深入研究斑节对虾(Penaeus monodon)金属硫蛋白MT(Pm-MT)基因参与斑节对虾性腺发育调控的分子机制,根据Pm-MT基因的c DNA序列,利用普通PCR和染色体步移(Genome Walking)技术获得Pm-MT基因的DNA全长序列,该基因序列DNA全长为2 744 bp,由2个内含子和3个外显子组成。其中启动子区域为806 bp,2个内含子长度分别为1 194、242 bp,3个外显子长度分别为22、78、77 bp。在启动子区域预测到转录因子糖皮质激素应答元件和雌激素应答元件与卵巢发育密切相关。

艾滋湖西门水闸入水口鳙鱼感染鲤锚头鳋病的调查

艾滋湖西门水闸入水口约25m水域中发现大量的鳙鱼体表有许多寄生虫。通过镜检，这些寄生虫被确定锂锚头鳋。同时对病鱼的感染程度。发病特征以及病理变化作了较为详细调查和报道。对水闸口的水质也进行详细的分析，最后对发病的原因进行了探讨，确认为是水质过肥的原因。

长江口深水航道边缘水域浅点控制标准研究

长江口水文泥沙条件复杂、河势多变,深水航道回淤时空分布规律复杂,航道边缘水域出现浅点难以避免。分析长江口10.0 m航道维护期及12.5 m航道试通航期的航道边缘水域浅点分布情况,初步研究航道边缘水域浅点率的影响因素,提出的长江口深水航道边缘水域浅点控制的建议标准得到采纳,取得良好的应用效果。

斑节对虾耐氨氮和淡水应激性状的遗传参数估计

该研究以高氨氮和淡水胁迫致死时间为衡量指标,估计了斑节对虾(Penaeus monodon)耐氨氮和淡水应激性状的遗传参数。以斑节对虾"南海1号"和非洲品系为亲本,建立了27个全同胞家系,含5个半同胞家系。利用单性状动物模型和ASReml软件估计斑节对虾幼体阶段的耐氨氮和淡水应激性状的方差组分和遗传参数。通过最佳线性无偏预测法估计所有个体和家系耐氨氮和淡水应激性状的育种值。斑节对虾耐氨氮和耐低盐的遗传力分别为0.11±0.04和0.29±0.08,且统计检验达到显著水平。斑节对虾耐氨氮和淡水应激性状的家系表型值相关系数为0.15,表现为低度线性正相关。斑节对虾耐氨氮和淡水应激性状的家系育种值相关系数为0.57,表现为中度线性正相关。因此在进行斑节对虾耐氨氮性状选育时,耐淡水应激性状也能得到一定的改良。

南海北部斑节对虾卵巢发育的形态及组织学观察

研究了南海北部斑节对虾Penaeus monodon卵巢发育的形态结构及组织学。以卵巢的组织学、性腺成熟指数(GSI)、卵巢的颜色和大小、卵细胞的直径、卵核的大小、形状、核仁的形态分布、不同发育阶段卵细胞数量比例等为参数,对南海北部斑节对虾卵巢发育的6个时期(卵原细胞期、染色质核仁期、周边核仁期、卵黄囊期、成熟期和恢复期)的组织结构特征进行了研究。并与菲律宾野生斑节对虾种群的卵巢组织结构特征进行了比较,发现2个地理种群的斑节对虾繁殖力存在一定差异。

铲鲟微卫星引物对中华鲟的适用性研究

将 2 1对铲鲟 (ScaphirhynchusplatorynchusRafinesque)的微卫星引物在中华鲟 (AcipensersinensisGray)基因组DNA上进行PCR扩增 ,1 4对 (约占 67% )引物得到了扩增产物 ,其中有 1 0对 (约占 48% )表现为多态性 ,但只有 2对 ( 9 5 % )引物Spl 1 0 0和Spl 1 68的多态性较高 ,且带型清晰 ,可直接作为分子标记应用于相关的研究。此外 ,对具有特异性扩增 ,但有Stutterband现象的 4对引物的部分可分离PCR产物进行了回收和测序 ,并对其中的 3对引物的序列进行了重新设计 ,最后得到两对可应用于中华鲟的引物As 1 0 0和Spl 1 70b。研究结果表明 ,对相近种的微卫星引物进行优化设计来获得一个物种的微卫星引物是一条简捷有效的途径。

近江牡蛎16S rRNA基因片段序列变异分析

采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增了近江牡蛎Crassostrea rivularis (Gould)线粒体DNA16S rRNA基因,获得了大约为500bp的片段.PCR产物纯化后进行序列测定,经Clustal X同源排序,去除引物及部分端部序列,得到了415bp的核苷酸片段.比较并分析了该片段的钦洲湾、长沙湾、镇海湾和珠江口共105个近江牡蛎个体的核苷酸序列多态性,共检测到23个多态性核苷酸突变位点,包括16个转换位点和7个颠换位点,发现了1个核苷酸插入突变位点.4个群体可分为12种单倍型.结果表明:4个群体中广西钦洲湾群体遗传多样性最高,其次为长沙湾、珠江口群体,镇海湾群体最低.