目的分析2019年青岛市从3例有摩洛哥旅行史甲型肝炎(甲肝)病例中检测到的甲肝病毒(Hepatitis A virus,HAV)株基因特征和感染来源。方法对甲肝病例进行流行病学调查,采集急性期血清标本并提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增和/或拼接HAV VP1...目的分析2019年青岛市从3例有摩洛哥旅行史甲型肝炎(甲肝)病例中检测到的甲肝病毒(Hepatitis A virus,HAV)株基因特征和感染来源。方法对甲肝病例进行流行病学调查,采集急性期血清标本并提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增和/或拼接HAV VP1-2A区和近全基因组核苷酸序列并构建系统进化树,分析本研究HAV与GenBank中参考株的核苷酸和氨基酸同源性以确定基因型,分析主要中和抗原表位关键氨基酸位点突变和基因重组。结果3例甲肝病例在发病潜伏期内有摩洛哥旅行史和半生食贝类海产品史,并检测到HAV核酸。3株HAV均位于系统进化树的ⅠA基因亚型欧洲分支,且在VP1-2A区与ⅠA亚型参考株的核苷酸和氨基酸差异分别仅为0.29%-7.45%和0.00%-2.59%;病例1感染的HAV与2018年爱尔兰分离株18IRL89195近全基因组的核苷酸序列同源性最高(98.41%),仅在编码区的3D区第80位(V/L)和第372位(K/R)氨基酸不同。病例2和病例3感染的HAV近全基因组序列完全相同,与2016年法国污水分离株G22-029的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为99.85%和100%。未发现3株HAV存在主要中和抗原表位关键氨基酸位点突变和基因重组。结论本研究HAV毒株属于ⅠA基因亚型,推测为境外感染且可能与半生食贝类海产品有关。展开更多
目的比较戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)3种核酸检测方法的敏感性及特异性。方法将HEV基因4型代表株的开放阅读框(open reading frame,ORF)2区部分基因序列克隆至pUC57载体,合成质粒DNA,使用A、B两种实时定量方法检测该质粒,比较...目的比较戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)3种核酸检测方法的敏感性及特异性。方法将HEV基因4型代表株的开放阅读框(open reading frame,ORF)2区部分基因序列克隆至pUC57载体,合成质粒DNA,使用A、B两种实时定量方法检测该质粒,比较最低检出限;使用其他标本做特异性检测。使用3种方法平行检测急性戊肝病例血清标本,比较检测结果。结果A、B方法对质粒DNA的最低检出限均可达35拷贝数/反应,特异度均为100%;A、B和C方法对急性戊肝病例血清标本HEV RNA检出阳性率分别为47.8%(43/90)、43.3%(39/90)和41.1%(37/90),一致率为88.9%(80/90),3种方法的检出率之间无统计学差异(χ^2=0.8414,P=0.6566)。A方法检测Ct值≤34.6或者B方法检测Ct值≤35.6的血清标本,C方法扩增成功率为100%。结论A方法的敏感性和特异性均较高,C方法为灵敏的基因检测方法。展开更多
目的分析四川省遂宁市自然人群中乙型肝炎(乙肝)病毒(Hepatitis B Virus,HBV)主要基因型S基因主要亲水区[Major Hydrophilic Region,MHR;氨基酸(Amino Acid,aa)99-169]及人类白细胞抗原I型(The Putative Human Leukocyte Antigen Class ...目的分析四川省遂宁市自然人群中乙型肝炎(乙肝)病毒(Hepatitis B Virus,HBV)主要基因型S基因主要亲水区[Major Hydrophilic Region,MHR;氨基酸(Amino Acid,aa)99-169]及人类白细胞抗原I型(The Putative Human Leukocyte Antigen Class I-Restricted,HLA-I)细胞毒性T淋巴细胞(Cytotoxic T Lymphocyte,CTL)表位aa位点置换特点。方法遂宁市乙肝血清流行病学调查中乙肝病毒表面抗原阳性人群,扩增HBV S基因片段并测序得到的完整S基因片段序列,进行生物信息学比对分析。结果在遂宁市共得到108份序列,其中B基因型40份,C基因型68份,在S基因MHR发生aa置换位点为Y100C、Q101H、L110F、T126A/S、T131I、S136F、T143M、G145R、V168A,在HLA-I型CTL表位aa置换位点为V47A、P46L、T47K、L88P、I92T、L98V、Y100C、Q101H、V177A、V194A,位点置换在年龄分布和基因型分布的差异无统计学意义。结论遂宁市HBV S基因MHR及HLA-I型CTL表位aa位点置换与基因型分布无关,未发现接种乙肝疫苗与人群中HBV S区aa位点置换相关。展开更多
文摘目的分析2019年青岛市从3例有摩洛哥旅行史甲型肝炎(甲肝)病例中检测到的甲肝病毒(Hepatitis A virus,HAV)株基因特征和感染来源。方法对甲肝病例进行流行病学调查,采集急性期血清标本并提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增和/或拼接HAV VP1-2A区和近全基因组核苷酸序列并构建系统进化树,分析本研究HAV与GenBank中参考株的核苷酸和氨基酸同源性以确定基因型,分析主要中和抗原表位关键氨基酸位点突变和基因重组。结果3例甲肝病例在发病潜伏期内有摩洛哥旅行史和半生食贝类海产品史,并检测到HAV核酸。3株HAV均位于系统进化树的ⅠA基因亚型欧洲分支,且在VP1-2A区与ⅠA亚型参考株的核苷酸和氨基酸差异分别仅为0.29%-7.45%和0.00%-2.59%;病例1感染的HAV与2018年爱尔兰分离株18IRL89195近全基因组的核苷酸序列同源性最高(98.41%),仅在编码区的3D区第80位(V/L)和第372位(K/R)氨基酸不同。病例2和病例3感染的HAV近全基因组序列完全相同,与2016年法国污水分离株G22-029的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为99.85%和100%。未发现3株HAV存在主要中和抗原表位关键氨基酸位点突变和基因重组。结论本研究HAV毒株属于ⅠA基因亚型,推测为境外感染且可能与半生食贝类海产品有关。
文摘目的分析四川省遂宁市自然人群中乙型肝炎(乙肝)病毒(Hepatitis B Virus,HBV)主要基因型S基因主要亲水区[Major Hydrophilic Region,MHR;氨基酸(Amino Acid,aa)99-169]及人类白细胞抗原I型(The Putative Human Leukocyte Antigen Class I-Restricted,HLA-I)细胞毒性T淋巴细胞(Cytotoxic T Lymphocyte,CTL)表位aa位点置换特点。方法遂宁市乙肝血清流行病学调查中乙肝病毒表面抗原阳性人群,扩增HBV S基因片段并测序得到的完整S基因片段序列,进行生物信息学比对分析。结果在遂宁市共得到108份序列,其中B基因型40份,C基因型68份,在S基因MHR发生aa置换位点为Y100C、Q101H、L110F、T126A/S、T131I、S136F、T143M、G145R、V168A,在HLA-I型CTL表位aa置换位点为V47A、P46L、T47K、L88P、I92T、L98V、Y100C、Q101H、V177A、V194A,位点置换在年龄分布和基因型分布的差异无统计学意义。结论遂宁市HBV S基因MHR及HLA-I型CTL表位aa位点置换与基因型分布无关,未发现接种乙肝疫苗与人群中HBV S区aa位点置换相关。