女贞子-黄芪治疗转移性去势抵抗性前列腺癌的网络药理学机制

本研究利用数据挖掘和网络药理学探讨女贞子(Ligustrum lucidum)-黄芪(Astragalus membranaceus)治疗转移性去势抵抗性前列腺癌(Metastatic Castration-Resistant Prostate Cancer,mCRPC)的作用机制。利用中药系统药理学(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)数据库与分析平台检索女贞子-黄芪的有效成分和作用靶点;利用R语言对芯片数据集GSE77930进行分析,筛选差异表达的基因;利用Cytoscape 3.8.0软件构建有效成分-靶点网络及蛋白互作网络;利用R语言对核心靶点进行GO富集分析和KEGG分析;采用Cytoscape 3.8.0软件构建女贞子-黄芪活性成分-靶点通路关系网络。结果表明女贞子-黄芪的关键活性成分共33个,包括槲皮素(Quercetin)、山奈酚(Kaempferol)、木犀草素(Luteolin)、异鼠李素(Isorhamnetin)、芒柄花黄素(Formononetin)等;核心作用靶点18个,其中AR、VCAM1、PCNA、NTRK1、TP53、EGFR和FBXO6等靶点可能是女贞子-黄芪治疗mCRPC的重要靶点。KEGG分析发现,女贞子-黄芪主要通过乙型肝炎(Hepatitis B)、前列腺癌(Prostate Cancer,PCa)、细胞周期(Cell cycle)、Vascular Endothelial Growth Factor(VEGF)信号通路(VEGF signaling pathway)和细胞衰老(Cellular senescence)等通路发挥抗mCRPC的作用。本研究结果可为mCRPC的临床治疗提供参考。

“金课”背景下线上线下混合教学模式在生物化学与分子生物学教学改革的探索

通过探索建设具有我校生物化学与分子生物学学科特色的“金课”,全面梳理课程教学内容,拓展课程深度,将线上和线下教学的优势结合,弥补传统线下教学的缺点,解决医学相关专业学生在生化学习过程中难度过大问题,培养学生综合基础医学思维能力,有助于提高医学相关专业学生在实际工作中独立地发现问题、解决问题的能力。

“95后”大学生的学习特点及其对专职任课教师工作的启示

今年是"95后"大学生进入学校的第一年,他们独特的个性引起了社会的广泛关注。本文作者根据这些不同于任何时代的大学生的学习特点,结合自己的工作实际,从专职任课教师的角度出发,提出了一系列行之有效的提高"95后"大学生学习能力的方法。

广西架桥岭自然保护区的鸟类

2007年对广西架桥岭自然保护区鸟类资源进行了调查,记录到鸟类175种,隶属13目47科。根据居留类型,留鸟105种,夏候鸟28种,冬候鸟27种,旅鸟15种。国家重点保护鸟类21种。区系以在华南区有分布的鸟类最多,但华中区和西南区成分也占有较大的比例。斑头大翠鸟在架桥岭保护区的发现扩展了其在中国的已知分布区,这与全球气候变暖是否存在一定关系有待进一步研究。鸟类G-F指数分析比较发现广西西部地区鸟类多样性较高,自西向东至中部架桥岭一线后递减。架桥岭保护区的鸟类多样性较为丰富,具有很高的自然保护价值。

转拟南芥NPR1基因博B的抗病性及农艺性状表现

通过根癌农杆菌介导法将拟南芥(Arabidopsis thaliana)NPR1基因转入广西主栽保持系水稻品种博B,经连续自交至T3代得到4株纯合株系,PCR检测4株G418抗性植株均为阳性。对这4株转基因植株进行了T1、T2代植株抗病试验及对T3代植株进行了农艺性状的考查,T1、T2代分别进行了水稻白叶枯病菌和稻瘟病菌的接种试验,转基因植株表现出对水稻白叶枯病和稻瘟病的抗性增强。T3代大部分主要农艺性状与野生型相比较一致性高。

基于生物信息学分析LIX1基因在前列腺癌中的表达与免疫浸润的关系

目的:探讨肢体和中枢神经系统表达因子1 (Limb and CNS expressed 1, LIX1)在前列腺癌(prostate cancer, PCa)中的表达及临床意义。方法:利用Oncomine和UALCAN数据库分析LIX1在PCa组织中的表达;利用R3.6.3软件绘制受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic curve,ROC曲线)和临床基线表,分析LIX1表达与PCa患者临床特征参数的关系;应用CANCERTOOL、GEPIA和TIMEER数据库分析LIX1表达水平与PCa患者预后及其与免疫细胞浸润的关系。利用LinkedOmics数据库筛选LIX1共表达基因及进行GSEA分析,探讨LIX1在PCa中潜在作用的信号通路。结果:LIX1 mRNA在PCa组织中表达水平显著降低且对PCa的诊断具有一定准确性。LIX1表达水平与PCa患者的TNM分期、Gleason分期、年龄和PSA水平显著负相关。LIX1低表达患者预后不佳,具有更高的复发风险。LIX1表达水平与PCa巨噬细胞的浸润水平呈正相关。LIX1及其共表达的基因主要富集在线粒体呼吸链复合物的组装,胞质分裂,核糖体和细胞周期途径等信号通路。结论:LIX1在PCa中表达降低,且与免疫浸润有关,可作为PCa诊断和不良预后的新型标志物。

生物化学与分子生物学异步SPOC在线课堂的实践

生物化学与分子生物学是医学专业的核心基础课,知识点相对微观和复杂。小规模限制性在线课程(small private online course, SPOC)是近十年来发展起来一种教学模式。SPOC结合了慕课的丰富资源和小规模特色教学的两大优势。为了提升生物化学与分子生物学课堂的教学效果和激发学生的学习主动性,文章以医科大学医科类专业为研究对象,采用异步SPOC在线课堂的方式进行教学实践,并通过统计分析三个学期异步SPOC课程实践的教学数据,发现异步SPOC在线课堂能够提高学生学习的主导性和主动性。

基于CRISPR/Cas9技术构建与鉴定敲除ACE2基因的Huh7肝癌细胞株

利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除人Huh7肝癌细胞的血管紧张素转化酶2(ACE2)基因,构建ACE2基因敲除细胞株,为研究ACE2在肝细胞癌的作用提供细胞模型。首先,对ACE2结构域进行鉴定,利用在线网站设计两条破坏所有结构域、靶向作用于ACE2外显子的sgRNA。其次,构建重组载体并转染肝癌细胞Huh7,嘌呤霉素筛选出单克隆细胞株。最后,免疫印迹鉴定敲除效果。结构域鉴定结果显示,在340-520号氨基酸位置存在Zn结合位点和激活位点,根据sgRNA靶点设计原则,采用片段敲除的方式,针对ACE2的第9、第10外显子设计两对sgRNA,并成功构建PX459-ACE2-sgRNA重组质粒。嘌呤霉素成功筛选出单克隆细胞株,并测序证实了发生片段敲除,ACE2蛋白在敲除细胞株中不表达;成功构建ACE2敲除的Huh7细胞株,为日后研究ACE2在肝细胞癌的发生机制奠定基础。

肾素-血管紧张素系统与肿瘤关系的研究进展

肾素-血管紧张素系统(renin-angiotensin system,RAS)是人类重要的体液调节系统,对维持心血管内稳态和水电解质平衡至关重要,近年来的研究显示RAS与肿瘤发生发展、血管的形成和转移密切相关。RAS主要通过经典的ACE-AngⅡ-AT1轴以及ACE2-Ang(1-7)-Mas替代轴发挥作用,ACE-AngⅡ-AT1轴与导致肿瘤的生物学过程相关,ACE2-Ang(1-7)-Mas轴是ACE-AngⅡ-AT1轴的反向调节轴,ACE2-Ang(1-7)-Mas轴的激活对大多数肿瘤增殖和转移起抑制作用,本文现就这两条轴与肿瘤的关系进行阐述。

基于TCGA分析GALNT14在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

本研究拟探索N-acetylgalactosaminyltransferase 14 ( GALNT14)的表达水平对肾透明细胞癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma, KIRC)的临床预后意义及其在疾病进展中的功能。从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库获取肾透明细胞癌的临床信息和相应的mRNA表达数据,使用R语言进行差异表达分析和配对差异表达分析,检测 GALNT14在肾透明细胞癌的表达;通过Logistic回归分析、Kaplan-Meier生存分析和COX回归分析探究 GALNT14的表达量与肾透明细胞癌临床特征的相关性;从STRING数据库中获得GALNT14相互作用的蛋白质,通过Linkedomics和GeneMANIA数据库分析GALNT14的蛋白质-蛋白质相互关系;通过基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)探索 GALNT14在肾透明细胞癌中介导的生物信号通路。结果表明,肾透明细胞癌组织中 GALNT14的mRNA相对表达量显著高于癌旁组织;肾透明细胞癌 GALNT14的高表达与肿瘤原发灶大小、Tumor Node Metastasis (TNM)分期、患者年龄、组织分级显著相关;肾透明细胞癌患者 GALNT14的高表达与患者总生存率(Overall Survival, OS)正相关,与无病生存率(Disease Free Survival, DFS)负相关;GALNT14可作为肾透明细胞癌患者的独立预后因子;GALNT14的共调控基因与肾透明细胞癌关系密切;GALNT14的高表达与肿瘤细胞中氨基酸代谢、脂肪酸代谢和糖代谢等信号通路相关。因此, GALNT14在肾透明细胞癌中高表达且与患者预后相关,可作为该疾病的独立预后因子。

虚拟实验促进生物化学实验教学改革实践

虚拟实验教学是现代生物化学实验教学的有效补充,也是现代实验教育改革发展的前沿。文章着重介绍了广西医科大学生物化学与分子生物学教研室教师设计的虚拟软件、构建虚实结合的实验教学体系、引导学生充分利用虚拟软件进行自主学习、指导大学生利用虚拟实验训练辅助课外创新科研课题的开展和提高教师业务水平等具体的改革实践。最后,文章也对虚实结合实验教学实践中的不足进行了思考与总结。

低氧条件下调节EMT、糖异生及脂肪酸合成相关基因的表达促进肝癌细胞的增殖和迁移

目的:研究低氧条件对Hep3B肝癌细胞增殖、迁移的影响,探讨低氧对上皮—间质转化(EMT)、糖异生及脂肪酸合成相关基因的表达变化及意义。方法:克隆形成实验研究Hep3B的增殖能力,细胞划痕愈合和Transwell迁移实验研究Hep3B的迁移能力。肿瘤基因组图谱数据库(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)分析EMT相关基因SNAl1、SNAl2、CDH1、CDH2、ZEB1和Vimentin,糖异生相关基因PCK2、G6PC及脂肪酸合成相关基因ACACA的mRNA在肝细胞癌(HCC)与癌旁组织中的表达情况,并使用GEO数据库分析上述基因在低氧条件下的mRNA表达。实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测上述基因在常氧和低氧条件下培养的Hep3B细胞中的mRNA表达情况。结果:低氧环境可以促进Hep3B细胞的增殖和迁移能力。与癌旁组织比较,TCGA和GEO数据库均显示,ZEB1和ACACA在肝癌组织中表达上调,G6PC和PCK2则下调,SNAl2和Vimentin仅在TCGA中显示上调,SNAl1和CDH1仅在GEO显示下调。RT-qPCR结果显示,与常氧组相比,低氧环境下的Hep3B细胞中EMT相关基因SNAl1、CDH1、CDH2的表达量降低(P<0.05),而SNAl2、Vimentin的表达量则升高(P<0.05),糖异生相关基因PCK2、G6PC和脂肪酸合成相关基因ACACA在低氧环境中的表达量均降低(P<0.05),而ZEB1的表达量差异无统计学意义(P>0.05)。结论:低氧微环境可以调节肝癌Hep3B细胞中EMT相关基因SNAl1、SNAl2、CDH1、CDH2和Vimentin以及代谢相关基因ACACA、G6PC和PCK2的表达,进而促进Hep3B细胞的增殖和迁移。

非编码RNA参与肝细胞癌糖酵解调控的研究进展

肝癌是一种常见的消化系统肿瘤,肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)作为一种较为常见的肝癌类型,其恶性程度高且在全球癌症相关死亡原因中排在前列。代谢重编程被认为是癌症发生和发展的一个重要标志,糖代谢是细胞产生能量的主要途径之一。糖酵解作为糖代谢的基础性反应在细胞的代谢中发挥着举足轻重的作用,因此糖酵解的调控对于肿瘤的增殖与演变有着重要意义。越来越多的非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)被证实在肿瘤的糖酵解调控中发挥重要作用。本文综述了ncRNA在HCC糖酵解调控中的作用及相关机制,同时对基于糖酵解调控相关机制的靶向治疗HCC的方法提出展望。

p14.5过表达抑制肝癌细胞株SMMC7721迁移

本课题组前期研究发现14.5 kD蛋白(以下简称p14.5)是肝癌相关抗原,目前研究发现p14.5在人体大部分正常器官组织内几乎不表达,仅在肝、肾组织内高表达;在多种肝癌细胞株和肝癌组织内p14.5mRNA和蛋白呈低表达,并与肝癌分化状态呈负相关。但是p14.5是否在肝癌发生发展中发挥作用还未明确。本研究采用Western blotting检测多种肝癌细胞株SK-Hep-1、Huh-7、HepG2、SMMC7721和BEl-7704内p14.5蛋白表达;采用lipo3000脂质体介导构建p14.5稳定过表达肝癌细胞株p14.5-SMMC7721和空载对照细胞株NC-SMMC7721,并用Real-time QRT-PCR和Western blotting检测转染细胞株及野生型细胞株内p14.5的表达;通过CCK-8实验方法,检测p14.5过表达对肝癌细胞增殖的影响;通过体外划痕和Transwell细胞迁移实验检测p14.5过表达对肝癌细胞迁移的影响。结果显示,Real-time QRT-PCR及Western blotting检测结果表明p14.5在p14.5-SMMC7721细胞内表达明显高于其他两组,已成功构建p14.5稳定表达的肝癌细胞系p14.5-SMMC7721;CCK-8法测定细胞生长曲线结果表明p14.5稳定表达的肝癌细胞株与其他两组生长速度并无明显差异;24 h、48 h后观察划痕愈合情况,p14.5-SMMC7721愈合率为(6.97±1.55)%、(11.16±1.49)%,低于NC-SMMC7721愈合率(28.28±3.71)%、(46.89±6.76)%及野生型SMMC7721愈合率(30.50±3.66)%、(43.00±2.43)%,且差异有统计学意义(p<0.05)。Transwell细胞迁移实验表明,p14.5-SMMC7721中发生迁移的平均细胞数目为12.70±4.92,而NC-SMMC7721及野生型SMMC7721中发生迁移的细胞数目为41.20±11.55和40.20±8.04,p14.5-SMMC7721中发生迁移细胞数目显著低于对照系NC-SMMC7721及野生型SMMC7721中发生迁移的细胞数目,且差异有统计学意义(p<0.05)。本研究证实过表达p14.5,不影响肝癌细胞SMMC7721细胞生长,但是抑制其体外迁移。提示p14.5在肝癌细胞SMMC7721迁移中有重要作用。

红花栝楼鲨烯合酶基因的克隆及其序列分析

目的克隆红花栝楼鲨烯合酶（squalene synthase,SS）的基因并进行序列分析,为进一步研究葫芦科植物三萜合成通路关键酶SS的正选择位点与功能的关联性分析奠定基础。方法根据绞股蓝与罗汉果SS基因c DNA比对分析的结果,设计SS的5’端简并引物,采用3’RACE扩增红花栝楼SS全长c DNA基因。结果获得红花栝楼SS c DNA全长共1 466个核苷酸,其中包括一个含有1 254个核苷酸的开放读码框,编码417个氨基酸残基。通过NCBI的Blast比对,发现红花栝楼SS基因编码的氨基酸序列与已知植物SS基因编码的氨基酸序列同源性为78%~94%,核苷酸的同源性为74%~93%。结论成功克隆了红花栝楼SS的全长c DNA,为进一步研究红花栝楼SS基因结构、基因表达、基因突变提供了基础,并为葫芦科植物三萜合成通路关键酶SS的正选择位点与功能的关联性分析提供了数据支持。

基于文献计量的肠道菌群研究发展趋势分析

文章分析了肠道菌群领域的研究热点和发展趋势,以期为今后的研究提供科学参考。基于Web of Science数据库,利用文献计量学方法,运用Web of Science自带分析软件和CiteSpace软件对肠道菌群已发表文献进行全面聚类可视化分析。结果表明,肠道菌群领域发文量呈逐年增长趋势,发文量最多的国家是美国,中国位居第二,发文量较多的机构也大多在美国;微生物学、食品科技、生物技术微生物学和胃肠病学肝病学是该领域主要的研究方向;研究热点主要集中在肠道微生物、益生菌、疾病、表达等几个方面.该领域的发文量虽然逐年在增加,但是发表在高影响力期刊上的文献量较少,论文的质量有待提高,中国的发文量虽然位居前列,但与发达国家相比还存在一定的差距。