云南大花蕙兰复合感染的ORSV和CyCMV病毒基因组序列特征分析

从云南丽江采集了40个大花蕙兰(Cymbidium hybridum)感病样品,利用高通量转录组测序对其中的病毒种类进行分析,Blastn N比对发现样品中存在建兰花叶病毒(cymbidium mosaic virus,Cym MV)、齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV)和建兰褪绿花叶病毒(cymbidium chlorotic mosaic virus,Cy CMV)。利用RT-PCR对样品中病毒分离物的CP序列进行扩增,10份样品为ORSV和Cy CMV复合侵染。为进一步明确ORSV和Cy CMV云南分离物(ORSV-DH和Cy CMV-DH)的序列特征,分别对其全基因组序列进行了扩增及克隆,结果表明:ORSV-DH基因组全长序列为6611 nt(Accession No.OP644547),Cy CMV-DH基因组全长序列为4083 nt(Accession NO.OP629812),将ORSV-DH和Cy CMV-DH分别与已报道的分离物的全基因组序列进行核苷酸序列分析,发现ORSV-DH与其他分离物的核苷酸相似性为97.69%~99.41%,Cy CMV-DH为89.84%~98.19%。根据病毒全基因组核苷酸序列分别构建了ORSV-DH和Cy CMV-DH与本属其他分离物的系统进化树,明确了其分别与日本分离物ORSV-Cy-1(S83257)、Cy CMV-Japan(NC_027123)亲缘关系最近。