基于CiteSpace和VOSviewer对微量元素与免疫的文献计量学分析

目的:基于文献计量学方法对微量元素与免疫进行可视化分析,探索微量元素营养免疫学的研究热点和发展趋势,为临床实践及下一步研究提供参考依据.方法:检索2000年1月—2022年12月Web of Science(WOS)核心合集数据库收录的微量元素免疫研究相关文献,运用CiteSpace和VOSviewer进行可视化分析及知识图谱绘制.结果:筛选后共纳入1392篇文献,总体发文量逐年增加,特别是在2019年以后爆发式增长.中国和中国科学院分别是该研究领域发文量最多的国家和机构,但影响力远低于欧美国家.不同区域的作者、研究机构之间合作关系薄弱.Biological Trace Element Research是该领域最活跃的期刊.研究领域被分为9个聚类:营养支持,新型冠状病毒感染,维生素,硒,炎症性肠炎,肝病,老年人,系统性炎症,发病机制.肠道菌群、抑制和人类健康是最新的研究热点.结论:微量元素与免疫在营养学研究领域发展前景良好.当前研究热点集中在肠道微生物群对免疫调节的影响、微量元素在新型冠状病毒感染、系统性炎症和肿瘤免疫疗法的调控机制以及膳食营养影响人体健康方面.

基于综合生物信息学对睾丸生殖细胞肿瘤预后相关枢纽基因的筛选及验证

目的:应用生物信息学方法筛选睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)预后相关的枢纽基因,为TGCT的预后评估和药物治疗提供新的生物标志物.方法:从GEO数据库下载GSE3218、GSE1818数据集,通过R语言limma程序包和韦恩图筛选差异表达基因(DEGs);利用DAVID数据库对DEGs进行GO、KEGG富集分析;通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选出前10个枢纽基因,使用miRTarBase数据库预测枢纽基因可能的上游miRNA;使用UALCAN筛选出预后相关的枢纽基因,并分别通过GEPIA和HPA数据库验证其基因表达水平和蛋白质表达水平;分别采用TIMER和DGIdb数据库对预后相关枢纽基因进行免疫浸润分析和药物-基因相互作用分析;从TCGA数据库中整合TGCT患者的临床数据和预后相关枢纽基因的表达水平,通过R语言rms程序包构建列线图.结果:共鉴定出10个枢纽基因(FN1、CDH1、MMP9、CCL2、CCNB2、PRM2、TNP1、CXCR4、CDK4、CDKN3),预测出12个miRNA为枢纽基因的潜在上游miRNA;发现MMP9和CCL2的高表达与较低的总生存率、免疫细胞浸润有关,其与多种药物相互作用密切.结论:MMP9和CCL2可能是潜在的TGCT预后生物标志物和药物的基因靶点.