肉鸭肠道微生物空间异质性分析

【目的】本试验旨在通过宏基因组测序、物种注释和功能注释比较肉鸭不同肠段的微生物群落多样性、种类、相对丰度差异,探究肉鸭肠道微生物的空间异质性。【方法】选取饲养于相同环境的6周龄北京鸭和连城白鸭共6个个体,依次采集其十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,基于宏基因组测序方法获得肠道微生物的种类和相对丰度。基于微生物丰度表,利用wilcoxon秩和检验进行不同肠段的优势微生物、微生物种类数、微生物相对丰度、微生物群落多样性和微生物功能多样性差异比较,并利用t检验筛选了北京鸭和连城白鸭各肠段的显著差异菌属。【结果】本试验共鉴定到45个菌门、84个菌纲、186个菌目、418个菌科、1400个菌属和3467个菌种。其中4个肠段的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),四大菌门在不同肠段之间分布存在差异。4个肠段的优势菌属均为拟杆菌属(Bacteroides)和Phocaeicola等10个相同菌属,而且优势菌属的种类和丰度在不同肠段存在组间差异。从十二指肠到盲肠,微生物的组成、相对丰度和群落多样性变化显著(P<0.05),其中十二指肠、空肠和回肠的微生物组成相似性很高,与盲肠微生物存在明显分离;同时,盲肠微生物的群落多样性也极显著高于其他肠段(P<0.01)。与十二指肠、空肠、回肠相比,盲肠微生物的细菌趋化性、氨基糖、核苷酸糖代谢脂肪酸的生物合成等代谢通路均上调,且盲肠富集到31个北京鸭和连城白鸭差异菌属,数量高于十二指肠、空肠、回肠。【结论】肉鸭盲肠富集的微生物数量、相对丰度、群落多样性均高于十二指肠、空肠和回肠。本研究结果为解析肉鸭肠道微生物调控机制和精准调控肉鸭的能量代谢水平和免疫机能提供理论依据,为肉鸭肠道微生物的进一步研究提供借鉴。

北京鸭和连城白鸭胸肌脂质组鉴定与分析

【目的】研究鸭胸肌脂质谱,并探究北京鸭和连城白鸭胸肌脂质组差异。【方法】选取6周龄北京鸭和连城白鸭各28只并采集其胸肌组织,采用基于液相色谱-质谱联用方法(liquid chromatography-mass spectrometry,LC-MS)的脂质组学技术检测鸭胸肌中的脂质谱,通过多变量统计分析方法对北京鸭和连城白鸭胸肌脂质组的检测结果进行分析,采用差异倍数、t检验和偏最小二乘判别分析(PLS-DA)筛选差异脂质。【结果】鸭胸肌共被鉴定到950种脂质,涵盖6大类,即甘油磷脂类(GP)395种、甘油脂类(GL)365种、鞘脂类(SP)86种、脂肪酰类(FA)78种、甾醇脂类(ST)23种、异戊烯醇脂类(PR)3种;种类含量最多的脂质亚类为甘油三酯类(TG)283种。与北京鸭相比,连城白鸭中筛选到18种差异显著脂质:7个上调,11个下调;其中TG类最多且在北京鸭中含量高,同时这些TG富含饱和脂肪酸和单不饱和脂肪酸,而含超长链多不饱和脂肪酸(VLC-PUFA)的GP在连城白鸭中含量高。【结论】本研究获得了全面详细的鸭胸肌脂质谱,并筛选出了北京鸭和连城白鸭18种差异脂质标记物,为鸭的肌内脂质代谢、肉质研究及品质育种提供了科学的理论依据。

肢体内外翻畸形肉鸡腿部骨骼矿物元素含量变化及组织学分析

为探究肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)肉鸡腿部骨骼中矿物元素含量和病理组织学变化情况,为无VVD肉鸡选育提供参考,本试验选用28、38日龄健康和患VVD腿病的哈伯德肉鸡,对其股骨、胫骨、跖骨进行钙、磷及灰分含量的测定。采用乙二胺四乙酸二钠(EDTA)络合滴定法测定钙含量,采用分光光度计法测定磷含量;对38日龄肉鸡胫骨进行铜、锰、锌含量的测定和骨骼切片组织学分析,铜、锰、锌含量通过电感耦合等离子体发射光谱法进行测定。结果显示:与健康鸡相比,28日龄VVD鸡胫骨中磷含量显著降低(P<0.05);钙、灰分和铜、锰、锌含量均出现下降趋势;VVD鸡股骨、胫骨、跖骨骨小梁面积和骨细胞数均显著或极显著低于健康鸡(P<0.05或P<0.01)。研究表明,VVD鸡腿骨中各矿物元素含量均下降,组织学结构发生异常改变。

鸡FKBP5基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析

本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。