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暗纹东方鲀TGF-β1基因的克隆、表达特征及生长性状相关SNP位点筛选
1
作者
马思思
喻伟峰
+5 位作者
张凯
张雯雯
唐晓东
刘雨曦
尹绍武
王涛
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2024年第2期129-139,共11页
为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用,采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因,分析了其基因结构与表达特征,并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对,在此基础上筛选出与生长性状相关...
为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用,采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因,分析了其基因结构与表达特征,并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对,在此基础上筛选出与生长性状相关的SNP位点。研究发现TGF-β1基因cDNA全长共2217 bp,包含5′UTR 51 bp,3′UTR 1014 bp,ORF 1152 bp,编码383个氨基酸。氨基酸序列比对分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)同源性最高(92.82%)。进化树分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因编码氨基酸序列与红鳍东方鲀聚为一支,与鲈形目鱼类亲缘关系最近(68.46%~73.33%)。qRT-PCR检测显示,TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠和鳃)都有表达,其中肾脏表达量最高,心脏和脾脏表达量次之。通过SNP位点不同基因型与个体生长性状的相关性分析,发现TGF-β1上的SNP g.3908 C>A位点与暗纹东方鲀多项生长性状有关,其中CC型是优势基因型,且CC型个体体宽、肥满度较高。研究结果证实TGF-β1基因与暗纹东方鲀生长性状有一定的相关性,可为暗纹东方鲀分子标记辅助育种提供基础资料。
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关键词
暗纹东方鲀
TGF-Β1
表达特征
生长性状
SNP
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职称材料
暗纹东方鲀HTR4基因的分子特征及其生长相关SNP位点筛查
2
作者
张雯雯
喻伟峰
+5 位作者
张宇飞
许伟鹤
张鑫宇
王涛
尹绍武
张凯
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2023年第12期18-28,共11页
【目的】明确暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)5-羟色胺受体4(5-hydroxytryptamine receptor 4,HTR4)的分子结构、表达特征和功能,并探究HTR4基因SNP位点与暗纹东方鲀生长的相关性。【方法】采用分段克隆方法,分别扩增HTR4基因的3′RACE...
【目的】明确暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)5-羟色胺受体4(5-hydroxytryptamine receptor 4,HTR4)的分子结构、表达特征和功能,并探究HTR4基因SNP位点与暗纹东方鲀生长的相关性。【方法】采用分段克隆方法,分别扩增HTR4基因的3′RACE、5′RACE以及中间保守区域,将其拼接后获得暗纹东方鲀HTR4基因cDNA全长序列,对其进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR技术,分析HTR4基因在暗纹东方鲀脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、卵巢、中肠、鳃、皮肤和肌肉等10种组织中的分布,以及其在卵巢5个不同发育时期(Ⅰ~Ⅴ期)的脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、中肠、鳃和肌肉等8种组织中的表达模式;利用Sanger测序法,筛查HTR4编码区生长性状相关的SNP位点。【结果】暗纹东方鲀HTR4 cDNA全长2302 bp,开放阅读框长度为1170 bp,共编码389个氨基酸,包含5个外显子;氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示,暗纹东方鲀与红鳍东方鲀HTR4的一致性最高(99.53%),亲缘关系最近;三维结构预测显示,HTR4蛋白在鱼类中较为保守。荧光定量PCR结果表明,HTR4基因在暗纹东方鲀10个不同组织中均有表达,其中在脑组织表达量最高,其次是中肠,肌肉组织表达量最低;HTR4基因在卵巢5个不同发育时期的8个不同组织中均有表达,其中在卵巢发育的Ⅳ时期表达量最高。SNP位点筛查结果表明,暗纹东方鲀HTR4基因第4外显子1202 bp处存在1个同义突变SNP位点(c.1202 C>G),关联分析表明该位点与暗纹东方鲀肥满度性状显著相关(P<0.05),其中CC基因型个体肥满度较高。【结论】HTR4基因在暗纹东方鲀生长发育中发挥了重要作用,可作为优良候选基因,在一定程度上可为暗纹东方鲀生长性状新品种的选育提供分子标记。
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关键词
暗纹东方鲀
5-羟色胺受体4
基因克隆
单核苷酸多态性
动物育种
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职称材料
孔外延时网路在地铁减振爆破施工中的应用
被引量:
2
3
作者
赵康林
王书峰
+1 位作者
喻伟峰
杨宏射
《工程爆破》
CSCD
2020年第2期87-92,共6页
为解决矿山法暗挖地铁隧道在近穿或下穿地面建(构)筑时的爆破振速安全问题,在地铁隧道中应用孔外延时联网方式,并经过试验和改进,实现多分段减振起爆,控制爆破振速至0.5~1.0 cm/s,满足设计规范要求,风险可控;同时减少了单循环爆破频次,...
为解决矿山法暗挖地铁隧道在近穿或下穿地面建(构)筑时的爆破振速安全问题,在地铁隧道中应用孔外延时联网方式,并经过试验和改进,实现多分段减振起爆,控制爆破振速至0.5~1.0 cm/s,满足设计规范要求,风险可控;同时减少了单循环爆破频次,提高了开挖进度,降低了多次爆破扰动围岩造成超挖过大甚至支护不及时坍塌风险,成本可控。并针对现场爆破时容易发生传爆失败等问题,采取增加防护孔等辅助措施,应用效果较好,大大减少了断响盲炮几率,有效降低了施工风险。实践证明,孔外延时联网相关技术可行有效,对类似工况施工具有一定的参考价值。
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关键词
地铁隧道
减振爆破
孔外延时
防护孔
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职称材料
题名
暗纹东方鲀TGF-β1基因的克隆、表达特征及生长性状相关SNP位点筛选
1
作者
马思思
喻伟峰
张凯
张雯雯
唐晓东
刘雨曦
尹绍武
王涛
机构
南京师范大学海洋科学与工程学院
江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心
出处
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2024年第2期129-139,共11页
基金
江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目[JBGS(2021)034]
江苏省农业科技自主创新项目[CX(22)2029]
+2 种基金
国家自然科学基金(32172948,31800436)
国家重点研发计划(2018YFD0900301)
江苏省自然科学基金青年基金(BK20210563)。
文摘
为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用,采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因,分析了其基因结构与表达特征,并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对,在此基础上筛选出与生长性状相关的SNP位点。研究发现TGF-β1基因cDNA全长共2217 bp,包含5′UTR 51 bp,3′UTR 1014 bp,ORF 1152 bp,编码383个氨基酸。氨基酸序列比对分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)同源性最高(92.82%)。进化树分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因编码氨基酸序列与红鳍东方鲀聚为一支,与鲈形目鱼类亲缘关系最近(68.46%~73.33%)。qRT-PCR检测显示,TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠和鳃)都有表达,其中肾脏表达量最高,心脏和脾脏表达量次之。通过SNP位点不同基因型与个体生长性状的相关性分析,发现TGF-β1上的SNP g.3908 C>A位点与暗纹东方鲀多项生长性状有关,其中CC型是优势基因型,且CC型个体体宽、肥满度较高。研究结果证实TGF-β1基因与暗纹东方鲀生长性状有一定的相关性,可为暗纹东方鲀分子标记辅助育种提供基础资料。
关键词
暗纹东方鲀
TGF-Β1
表达特征
生长性状
SNP
Keywords
Takifugu fasciatus
TGFβ1
expression analysis
growth traits
SNP
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
暗纹东方鲀HTR4基因的分子特征及其生长相关SNP位点筛查
2
作者
张雯雯
喻伟峰
张宇飞
许伟鹤
张鑫宇
王涛
尹绍武
张凯
机构
南京师范大学海洋科学与工程学院
江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心
出处
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2023年第12期18-28,共11页
基金
江苏省自然科学基金青年基金项目(BK20210563)
国家自然科学基金项目(32172948)
江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目(JBGS[2021]034)。
文摘
【目的】明确暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)5-羟色胺受体4(5-hydroxytryptamine receptor 4,HTR4)的分子结构、表达特征和功能,并探究HTR4基因SNP位点与暗纹东方鲀生长的相关性。【方法】采用分段克隆方法,分别扩增HTR4基因的3′RACE、5′RACE以及中间保守区域,将其拼接后获得暗纹东方鲀HTR4基因cDNA全长序列,对其进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR技术,分析HTR4基因在暗纹东方鲀脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、卵巢、中肠、鳃、皮肤和肌肉等10种组织中的分布,以及其在卵巢5个不同发育时期(Ⅰ~Ⅴ期)的脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、中肠、鳃和肌肉等8种组织中的表达模式;利用Sanger测序法,筛查HTR4编码区生长性状相关的SNP位点。【结果】暗纹东方鲀HTR4 cDNA全长2302 bp,开放阅读框长度为1170 bp,共编码389个氨基酸,包含5个外显子;氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示,暗纹东方鲀与红鳍东方鲀HTR4的一致性最高(99.53%),亲缘关系最近;三维结构预测显示,HTR4蛋白在鱼类中较为保守。荧光定量PCR结果表明,HTR4基因在暗纹东方鲀10个不同组织中均有表达,其中在脑组织表达量最高,其次是中肠,肌肉组织表达量最低;HTR4基因在卵巢5个不同发育时期的8个不同组织中均有表达,其中在卵巢发育的Ⅳ时期表达量最高。SNP位点筛查结果表明,暗纹东方鲀HTR4基因第4外显子1202 bp处存在1个同义突变SNP位点(c.1202 C>G),关联分析表明该位点与暗纹东方鲀肥满度性状显著相关(P<0.05),其中CC基因型个体肥满度较高。【结论】HTR4基因在暗纹东方鲀生长发育中发挥了重要作用,可作为优良候选基因,在一定程度上可为暗纹东方鲀生长性状新品种的选育提供分子标记。
关键词
暗纹东方鲀
5-羟色胺受体4
基因克隆
单核苷酸多态性
动物育种
Keywords
Takifugu fasciatus
5-hydroxytryptamine receptor 4
gene cloning
single nucleotide polymorphism
animal breeding
分类号
S965.399 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
孔外延时网路在地铁减振爆破施工中的应用
被引量:
2
3
作者
赵康林
王书峰
喻伟峰
杨宏射
机构
中铁隧道集团二处有限公司
青岛市市政工程管理处
出处
《工程爆破》
CSCD
2020年第2期87-92,共6页
文摘
为解决矿山法暗挖地铁隧道在近穿或下穿地面建(构)筑时的爆破振速安全问题,在地铁隧道中应用孔外延时联网方式,并经过试验和改进,实现多分段减振起爆,控制爆破振速至0.5~1.0 cm/s,满足设计规范要求,风险可控;同时减少了单循环爆破频次,提高了开挖进度,降低了多次爆破扰动围岩造成超挖过大甚至支护不及时坍塌风险,成本可控。并针对现场爆破时容易发生传爆失败等问题,采取增加防护孔等辅助措施,应用效果较好,大大减少了断响盲炮几率,有效降低了施工风险。实践证明,孔外延时联网相关技术可行有效,对类似工况施工具有一定的参考价值。
关键词
地铁隧道
减振爆破
孔外延时
防护孔
Keywords
subway tunnel
vibration damping blasting
outside hole delay
protective hole
分类号
TU941 [建筑科学—建筑技术科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
暗纹东方鲀TGF-β1基因的克隆、表达特征及生长性状相关SNP位点筛选
马思思
喻伟峰
张凯
张雯雯
唐晓东
刘雨曦
尹绍武
王涛
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
暗纹东方鲀HTR4基因的分子特征及其生长相关SNP位点筛查
张雯雯
喻伟峰
张宇飞
许伟鹤
张鑫宇
王涛
尹绍武
张凯
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
3
孔外延时网路在地铁减振爆破施工中的应用
赵康林
王书峰
喻伟峰
杨宏射
《工程爆破》
CSCD
2020
2
下载PDF
职称材料
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