基于网络药理学与分子对接技术的侗药马卡列丙治疗骨折作用机制研究

目的:采用网络药理学及分子对接技术研究马卡列丙治疗骨折的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、SymMap、中医百科全书(ETCM)和SwissTargetPrediction数据库筛选马卡列丙经皮吸收成分的靶点;在OMIM和GeneCards数据库检索骨折靶点;构建成分靶点和疾病靶点韦恩图,获取共有靶点;利用STRING和Cytoscape绘制共有靶点蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)图,通过degree值筛选核心靶点;并对核心靶点运用DAVID进行Gene Ontology(GO)分析和KEGG分析;采用Auto dock Vina软件对核心成分与核心靶点进行分子对接。结果:20个经皮吸收成分获得252个靶点,骨折靶点1403个,共有靶点56个,通过网络筛选出25个核心靶点,关键靶点涉及MMP9、SRC等。GO功能富集分析得到条目114个(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到21条信号通路。分子对接结果显示马卡列丙中的Tryptophan;3,4-dicaffeoylquinic acid;5-p-coumaroylquinic acid;3-p-coumaroylquinic acid和4,5-dicaffeoylquinic acid结合能力较强,具有潜在治疗骨折的作用。结论:马卡列丙能通过Tryptophan;3,4-dicaffeoylquinic acid;5-p-coumaroylquinic acid;3-p-coumaroylquinic acid和4,5-dicaffeoylquinic acid等成分结合作用于MMP9、SRC、CASP3、PTGS2、ESR1等靶点调节雌激素受体信号通路及TNF、PI3K-Akt、VEGF等信号通路发挥多靶点、多成分、多途径治疗骨折作用。

基于网络药理学与分子对接技术新疆阿魏抗癌作用机制探讨

目的采用网络药理学与分子对接技术探讨新疆阿魏Ferula sinkiangensisk抗癌的作用机制。方法通过SymMap和SwissTargetPrediction数据库筛选新疆阿魏的成分和靶点信息。利用Genecards数据库输入“cancer”关键词检索疾病的靶点;利用韦恩图获取药物-疾病的交集靶点,并借助STRING平台获取蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用DAVID数据库对药物-疾病的交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“活性成分-靶点-通路”网络图。利用AutoDock软件对筛选出的主要活性成分及关键靶点进行分子对接实验,验证其结合活性。结果获取新疆阿魏化学成分34个,对应靶点537个,通过筛选获得癌症靶点1155个,药物-疾病的交集靶点134个。GO功能富集分析共获取331条条目(P<0.05),其中生物过程(BP)249条,细胞组成(CC)31条,分子功能(MF)51条。KEGG通路133条,并建立活性成分-靶点-通路网络,分子对接实验表明活性物质阿魏酸、法尼斯淝醇A、法尼斯淝醇C、柠檬烯和β-蒎烯与关键靶点CCND1、JUN、CXCL8、PIK3CA均具有较好的结合能力。结论新疆阿魏中阿魏酸、法尼斯淝醇A、法尼斯淝醇C、柠檬烯和β-蒎烯等化学物质,通过CCND1、JUN、CXCL8和PIK3CA等靶点,调节PDL-1表达和PD-1免疫检查点通路、IL-17信号通路、雌激素信号通路和PI3K-Akt信号通路等发挥抗癌作用。