基于线粒体细胞色素b基因序列的雀形目18种鸟系统发育关系

采用线粒体细胞色素b(cytochrome b)基因,利用DNA测序的方法研究了雀形目18种鸟类的分子系统发育关系。通过序列分析比对,运用邻接法和最大似然法构建了雀形目18种鸟类的系统发育树,结果表明,燕雀类和类的分歧程度达到了科级水平,建议分别独立成科;长尾山雀可从山雀科中分离出来,单列成科;柳莺归入柳莺亚科(Phylloscopinae),树莺归入大苇莺亚科(Acrocephalinae)。Cytb基因的各主要分支中存在着相对恒定的分子钟,根据鸟类mtDNA的cytb进化速度大约是每百万年1.6%,得到18种鸟的科间分歧时间在10.5百万年左右,科内分歧在9.0百万年左右。

非洲紫罗兰组培体系中卡那霉素的抗性筛选

采用组织培养技术,在非洲紫罗兰组培过程中的愈伤组织诱导、芽的分化、生根阶段分别进行不同浓度卡那霉素(Kan)的抗性筛选。结果表明,在愈伤组织诱导阶段,Kan浓度为60 mg/L时外植体的愈伤诱导受到抑制;在芽的分化阶段,Kan浓度为80 mg/L时芽的增殖受到抑制;在生根阶段,Kan浓度为120 mg/L时生根受到抑制。

白桦BplMYB46转录因子的原核表达和重组蛋白的纯化

从白桦的转录组中发现一个MYB类转录因子Bpl MYB46,将其与拟南芥的MYB类转录因子进行氨基酸序列比对分析,并将其构建到原核表达载体p GEX-4T-2上,获得重组表达载体p GEX-4T-2-Bpl MYB46,然后导入原核表达菌株BL21中,利用异丙基-β-D-硫代半乳糖(IPTG)诱导重组蛋白的表达。结果显示:Bpl MYB46属于R2R3-MYB类转录因子;在IPTG终浓度为0.4 mmol/L,30℃条件下诱导4 h后p GEX-4T-2-Bpl MYB46原核蛋白表达量最高,主要为包涵体形式;利用尿素梯度透析法和电洗脱法纯化蛋白,发现电洗脱法成功获得浓度和纯度较高的重组蛋白。

基于核蛋白激酶基因内含子5序列研究雀形目18种鸟类分子系统发育关系(英文)

本研究的18种鸟分别属于雀形目中的鸫类、鸲类和莺类,这几类鸟的分类问题一直存在争议。实验采用核蛋白激酶基因内含子5(AK5)和DNA测序法来分析这18种鸟的分子系统发育关系。并通过序列分析比对,运用邻接法和最大简约法构建了雀形目18种鸟类的系统发育树。结果表明:莺类独立成科;歌鸲和姬鹟被归入鹟科下;长尾山雀与莺科的亲缘关系比与山雀类的亲缘关系近,长尾山雀应从山雀科中分离出来,建议单列成长尾山雀科。从类群的单系性来看,鹟科和山雀科分别构成单系,而莺科不是一个单系群。通过构建的系统树来看,AK5序列在解决同属内近缘物种间的亲缘关系方面起到一定的作用。

非洲紫罗兰转基因过程中的抑菌分析

以农杆菌介导法将白桦花发育相关基因Bp1AGL对非洲紫罗兰(Saintpaulia ionantha Wendl)进行遗传转化,通过设置单一变量研究转基因过程中的抑菌方法。结果表明,在暗培养60 h,侵染时间为6 min,农杆菌活化菌液OD600 nm为0.5,暗培养覆盖无菌纸膜的条件下,抑菌效果良好,转基因效率更高。

用限制酶消化法检测脉孢菌中ung-1基因的突变效应

用限制酶消化法检测脉孢菌中ung-1基因的突变效应.以粗糙脉孢菌Ku70为参照,通过NaNO2胁迫处理,经DNA提取,限制酶消化,检测ung-1基因的缺失效应.实验结果表明,ung-1突变体和Ku70的限制酶图谱存在差异,说明ung-1的缺失增加了DNA随机突变率;NaNO2的胁迫加剧了这一效应.

白桦中一花发育相关基因BplAGL的克隆及时序表达分析

对白桦花序进行分期取材,CTAB法提取总RNA,基于SMART(Switching Mechanism At5'end of RNATranscript)策略进行cDNA合成,根据现有EST序列设计基因特异性引物,通过RACE(rapid amplification of cDNAend)手段克隆了一花发育相关基因---BplAGL,使用TreeTOP工具对其系统发生进行了评价。采用外标实时定量PCR分析其花期时序表达模式,认为BplAGL可能属于D功能基因。

《园林植物遗传育种学》实验教学改革与实践

为提高学生的实践动手能力,培养学生的创新意识,针对目前《园林植物遗传育种》实验教学中存在的问题,通过调整实验教学内容与教学手段,优化资源组合,强化实践动手能力,改革实验考核评价体系等措施,大大提高了学生的实践能力与科学素养,有效地调动了学生参与学习的兴趣。

DNA在鸟类分子系统发育研究中的应用

鸟类分子系统发育研究中常用的DNA技术有DNA杂交、RFLP和DNA序列分析等。DNA杂交技术曾在鸟类中有过大规模的应用,并由此诞生了一套新的鸟类分类系统。在鸟类的RFLP分析中,用的最多的靶序列是线粒体DNA。DNA序列分析技术被认为是进行分子系统发育研究最有效、最可靠的方法。在DNA序列分析中,线粒体基因应用最广泛,但由于其自身的一些不足,近年来,不少学者把目光投向了核基因,将线粒体基因和核基因结合起来进行系统发育研究。目前在鸟类分子系统发育中,应用较多的核基因是scnDNA,其内含子可以用于中等阶元水平的系统研究,而外显子主要用于高等阶元的系统研究。除了分子标记自身的问题之外,鸟类分子系统发育研究中还存在着方法上的问题,包括分子标记的选择,样本数量以及数据处理等。今后鸟类分子系统发育研究应该更加注重方法的标准化。

菌液浓度对PCR扩增的影响

以大肠杆菌和农杆菌(含有几丁质酶基因)为试材,研究了菌液浓度对PCR扩增的影响。结果表明:当菌液OD值达到0.006后作为模板进行PCR扩增,经电泳检测即可出现条带,随着OD值的增加电泳条带逐渐变亮;OD值在0.200～0.700的电泳条带比较清晰;LB液体培养基中的成分对DNA模板没有影响,菌液DNA能正常扩增。

非洲红茄组培快繁技术研究

以非洲红茄的叶片为外植体,MS作为基本培养基,添加不同比例的植物生长调节剂,进行了离体培养。结果表明:叶片愈伤组织诱导的最适培养基为MS+BA2.5mg/L+IAA0.5mg/L;芽继代和增殖最适培养基为MS+BA0.5mg/L。将不定芽接种于MS培养基10d可产生根系,壮苗后移栽成活率可达100%。

雀形目38种鸟类线粒体cytb的引物设计及PCR优化

通过设计雀形目鸟类线粒体细胞色素b的通用引物并对其PCR反应体系进行优化,确定了雀形目38种鸟由基因组DNA扩增线粒体细胞色素b基因全序列的最佳反应条件.在10μl最佳反应体系中,dNTP浓度为100μM,引物浓度100nM,退火温度范围为51～55℃,模板量在50～150 ng之间,扩增反应效果最好.在上述最佳反应体系和条件下获得的目的条带清晰、明亮,可应用于雀形目鸟类分子系统学研究.

改革遗传学实验教学,提高学生实验技能

通过让学生参与遗传学实验的准备工作,改革遗传学实验教学方法和考核方法,促进学生实验技能的提高.

31种药用植物HMGR蛋白的生物信息学分析

利用生物信息学方法对大戟(Euphorbia pekinensis)、曼地亚红豆杉(Taxus media)、球药隔重楼(Paris fargesii)等31种药用植物HMGR蛋白质的理化性质、亲/疏水性、跨膜结构、蛋白质二级结构、信号肽等进行预测和分析。结果表明,31种药用植物HMGR蛋白氨基酸残基数量大部分在500~600 aa之间;大多数定位于质膜上;分子质量在58~65 ku之间;主要富含Gly、Ala、Leu、Ser和Val等氨基酸。HMGR蛋白具有一定的亲水性,含有两个跨膜结构域,均不具有信号肽,二级结构的主要构件为α-螺旋和不规则卷曲。曼地亚红豆杉、罗汉果、假马齿苋、苍术、秦艽、土沉香、丹参、银杏、黄花蒿HMGR蛋白为稳定蛋白,而其余均为较不稳定蛋白。同源性分析表明,除了灵芝以外,其他植物均聚集在同一枝上,药用植物HMGR蛋白有较高的保守性。

植物发育相关miR319基因家族进化及靶基因预测分析

【目的】研究miR319靶基因的功能和相关生理作用机制。【方法】利用生物信息学的方法对miR319基因家族成员成熟序列进行分析及靶基因预测。【结果】miR319在不同植物中拷贝数差异较大,大部分miR319基因分散在不同染色体上,少部分分散在同一条染色体上;miR319序列在不同物种间具有高度的保守性,保守区位置分布差异较大。进化分析表明miR319基因家族的成员呈现4大分支,水稻osa-miR319a-3p和苹果mdm-miR319c有特殊的进化机制。靶基因预测表明miR319靶基因功能包括转录因子、翻译活化剂、还原酶、蛋白酶等。【结论】miR319靶基因在植物体内可能形成复杂的调控网络对植物生长发育和植物抗逆过程起着重要的调控作用,这为今后进一步研究miR319靶基因的功能和相关生理作用机制提供了重要的理论依据。

与植物抗逆相关的miR-398-3p基因家族进化分析及靶基因预测

通过生物信息学方法对miR-398-3p基因家族进行序列分析和靶基因预测。结果表明,大部分miR-398-3p基因分布在不同的染色体上,miR-398-3p序列在不同物种间具有高度的保守性。进化分析结果表明,miR-398-3p基因家族的成员呈现为7个分支,个别物种miR-398-3p的不同成员具有较远的亲缘关系;miR-398-3p的靶基因具有超氧化物歧化酶[Cu-Zn]、花粉特异性蛋白质SF3、锌指蛋白WIP2、C2H2型锌指家族蛋白等功能,参与植物的生物和非生物胁迫及生长发育调控过程。

基于学生就业竞争能力培养的分子生物学与基因工程实验课程模块化设计

本文针对高等师范院校分子生物学与基因工程实验课程设置的一些问题,提出将该课程设计为基础性实验、综合性实验、开放性实验三大模块。通过本校的教学实践,三大模块化实验教学基本上达到了以下培养目标:满足学生考研深造的需要;满足学生到中学进行生物学教学的需要;满足学生到生物医药公司工作的需要。同时对分子生物学与基因工程实验课程的进一步改革提出了建议。

基于网络药理学的天南星抗癌机制研究

基于网络药理学的方法探讨天南星(Arisaema consanguineum)的抗癌机制。利用TCMSP数据库、GeneCards数据库、Uniprot数据库查找天南星的活性成分和筛选抗癌靶点。通过Cytoscape3.7.1软件、STRING数据库、DAVID数据库、ImageGP软件建立化合物—抗癌靶点可视化网络图和抗癌靶点互作图,对靶点生物过程和通路进行分析。结果表明,共收集天南星主要抗癌活性成分松油醇、亚油酸等42个,作用于ADH1B、ADH1C等65个抗癌靶点,参与活性氧合成过程、腺体形态发生、急性炎症反应调控、细胞增殖等主要生物过程,调控神经活性配体—受体相互作用通路、癌症通路、P53信号通路、TNF信号通路、结直肠癌通路、小细胞肺癌通路、非小细胞肺癌通路、甲状腺癌通路、前列腺癌通路、细胞凋亡等通路,为今后天南星抗癌机制的深入研究提供了理论依据。

15种药用植物的GGPPS蛋白生物信息学分析

利用生物信息学的方法对15种药用植物GGPPS蛋白的理化性质、亚细胞定位、功能结构域、二级结构以及三级结构等方面进行预测和分析。结果表明,药用植物GGPPS蛋白是一种亲水性、不稳定的非跨膜蛋白,都具有一个相同的功能结构域polyprenyl-synt。GGPPS蛋白二级结构与三级结构的主要结构元件是α-螺旋和无规则卷曲。同源性分析表明GGPPS蛋白具有很高的保守性,雷公藤(Tripterygium wilfordii)GGPPS蛋白与其余14种植物的亲缘关系较远。

PCR-RFLP法探讨三个人工湖微生物群落多样性

目的:探讨牡丹江市区三个人工湖(月牙湖、牛角湖、南湖)的微生物群落多样性。方法:从三个水样中分别提取微生物DNA,选取通用引物扩增16SrDNA片段,对扩增产物进行RFLP分析。结果:不同的样品由于其中的微生物多样性的差异,酶切产物在凝胶上显示的相对位置和条带数目都有一定差异。结论:牛角湖样品的条带数目最多,表明牛角湖的微生物群落多样性最为丰富。