马铃薯NHX基因家族的鉴定与表达模式分析

NHX基因是一类参与植物对盐胁迫逆境适应的基因家族,在植物对盐胁迫逆境的适应中发挥着重要的作用。为探究马铃薯NHX基因家族的功能和特征及在逆境适应中的潜在作用,从马铃薯基因组中通过生物信息学方法鉴定到7个马铃薯NHX基因,对这些家族成员进行理化性质分析、染色体定位分析、系统进化关系分析、启动子顺式调控元件分析、与miRNA的靶向关系分析、组织表达特异性、生物/非生物胁迫下的表达模式分析。结果表明,7个StNHX基因家族成员分布在1、4、6号染色体上;氨基酸长度为224~1 044个,蛋白分子量在24 698.2~116 236.32 u之间,等电点为在5.95~8.57,亲水系数为0.022~0.623。7个StNHX基因来源于3个邻近复制基因对和3个转座复制基因对,与拟南芥进行物种间共线性分析鉴定到5对直系同源基因对。系统进化分析发现,马铃薯NHX基因可以被分为3个亚群;启动子序列分析发现,StNHX基因含有多个与激素和胁迫响应相关的顺式作用元件。与miRNA靶向关系分析共预测到73个已知的miRNA可能调控7个StNHX基因。全部NHX家族成员在根和萼片中都有表达,StNHX3基因在各个组织中表达量最多,在生物和非生物胁迫下不同成员也呈现出不同的响应模式。本研究结果有助于增加对马铃薯NHX基因家族的了解,为进一步探索马铃薯NHX基因家族的功能和调控机制提供重要的参考。

糖生物信息学数据库

糖生物信息学是在糖生物学和糖组学发展的基础上,结合计算机技术,对生命活动过程中,参与糖链及与其相互作用的蛋白质等分子研究所产生的数据进行获取、储存、解析、模拟以及预测等内容的综合学科.糖生物信息学数据库是糖生物信息学发展到一定阶段,对糖组学等研究中产生的数据进行专门储藏与查询的应用工具.目前国际互联网中存在近百个糖生物信息学相关数据库,涉及内容包括糖链结构、参与糖链合成的基因或者蛋白质、糖结合蛋白、代谢通路、糖链或相互作用蛋白质等分子三维结构,或糖组学实验结果等领域.本文将归纳总结糖生物信息学数据库,为现有研究提供帮助.

通过非靶向代谢组学和稳定同位素示踪技术分析索拉非尼耐药白血病细胞的代谢重编程和氧化还原适应

背景与目的FMS样酪氨酸激酶3(FMS-like tyrosine kinase 3,FLT3)近膜结构域内的内部串联重复(internal tandem duplications,ITD)是急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)预后不良的指标。酪氨酸激酶抑制剂(如索拉非尼)是急性髓系白血病主要的靶向药物,但会产生耐药性,使其疗效受限。虽然目前已对FLT3抑制剂耐药的分子机制有所了解,但代谢物水平的细胞功能及与代谢通路的相互作用尚不清楚。本研究旨在阐明白血病细胞对FLT3抑制剂耐药后代谢组学的改变情况。方法我们建立了2株携带FLT3/ITD突变的索拉非尼耐药的细胞系,命名为鼠源BaF3/ITD-R和人源MV4-11-R细胞系。我们进行了非靶向代谢组学和稳定同位素标记代谢流分析,以确定与耐药相关的代谢改变。结果耐药细胞表现出完全改变的代谢图谱,其特征表现为葡萄糖需求增加,伴随进入磷酸戊糖途径(pentose phosphate pathway,PPP)的葡萄糖通量减少;氧化应激增加,同时谷胱甘肽合成增加。我们证明了耐药细胞中代谢改变得分最高的网络与核苷酸降解相关。我们还进行了稳定同位素示踪实验,结果提示在耐药细胞中进入PPP的葡萄糖通量减少。进一步研究表明,PPP中主要酶的抑制包括氧化途径的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(glucose-6-phosphate dehydrogenase,G6PD)缺陷和非氧化途径的转酮醇酶(transketolase,TKT)。此外,我们发现长期使用索拉非尼可导致FLT3/ITD阳性的白血病细胞氧化应激增加,同时伴有细胞增殖能力降低及抗氧化应答增强。结论我们通过比较代谢组学的相关数据鉴定出了独特的代谢和氧化还原适应特征,这可能促进了FLT3/ITD突变的白血病细胞发生索拉非尼耐药。

二甲双胍联合阿霉素对非霍奇金淋巴瘤细胞增殖及凋亡的影响

探讨二甲双胍(metformin,MET)联合阿霉素(Adriamycin,ADM)对非霍奇金淋巴瘤细胞Jeko-1的增殖及凋亡影响。 方法:通过MTS法计算出ADM和MET单用和联合作用对JEKO-1细胞增殖抑制率,输入到Calcusyn2.0软件计算 CI 值以此推断二甲双胍联合阿霉素的联合效应。流式细胞术检测两药单用以及联用药对Jeko-1细胞凋亡的影响。结果:联合用药组对JEKO-1细胞增殖的抑制作用与单药组相比具有统计学意义,各抑制率下的CI 值均小于1,表明ADM和Metformin对JEKO-1细胞增殖的抑制作用具有协同效应。凋亡实验中也表明两药联合作用时其促凋亡的能力较单药组相比有明显增加。结论:MET或ADM单独使用都可以抑制淋巴瘤细胞JEKO-1的增殖并且促进其凋亡,在二甲双胍联合阿霉素作用之后,这种抑制肿瘤生长,促进其凋亡的效果更加显著。说明二甲双胍和阿霉素联用在淋巴瘤细胞上具有协同效应,这可以为临床上阿霉素治疗淋巴瘤其间通过药物联用,减少阿霉素用量,减轻阿霉素药物毒性,为淋巴瘤的治疗提供新的思路。

白玉豆的营养成分分析与评价

采用国家标准检测方法对白玉豆的氨基酸、矿物质元素、脂肪、淀粉和膳食纤维等营养成分测定与分析,结果表明白玉豆蛋白质营养价值高,是植物性优质蛋白的良好来源;白玉豆富含膳食纤维和淀粉、日常膳食中可作为主食部分替代品;脂肪含量低,适合高血脂人群食用;有丰富的矿物质元素,能为人体提供多种重要的营养素。

马铃薯晚疫病抗性评价

晚疫病是马铃薯最严重的病害,对马铃薯的产量有着毁灭性的影响,因此马铃薯品种的晚疫病抗性是育种重要指标之一。基于此,首先分析了马铃薯晚疫病的危害,进而分析了马铃薯的晚疫病抗性评价,希望能够为相关研究提供借鉴。

猪肝细胞的分离与原代培养

本文利用原位两步灌流法分离猪肝细胞,进行平面培养,并动态观察细胞生长过程中的形态,建立了稳定的猪肝细胞的分离与原代培养体系,满足了生物人工肝体外支持系统对肝细胞的需求。

马铃薯SRO家族全基因组鉴定及生物信息学分析

SRO(Similar to radical-induced cell death 1)蛋白是植物特有的一类小蛋白家族转录因子,在植物抵御生物/非生物胁迫(盐害,干旱,高温,低温,水涝等)和生长发育中发挥着重要的作用。尽管SROs已在许多物种中进行了研究,但在马铃薯中仍缺乏系统鉴定。基于马铃薯已公布的基因组数据对马铃薯SRO蛋白家族进行全基因组鉴定和生物信息学分析,共鉴定到9个St SROs家族成员,不均匀分布在5条染色体上,亚细胞定位预测该基因全部成员定位在细胞核上。启动子上游鉴定到了大量与生长发育、植物激素响应和生物/非生物胁迫有关的顺式作用元件,同时预测了调控该基因的miRNAs。该基因各成员对不同激素处理响应程度存在明显差异。上述结果为马铃薯St SROs潜在的分子功能提供了理论依据,表明该基因在马铃薯非生物胁迫方面可能具有重要意义。

二甲双胍的抗肿瘤作用研究进展

二甲双胍属于口服降糖药,是二型糖尿病的常用治疗药物。流行病学调查报告显示二甲双胍治疗患者可降低肺癌、乳腺癌、前列腺癌、结肠癌和胰腺癌等癌症的发病率。近年来多项研究发现并证实了二甲双胍在抗肿瘤方面的作用,这表明二甲双胍在癌症治疗中的潜在作用,为肿瘤治疗提供了新的思路。二甲双胍对不同肿瘤细胞杀伤效果不同,作用机制也不完全相同,和其他抗肿瘤治疗药物的联用效果也不相同。本文对二甲双胍在不同肿瘤上的抗肿瘤作用机制进行综述,希望能为肿瘤患者的治疗研究带来新的方向。