绿孔雀肠道菌群基因组特征和耐药性的宏基因组测序分析

为明确绿孔雀肠道菌群耐药基因及可移动元件的分布特征,对云南野生动物园,开放式饲养的健康绿孔雀粪便采样,提取其DNA后进行宏基因组测序。使用NCBI-nr数据库进行物种注释及相对丰度计算,得出绿孔雀肠道菌群物种分布特征;通过功能注释及聚类分析,得出耐药基因的类型及分布特征。使用BLAST程序搜寻样本中的可移动耐药基因,并与不同的地域、宿主和体位的细菌基因组进行对比,分析其差异及近期水平转移频率;同时,对每个可移动抗生素耐药基因(ARGs)的侧翼区进行搜索分析,以便找出关联ARGs的可移动元件(MGEs)。结果表明:绿孔雀肠道菌群物种具有较强的偏向性,以普雷沃氏菌为优势菌种,拟杆菌门为优势菌门。菌群携带的可移动耐药基因以ant(6)-Ia、erm(B)和tet(W/32/O)为主,样本中aph(3'')-Ib基因丰度较低,但水平转移频率较高,因其侧翼区富集大量MGEs。样本中耐药基因的获得主要依靠IS5转座子的协助,耐药基因分布具有偏向性,主要集中在变形菌门和厚壁菌门,种水平上为猪链球菌和大肠杆菌,其携带较多耐药基因且可移动性较强;耐药基因的水平转移易受抗生素使用策略、耐药基因种类、生态环境和宿主系统发育遗传因素的影响。针对云南野生动物园绿孔雀,临床中需加强对氨基糖苷类耐药基因监测,避免使用该类抗生素,同时警惕猪链球菌和大肠杆菌感染。

蓝孔雀肠道菌群中整合子及其水平转移相关性

为了解蓝孔雀(Pavo cristatus)肠道菌群中整合子及其基因盒的分布特征,以2个动物园蓝孔雀粪便为材料,采用CTAB法提取肠道菌群宏基因组DNA,共计139份;通过PCR法扩增整合子、基因盒,选取部分PCR产物测序。结果显示:整合子intI1、intI2和intI3检出率分别为86.33%、69.78%和11.51%;不同大小的基因盒条带有18种,共51种组合模式。研究表明蓝孔雀种群中整合子流行性较高,且Ⅰ类整合子携带的基因盒具有高度异质性,反映了蓝孔雀种群潜在多重耐药的复杂性。测序结果显示蓝孔雀携带的耐药基因主要为甲氧苄啶类(dfrA27)和氨基糖苷类(aadA1、aadA2、aac(6′)-Ib和arr),故在用药时应避免这2类药物。

某蛋鸡养殖场沙门氏菌病的诊断及致病菌耐药元件的检测

目的:分析某养殖场蛋鸡死亡的原因,为疾病防控提供借鉴。方法:剖检病死鸡,结合病理变化和临床特征作出疑似诊断;从内脏组织分离致病菌,并对分离株的耐药元件进行PCR检测,为治疗提供借鉴。结果:病鸡呈现副伤寒样病变,如肝肿大出血,有坏死灶;肾肿大;心和肠黏膜有出血点;卵泡充血、变形、萎缩等;从病变组织中分离鉴定出4株肠炎沙门氏菌;分离株携带多种耐药基因(blaTEM、tetA、tetB等)与可移动遗传元件。结论:该场蛋鸡死亡的原因可能是因感染多重耐药性肠炎沙门氏菌引起的;致病菌携带多种耐药基因,可合理使用多粘菌素类药物进行疾病治疗;此外分离株携带多种可移动元件,易发生耐药性传播,应引起重视。

孔雀粪样宏基因组DNA提取方法的优化

目的:本研究旨在优化孔雀粪样中菌群基因组DNA的提取方法,以便为后续的研究奠定基础。方法:从野生动物园和圆通山动物园采集孔雀粪样,基于粪样用量、杂质去除方法和消化酶的添加等角度优化了孔雀粪样宏基因组DNA的提取方法,并通过16S rDNA基因和ERIC的PCR扩增验证了纯化DNA的效果。结果:采用0.5 g孔雀粪样、利用丙酮和乙醇交替漂洗样品及消化液中添加CTAB是提取孔雀肠道宏基因组DNA的优化关键点,通过该方法提取的DNA可用于后续的PCR扩增。结论:根据优化的方法可有效地提取孔雀粪样中的基因组DNA,研究结果为孔雀肠道菌群的研究奠定了基础。